背景是Lucy和医生的对话，较重要，翻译下：
Lucy:病人的潜意识在对抗记忆虚拟
医生：说过了嘛，第一次没有这么容易的
Lucy：不行，要把他弄醒
醒来后：
Desmond Miles：你个鸟人
医生：安静，我刚救了你一命
Desmond Miles：救命？你把我绑架后扔到这东西上叫救命？？
医生：这叫记忆虚拟机.....不是“这东西”
Desmond Miles：我只是个酒吧服务生，你们把我绑了想干啥
医生：你身上有我们想要的东西
Desmond Miles：好的，我可以教你调马蒂尼
医生：不用YY了，我们知道你是谁，干过些什么
Desmond Miles：啥？
医生：不管你意识到没有，你是个刺客，你脑子里有一些我的雇员感兴趣的记忆
Desmond Miles：去死，我才不会再躺那机器上被你们摆布的
医生：你的身体对于我们来说只是个壳而已，完全可以把你弄死再继续，你能活到现在的原因是，这样比较节省时间，不过我们尊重你的另一个选择
Desmond Miles：你个疯子
医生：怎么样，想活还是想死？
Desmond Miles躺下
医生：乖...
医生在解释完这机器是通过DNA来再现以前乃至自己祖先的记忆后进入Tutorial，注意听背景语音和注意屏幕上的提示
完成后正式进入游戏
记忆裂痕1
Solomon地下神殿
第一个任务，你在耶路撒冷城的下部圣堂骑士神殿，和两个同伙Malik ，Kadar（这两人后来一死一残），完成师父Al Mualim布置的盗宝任务，一开始的时候Alta_r作为刺客组织的头号杀手，冷血无情，为人高傲，杀了个无辜的老人，两位同门不是太爽，Alta_r解释，我是你们上级，能力和等级比你们强大，不要YY，完了后前进，中间又刺杀圣堂骑士一名。
进入后见到Robert de Sable，圣堂骑士的二号指挥官，Alta_r说这人是组织的敌人之一，顺便干掉一举两得，但同门又有所顾虑，Alta_r不听劝阻，上前想杀他，结果Robert de Sable早有防备，任务失败，Alta_r侥幸逃脱，实际上Robert de Sable并不想杀Alta_r，并且很多次保护了Alta_r而且最后在死前告诉了主角事件的真相，不过那是后话了。
这里很简单，向前跳，爬墙，出口就在上面
Alta_r狼狈的回到刺客之城Masyaf，一进门有同伴祝福Alta_r归来，并问道任务是否成功，Alta_r没有回答，只问，师父在城堡里吗，后前往城堡
这里建议大家到处逛逛，熟悉下操作，逛累了就上山顶城堡见Al Mualim，进门前有和卫兵对话，他问Alta_r咋三个人去的只有你一个人回来，是不是想抢功啊，Alta_r的回应是“你再YY我把刀插你脖子里”
进入城堡二层见师父，告诉他任务失败了，Robert没杀掉，宝物也没有到手，师父巨失望，问道，Malik和Kadar呢？ Alta_r回答“他们都挂了”，话音刚落Malik出人意料的回来了，左手残废并且奇迹般的抢到宝物，供上给师父。Malik把任务的失败都归咎于Alta_r的狂妄，师父刚要下令处罚Alta_r，下面有人来报，Robert de Sable带着一堆圣堂骑士来攻打Masyaf了，师父命令Alta_r去城里牵制敌人，并说“我们之间的谈话以后继续”
控制主角进入城内杀圣堂骑士，这个时候Alta_r战斗技能都还在，十分简单，一路杀到城门口，防守任务结束。
回到城堡，还没见到师父就有人叫Alta_r去爬高塔，说是要“给我们的客人一个惊喜”（实际上是师父的计谋，要Alta_r跳楼给Robert看），随即跟随那人上到高处，到木台上跟随指令跳楼，下面师父在和Robert对话，师父说，我的手下不惧怕死亡，并且会对自己的错误负责，随后让Alta_r跳楼，和另外两位同门一同跳下，其中一位运气不佳大腿骨折，Robert见仇人已死（从他那个角度看不到主角的落点），作罢，正想带着军队撤出Masyaf，被Alta_r赶在了前头（根据提示爬到塔顶按X），木桩滚落，圣堂武士全军覆没，不过Robert侥幸逃过一劫。，
成功后进入剧情。
师父：“知道刚才你为什么可以成功吗？因为你听了我的话，可惜 ，如果你在神殿的时候也听话就好了..........我们当刺客的三个信条（不杀无辜，不加害同门，听从命令低调行事），你都违反了，今天死的每一人都算在你头上，安静地见上帝去吧”
后师父为了服众，当众杀死Alta_r，此段结束。
