一、EMS货物被扣的处理办法：
1、等待处罚；
2、不要。
二、根据《中华人民共和国海关法行政处罚实施细则》规定：
第九条 违反海关法规但不构成走私行为的，是违反海关监管规定的行为。
第十条 违反国家进出口管理法规，没有领取许可证件擅自进出口货物的，没收货物或者责令退运；经发证机关核准补发许可证件的，处货物等值以下的罚款。
第十一条 有下列行为之一的，处货物、物品等值以下或者应缴税款两倍以下的罚款：
(一)逃避海关监管，运输、携带、邮寄货物、物品进出境，但有关货物、物品不属于国家禁止进出境的物品、国家限制进出口或者依法应当缴纳关税的货物、物品的；
(二)未经海关许可，擅自开拆、提取、交付、发运、调换、改装、抵押、转让海关监管货物或者海关尚未放行的进出境物品的；
(三)经营保税货物的运输、储存、加工、装配、寄售业务，有关记录不真实或者数量短少不能提供正当理由的；
(四)未经海关许可，将特定减税或者免税进口的货物、物品移作他用的；
(五)进出境货物的品名、数量、规格、价格、原产国别、贸易方式、消费国别、贸易国别或者其他应当申报的项目申报不实的；
(六)不按照规定期限将暂时进出口货物复运出境或者复运进境，擅自留在境内或者境外的；
(七)不按照规定期限将过境、转运、通运货物运输出境，擅自留在境内的；
(八)未经海关批准并补缴关税，擅自转让进出境运输工具的自用物料、物品的。
第十二条 有下列行为之一的，处人民币5万元以下的罚款：
(一)未经国务院或者国务院授权的机关批准，运输工具不经设立海关的地点进出境的；
(二)在海关监管区停留的进出境运输工具，未经海关同意擅自驶离的；
(三)进出境运输工具从一个设立海关的地点驶往另一个设立海关的地点，尚未办结海关手续又未经海关批准，中途改驶境外或者境内未设立海关的地点的。
第十三条 有下列行为之一的，处人民币3万元以下的罚款：
(一)进出境运输工具到达或者驶离设立海关的地点，未按照规定向海关交验有关单证或者交验的单证不真实的；
(二)不按照规定接受海关对进出境运输工具、货物、物品进行检查、查验的；
(三)进出境运输工具未经海关同意，擅自装卸进出境货物、物品或者上下进出境旅客的；
(四)进出境运输工具未经海关同意，擅自兼营境内客货运输或者用于进出境运输以外的其他用途的；
(五)进出境运输工具未按照规定办理海关手续，擅自改营境内运输的；
(六)经营保税货物的储存、加工、装配、寄售业务，不按照规定办理收存、交付、核销手续，或者中止、延长、转让有关合同不按照规定向海关办理手续的；
(七)在海关监管区以外存放海关监管货物，未经海关同意或者不接受海关监管的；
(八)擅自开启或者损毁海关加施于运输工具、仓库场所或者货物的封志的。
第十四条 有下列行为之一的，处人民币2万元以下的罚款：
(一)进境运输工具在进境以后向海关申报以前，出境运输工具在办结海关手续以后出境以前，不按照交通主管机关或者海关指定的路线行进的；
(二)载运海关监管货物的进出境船舶、汽车不按照海关指定的路线行进的；
(三)进出境船舶和航空器，由于不可抗力被迫在未设立海关的地点停泊、降落，以及抛掷或者起卸货物、物品，不向附近海关报告而无正当理由的。
第十五条 有下列行为之一的，责令补税或者将有关物品退运，可以并处物品等值以下的罚款：
(一)个人携带、邮寄超过海关规定数量但数额较小仍属自用的物品进出境，未向海关申报的；
(二)个人携带、邮寄物品进出境，向海关申报不实；或者不接受海关查验的；
(三)经海关登记准予暂时免税进境或者出境的物品，未按规定复带出境或者复带进境的；
(四)未经海关批准，过境人员将其所带物品留在境内的。
第十六条 有下列行为之一的，处人民币1000元以下的罚款：
(一)无特殊原因，未将进出境船舶、火车、航空器到达的时间、停留的地点或者更换的时间、地点事先通知海关的；
(二)擅自开启、损毁海关加施于物品的封志的；
(三)违反海关法规，致使海关不能或者中断对进出境运输工具、货物、物品实施监管的。
第十七条 携带、邮寄国家禁止进出境的物品进出境，在海关检查以前主动报明的、分别按规定予以没收或者责令退回，并可酌情处以罚款。
第十八条 违反海关监管规定情节轻微，或者当事人主动交待的，可以从轻或者免予处罚。
违反海关监管规定的行为在三年以后发现的，免予处罚。