（一）保税区进出货物的检验检疫规定
1．输入保税区的法定检验检疫对象的检验检疫
（1）从境外进入保税区的法定检验检疫对象，属于卫生和动植物检疫范围的，由检验检疫机构实施卫生和动植物检疫；应当实施卫生和动植物检疫除害处理的，由检验检疫机构进行卫生除害处理。
（2）检验检疫机构对从境外进入保税区的可以用作原料的固体废物、旧机电产品、成套设备实施检验和监管，对外商投资财产按照有关规定进行价值鉴定，对未办理手续的货物不实施检验。
（3）保税区内企业从境外进入保税区的仓储物流货物以及自用的办公用品、出口加工所需原材料、零部件，免予实施强制性产品认证。
（4）法定检验检疫对象从中华人民共和国境内非保税区（不含港澳台地区）进入保税区时，不需要办理海关手续的，检验检疫机构不实施检验检疫；需要办理海关手续的，检验检疫机构按规定实施检验检疫。
2．输出保税区的法定检验检疫对象的检验检疫
（1）从保税区输往境外的法定检验检疫对象，检验检疫机构依法实施检验检疫；入境时已经实施检验的保税区内的货物输往非保税区的，以及从非保税区进入保税区的货物又输往非保税区的，不实施检验。
（2）从保税区输往非保税区的法定检验检疫对象，除法律法规另有规定的，不实施检疫；属于实施食品卫生监督检验和商品检验范围的，检验检疫机构实施检验；对于集中入境分批出区的货物，可以分批报检，分批检验；符合条件的，可以于入境时集中报检，集中检验，经检验合格的出区时分批核销。
（3）从保税区输往非保税区的法定检验检疫对象，列入强制性产品认证目录的，应当提供相应的认证证书，其产品上应当加贴强制性产品认证标志；预包装食品和化妆品，应当向检验检疫机构申请办理标签审核手续。
（4）从非保税区进入保税区后不经加工直接出境的，保税区检验检疫机构凭产地检验检疫机构签发的《出境货物换证凭单》或“换证凭条”换证放行，不再实施检验检疫；如需要重新报检的，应按规定重新报检。
（5）保税区内企业加工出境产品，符合有关规定的，可以向检验检疫机构申请签发普惠制原产地证书或者一般原产地证书、区域性优惠原产地证书、专用原产地证书等。
3．经保税区转口的法定检验检疫对象的检验检疫
（1）经保税区转口的动植物、动植物产品和其他检疫物，入境报检时应当提供输出国家或地区政府部门出具的官方检疫证书；转口动物应同时提供国家质检总局签发的《动物过境许可证》和输入国家或地区政府部门签发的允许进境的证明；转口转基因产品应同时提供国家质检总局签发的《转基因产品过境转移许可证》。
（2）经保税区转口的法定检验检疫对象，在保税区短暂仓储，原包装转口出境并且包装密封状况良好，无破损、撒漏的，入境时仅实施外包装检疫，必要时进行防疫消毒处理；如果由于包装不良以及在保税区内经分级、挑选、刷贴标签、改换包装形式等简单加工的原因，转口出境的，检验检疫机构实施卫生检疫、动植物检疫以及食品卫生检验。
（3）经保税区转口的法定检验检疫对象出境时，除法律法规另有规定和输入国家或地区政府要求入境时出具我国检验检疫机构签发的检疫证书或检疫处理证书的以外，一般不再实施检疫和检疫处理。
4．保税区内企业之间进行销售、转移的货物及其包装物、铺垫材料、运输工具、集装箱（以下简称法定检验检疫对象），检验检疫机构免予实施检验检疫。
（二）出口加工区进出货物的检验检疫规定
加工区内的企业为加工出口产品所需的货物以及其在加工区内自用的办公和生活消费用品，免予实施品质检验。但以废物作为原料的，按有关规定实施环保项目检验。
法定检验检疫的货物、集装箱以及运输工具，应当接受卫生检疫；来自检疫传染病疫区的、被检疫传染病污染的以及可能传播检疫传染病或者发现与人类健康有关的啮齿类动物和病媒昆虫的集装箱、货物、废旧物等物品以及运输工具应实施卫生处理。
动植物及其产品和其他检疫物，装载动植物、动植物产品和其他检疫物的装载容器、集装箱、包装物、铺垫材料，以及来自动植物疫区的运输工具，应实施动植物检疫及检疫监督管理。
加工区内的中外合资、合作企业及各种对外补偿贸易方式中，境外（包括港、澳、台地区）投资者以实物作价投资的或企业委托境外投资者用投资资金从境外购买的财产，应向检验检疫机构申报实施财产价值鉴定。
从加工区出境的属商品检验和食品卫生检验范围的货物，有下列情况之一的，应实施品质检验或食品卫生检验：
1．标明中国制造的；
2．使用中国注册商标的；
3．申领中国原产地证明书的；
4．需检验检疫机构出具品质证书的。
装运出境易腐烂变质食品、冷冻品的集装箱应实施适载检验。
区外运入加工区的任何货物，检验检疫机构不予检验检疫。“区外”系指加工区以外的中华人民共和国境内其他地区。加工区运往区外的法定检验检疫的货物，视同进口，按如下要求办理报检手续：
1．属商品检验范围的，须实施品质检验；
2．属食品卫生检验范围的，须实施食品卫生检验；
3．属《中华人民共和国实施强制性产品认证的产品目录》内的，需按照规定办理强制性产品认证证书或相关的免*明；
4．属动植物检疫范围的，不再实施动植物检疫；
5．属卫生检疫范围的，不再实施卫生检疫；
6．从加工区运往区外的废料和旧机电产品，检验检疫机构按有关规定实施环保项目检验。
要实施卫生注册登记和出口质量许可制度管理的企业，应按规定申请办理有关手续。从事食品、动植物产品的加工、存放场所应当符合食品卫生和动植物检疫的有关规定。
（三）沙头角边境特别管理区进出货物的检验检疫规定
以下四类进出沙头角边境特别管理区的物品需实施检验检疫和监督管理：
1．进出管理区的货物。包括：
① 由地方经贸管理部门核发配额的输入管理区的货物；
② 经批准，管理区居民带入管理区销售的鲜活商品；
③ 从管理区输出的来自非疫区的水果、配餐料及食用性水生动物。
2．管理区居民、旅客及工作人员进出管理区的携带物；
3．从管理区输出的废旧物品、生活垃圾；
4．其他依法需经检验检疫的进出管理区的应检物品。
上述物品进出管理区时，其所有人、承运人或者代理人必须按以下的规定进行申报，并接受检验检疫和监督管理：
1．地方经贸管理部门核发配额的货物输入管理区的，其所有人、承运人或者代理人应当向管理区检验检疫机构备案。输入管理区时，凭《应检商品检验检疫登记手册》报检，由管理区检验检疫机构按照出境货物实施检验检疫和监督管理。
2． 经有关部门批准，管理区居*输鲜活商品进入管理区销售的，应当向管理区检验检疫机构备案。进入管理区时，应当逐批向检验检疫机构报检，检验检疫机构查验合格后予以放行。
3．来自非疫区的水果、配餐料(包括配餐用食品及调味品)及食用性水生动物输出管理区的，其所有人、承运人或者代理人应当向管理区检验检疫机构备案。输出管理区时，凭《应检商品检验检疫登记手册》逐批报检，经检验检疫合格后放行。
除此以外的其他货物不准输出管理区。
4． 进出管理区的货物属于实行检疫许可制度或者卫生注册登记制度管理的，在向管理区检验检疫机构申报时，应当提供检疫许可证明或者卫生注册登记证明。