从现实世界中醒来，醒来之前Lucy和医生在争论Desmond在记忆里待这么长时间记忆稳定的问题，后决定到会议室慢慢争论，于是离开。Desmond醒来后去洗手间偷听他们的对话，偷听到的关键内容有：A.试验一结束自己会被杀。B.医生质疑Lucy的工作效率，Lucy的前任Lila由于同情被监视者（Desmond的前任，已死，同为刺客后代）被解雇。偷听完毕后回到大厅，医生说，Miles先生，你今天的事完了，回床睡觉吧，进入卧室在床前按任意键睡觉，记忆裂痕一结束
记忆裂痕2
Desmond第二天醒来，医生在他床前
Desmond：你看着我睡觉的，不觉得有些吓人吗
医生：少废话，起来干活
Desmond：成，今天我又要到梦里去杀谁？
医生：从某种角度来说，你的杀手祖先世界观几乎是正确的，少数人的牺牲换来世界的和平
Desmond：几乎正确是怎么个说法？
医生：你们古代政府的腐败就跟现在的癌症差不多，难以根治，把癌变部位切除，癌症还会转移，同理用政治手段治理腐败成效也不大，但是只要死一两个关键人物，效果立竿见影，同时民众也可以得到再教育。
Desmond：这么说你有更好的解决方法？
医生：嗯，我们走着瞧吧。
随后进入大厅在虚拟机前按任意键开始记忆裂痕2
一开始是和师父的对话，（这段对话显示师父已经开始利用得到的伊甸碎片，Alta_r的死是一个幻觉）
Alta_r：我不是死了吗
师父：你看见我要你看见的东西，但为了某些目的，你会从死亡的沉睡中醒来
Alta_r：醒来？为了什么？
师父：为了和平，和一切，还记得我们刺客是为什么而战的吗？但你，我的徒弟，你的狂妄和自大盖过了刺客该有的东西
Alta_r：那你对我的决定是什么？
师父：就你的所为给我们带来的代价，加上Kadar的死，你本来该偿命，但这样的话浪费了我的时间和你的才能，我现在给你个赎罪的机会，但是你以前的一切功绩一笔勾销，现在退为组织的学徒等级，武器也必须上缴，你必须努力挣回最强刺客的称号
Alta_r：那么说你另有计划了？
师父：但首先你要像我展示刺客的本质
Alta_r：想要我取条人命？
师父：非也，不用急，我们组织有内鬼，有人向Robert de Sable通风报信，把他找出来并带到我这里
Alta_r：告诉我有关这个叛徒的行踪
师父：我们的对话到此结束，剩下的就看你的了
任务开始，Alta_r现在只有4格HP，所有武器和战斗技能也丧失，走到城堡门前回遇到同门，提醒他身为刺客要干的事（暴力获取信息，偷情报等，Alta_r显得很不耐烦），最后提醒他去城里的集市看看。于是只身前往，注意屏幕右下角的标记，中间是距离，图标是方向，同时可以随时按Back键调出地图查看。
现在城里开始有很多小旗子供收集用，作用未知
到了集市，到对面长凳上坐下，按Y，高亮的人是目标，看到后按LT锁定开始偷听。两个人在谈论内鬼放Robert进城的事，并提到内鬼的名字写在一封信上。
完了以后任务变为偷信，到达现场后先和正在对话的两人保持距离，按Y看到高亮要偷听的人后按LT锁定他进行偷听，完成后在LT锁定状态下跟踪他，离他近的时候按下B偷信，注意如果他起疑停下张望时不要动手。
成功后任务更新为暴力逼供，地点在一个半山腰，台上有个家伙发表反动言论（内容为污蔑好人，不过也没多少人听他在讲），同样，合适的距离下先按Y高亮后LT锁定偷听，他讲完后下台，跟踪他至人少的地方，按X把他打到说为止，审问过程中发现这家伙是个为圣堂骑士效力的，但是是一个叫甲马（不是MJ）的人让他开的门。
把这人带到师父那里，师父比较满意，把那人处决后师父把长剑和暗器剑还给Alta_r
Alta_r：那甲马呢？
师父：不用管他了，会有他死的一天的。你的任务是帮我暗杀九个人，他们都是些败类，LJ，贪婪，腐朽，想再次进行万恶的东征，华丽的干掉他们吧，这样你的灵魂也能得到安宁。
Alta_r：九条命换我一条？
师父：很不错的交易了，还有问题吗？
Alta_r：嗯，我从哪里开始？
师父：很乖我喜欢！去Damascus的黑市找到Tamir这个JS，让他成为你的第一个吧~~同时我这里放只鸽子去帮你报个信，到Damascus后先找分部负责人吧，他会布置剩下的东西。
于是玩家的刺客生涯正式开始
出门以后刺客组织的武术老师上前来对话：Alta_r，我的学生们都脑残了，请你向他们展示刺客华丽的剑术吧，随即进入武器指导
进入场地后按LT开始，这次训练的是连击，按X，敌人会防住你的攻击，在防住你的一瞬间再按X使出连击，成功两次后结束。
