沈阳综合保税区是在原有的辽宁沈阳出口加工区、辽宁沈阳（张士）出口加工区、基础上整合组建的，于2011年9月7日正式获得国务院批准。根据《国务院关于同意设立沈阳综合保税区的批复》（国函〔2011〕100号），沈阳综合保税区规划面积7.1982平方公里，分为A、B两个区块，两区块间距离为81.3公里。A、B两区将形成“资源共享、错位布局、互为补充、共同发展”的战略局面。 沈阳综合保税区（A区）规划面积4.1982平方公里，位于沈阳近海经济区，东至通海产业大道，南至沈盘公路，西至回水渠，北至南三路，其中一期建设面积为1.168平方公里；沈阳综合保税区A区是由原沈阳保税物流中心和原沈阳（张士）出口加工区合并后组建的;A区将依托沈西工业走廊和沈阳近海经济区的资源优势，吸引大型的仓储、分拨、配送及采购类别的物流企业以及加工贸易型企业入驻，突出综合保税加工和保税物流的功能。
沈阳综合保税区（B区）规划面积3平方公里，位于沈阳浑南新区东产业区，东至祝科街，南至沈抚铁路，西至文溯街，北至浑南大道，其中一期建设面积为0.686平方公里。沈阳综合保税区与绥芬河综合保税区、大连保税港区遥相呼应，努力打造一个非临海、临江，非临边、临空，最具腹地纵深的内地虚拟口岸。B区将依托高新技术产业集群优势以及背靠桃仙机场的区位优势，大力发展国际航空物流，吸引对航空运输时效性、依赖度较强的电子信息、生物制药、环保节能等高新科技、高附加值的产业类别企业入驻，突出口岸通关和保税加工功能。原辽宁沈阳出口加工区则改为沈阳综合保税区（B区）。