运费增值税税率是9％。
法律依据：《中华人民共和国税收征收管理法》
第一条 为了加强税收征收管理，规范税收征收和缴纳行为，保障国家税收收入，保护纳税人的合法权益，促进经济和社会发展，制定本法。
第二条 凡依法由税务机关征收的各种税收的征收管理，均适用本法。
第三条 税收的开征、停征以及减税、免税、退税、补税，依照法律的规定执行;法律授权国务院规定的，依照国务院制定的行政法规的规定执行。
任何机关、单位和个人不得违反法律、行政法规的规定，擅自作出税收开征、停征以及减税、免税、退税、补税和其他同税收法律、行政法规相抵触的决定。
第四条 法律、行政法规规定负有纳税义务的单位和个人为纳税人。
法律、行政法规规定负有代扣代缴、代收代缴税款义务的单位和个人为扣缴义务人。纳税人、扣缴义务人必须依照法律、行政法规的规定缴纳税款、代扣代缴、代收代缴税款。
物流公司需要缴哪些税
一、增值税，
陆路（含铁路）运输、水路运输、航空运输和管道运输服务，一般纳税人营业税改增值税税率为9%，小规模纳税人营改增3%。
仓储、配送及货运代理等物流辅助服务，一般纳税人营业税改增值税税率为6%，小规模纳税人营改增3%。
二、城建税，
市区7%，县、镇5%，其他1%。
三、教育费附加、地方教育费附加，
税率为教育费附加3%、地方教育费附加2%，
四、所得税，
基本税率为25%。
随着物流公司的兴起，大大小小的物流公司层出不穷，那么，一个物流公司需要缴纳哪些税种呢？接下来，听我讲讲吧！
增值税，税率：一般纳税人营业税改增值税税率为6%，小规模纳税人营改增3%。
城建税，税率：1、市区7% ；2、县、镇5%；3、其他：1%，计算方式：应纳税额＝纳税人实际缴纳的增值税、消费税、营业税×税率。
教育费附加、地方教育费附加：税率：教育费附加3%、地方教育费附加2%，计算方式与城建税的技术方式相同。
企业所得税，符合条件的小型微利企业，（年应税收入30万以下）减按20%，国家重点扶持的高新技术企业。减按15%征收。