按照图标到城门口，现在可以出城了，同时城门口左边有马可以骑，靠近按A或B自动上马，骑马的操作和主角一样，按X可以马上拔剑攻击，但是不推荐。一路骑马到Kingdom你会看见整个游戏的第一个View Point（右下角显示老鹰图标），爬到顶端按Y鸟瞰，完了跳楼（每个View Point都可以跳），一旦鸟瞰以后这个区域的其它View Point也会在地图上显示，同时如果鸟瞰过的这个区域内如果有任务的话也会有相应图标显示。路上你可能会遇到圣堂骑士，见你就打的那种就是了，整个游戏有60个，现在不推荐打他，技能不够难度太大，以后再说。
Damascus在大地图右边，月亮图标。到了城门口会看见被欺负的僧人，把三个守卫打倒后按LT救他，对话完毕后集市会出现一群僧人，到他们面前按A，装作他们的一员伪装进城
进城后先找View Point爬，不爬的话任务图标不会显示，以后所有城市都是这个格式（以后不再重复）：装僧人进入城里（每个城里分三块区域，第一次进只能进第一块区域）；找View Point；进刺客分部介绍任务；出门获取猎物信息（6个小任务，完成任意3个就可以回分部得到暗杀许可）；杀掉猎物；逃回分部
不同的是现在多出一种帮城里同门的任务，那些穿着跟主角差不多的就是同门，他们会给主角布置的任务多为：暗杀；限时暗杀；限时找旗子，完成后他们会告诉Alta_r当地跟暗杀有关的信息，搞笑的是如果你仔细听他们委托主角做任务的理由，多为我腰酸，背痛，腿抽筋，搞不定靠你了，或者是，我惹事了，帮我摆平吧大哥
刺客分部负责人的对话提到Tamir是个武器商人，同时是个JS，从整个战争中获取了不少非法利益等等（该死），Tamir今天将在集市有一桩大买卖，Alta_r认为这个是刺杀他的好时机，后动身前往集市。
刺杀Tamir
到了集市看见Tamir在和一个年老的铁匠口角，抱怨铁匠工作效率，老铁匠顶了他句，结果被Tamir乱刀砍死
完了以后他会动身离开集市，用鹰之视野扫一下，他是金色的（重要目标），看准了跟上去按X，暗杀成功。
他在合眼前的对话：
Tamir：这么多跟我一样的JS，偏要杀我，你自己清楚是为什么吗？
Alta_r：JS就是该死，看看你干的好事，给大马士革的人民多大的痛苦。
Tamir：我知道你为什么杀我了，呵呵，我的其他“兄弟”不会饶恕你的
Alta_r：我也很乐意帮他们合眼
Tamir：多么孤傲的灵魂，你的自傲总有一天会毁了你的
说完就挂了。
开逃！整个游戏最精彩的地方，现在整个城市警钟长鸣，所有守卫见你就拔刀，不要跟他们纠缠，快速离开现场上屋顶奔向刺客分部，中间要想办法甩掉追兵，相当简单，他们看不见你的时候（左上角**警示），找个地方躲一下就行，甩不掉追兵的话刺客分部不会让你进入。
进入后分部负责人恭喜Alta_r首刺顺利，再次赢得了组织的信任，Alta_r的回应是，我不关心别人的想法...
对话完成后，返回到现实世界，医生说你干的不错，上床睡觉吧
之前可以和Lucy对话：
Desmond：能聊下吗？
Lucy：我很忙，计划一个星期内完成的，现在还剩6天
Desmond：什么计划？
Lucy：不好意思我不能说
Desmond：你如果是我的话你会怎么想？被群科学家，至少你们看起来像科学家，绑架后关起来做实验，我还应该想什么，谢谢你们留我不死吗？整件事对于我来说就像一坨屎（this is so fucked，游戏里唯一一次爆粗口）
Lucy：啥？
Desmond：我要一些答案。
Lucy：不行，考虑到大家的安全
Desmond：成，那我问你个答得上来的，为什么我梦境里的人说的是现代英语？
Lucy：英语不是圣城的官方语言我知道，虚拟机有翻译功能的。
Desmond：告诉我，你们Abstergo是间什么公司？
Lucy：是个跨国制药公司，更多的信息电脑里有，自己去看吧
对话完毕，睡觉
第二天
医生：起床干活，我们时间不多
出门到大厅
Desmond：Lucy人呢？
医生：别急，她到时候会出现的。
Desmond：告诉我，医生，你们到底想达到什么目的？
医生：你不看电视，报纸？
Desmond：不看，我不关心那些东西
医生：那我帮你总结下吧，这个世界一团糟，你也看见了，一千年以前的野蛮世界，到了现在进步了多少？
Desmond：你想表达什么？
医生：秩序啊，帅哥，世界需要秩序，这就是我们的目的，也是要你帮我们的原因。
Desmond：你想说你们在为美好的明天努力？
医生：是啊，人生下来不知道为什么而活着，告诉他们为什么之后世界会变的很美好。
Desmond：是吗？
医生：嗯，这也不是你们刺客的目的吗，世界一片和谐（一语双关，也指刺客猎物挂掉后的死寂）
Desmond：我还是不懂
医生：你会懂的，实际上我不关心你懂不懂，只要你可以告诉我们“它”在哪里就行
Lucy出现，上虚拟机进入回忆