两者之间不同的关系就在于物流和代理 。
代理公司：简单说就是个中间商，通过嫁接来服务。
物流公司, 它可以代表代理公司,也可以 自己运输, 公司的运作范围, 途径。
物流公司能开增值税发票, 代理公司开不了，只能开运输发票。
所谓物流公司是指生产经营企业为集中精力搞好主业，把原来属于自己处理的物流活动，以合同方式委托给专业物流服务企业，同时通过信息系统与物流企业保持密切联系，以达到对物流全程管理的控制的一种物流运作与管理方式。
货运代理（FORWARDERS，FIATA） 货物代理，有些是中间商就是自己没有船或者飞机的 或者船公司、航空公司，都是货代。职责是，把委托者委托的货物，通过制定的运输途径，从一地运往另一地。货运代理是为运输公司（海、陆、空）代理收运货物、揽货的公司。