1993年10月5日，民生公司首开水路集装箱运输，为重庆外贸运输打开一条新的通道至今，重庆地区集装箱班轮公司已增至10家，集装箱船舶达150余艘，集装箱总运力超2万TEU以上。
1998年5月，重庆及西南地区第一座专用集装箱码头----重庆港九龙坡港区专用集装箱码头破土动工，年设计通过能力5万TEU，2000年7月建成试投产。九龙坡集装箱码头的建成，为重庆集装箱运输的快速发展打通了港口枢纽节点，极大的提高了重庆水运口岸集装箱通过能力。随后又建成或正在规划建设中的还有重庆新港码头、重庆寸滩集装箱码头、重庆茄子溪码头、重庆茶园码头、重庆黑石子码头、重庆理文纸业码头、重庆玖龙纸业码头。这些码头的建设，为西南地区的外贸进出口货物提供了安全便捷的通道。
重庆内陆港口集装箱运输的特点
重庆港口集装箱运输集码头、堆场、货站三位一体。重庆集装箱运输发展较晚，目前还没有一个真正意义上的港外堆场，所有的空箱、重箱都堆存在码头，码头堆存压力紧张；另外，因重庆地区很多进出口企业和工厂不具备装拆箱能力，装拆箱的压力再次转移到了港口，重庆港口装拆箱的比例是沿海港口的30倍以上。
先进的运输方式与传统的管理经验相混杂。重庆集装箱运输从传统的件杂货运输方式演变而来，不论从人员的组成、管理方式上都习惯于传统的管理经验来进行集装箱管理，与沿海先进的集装箱管理理念还有较大的差距。
先进的技术装备与落后的管理手段并存。不论是扩能技改还是新建的集装箱码头，技术装备上都采用先进的设备，但设备的管理手段十分欠缺，装备水平与管理水平之间的矛盾突出。
重庆港口集装箱运输存在的问题
码头前方的通过能力与后方的堆存能力不匹配。重庆又称山城，山高路不平，港口附近相对平坦的土地资源更是十分稀缺，一般情况下码头后方可供延伸的陆域资源非常有限；另一方面，因重庆内陆港口集装箱运输集码头、堆场、货站三位一体，港区外无专用集装箱堆场，进一步加剧了港口堆存矛盾，码头后方的堆存能力相对不足，与前方富裕的通过能力之间的矛盾是近几年港口集装箱运输发展中面临的最主要的问题。
港口装备能力不足，特别是设备保障能力不足。近几年，港口不断进行技术改造，添置适合于内陆港口的桥吊、正面吊、堆高机等，更新集装箱装备，港口装备能力不足的矛盾有了一定程度的缓解；随着新设备的引进，对设备故障的准确诊断、及时处理，特别是PLC等智能控制系统方面，明显滞后于生产的需要，加之港口的设备大多呈单点性，一旦设备发生故障不能及时处理，常常造成船公司班轮的延误。
航运与物流人才短缺。重庆集装箱运输的发展，从传统的件杂货管理方式演变而来，缺乏先进的集装箱管理理念；同时，发展时间短，地处内陆，航运与物流国际人才高地还未真正建立。
码头岸线资源统筹规划使用的力度不够。重庆水运发展中存在的诸多薄弱环节之一就是水运基础设施建设明显滞后，规模化、专业化、机械化码头较少，但由于利益的驱使，码头岸线资源的审批粗放，部分规模小、个体或民营的自备码头大有遍地开花之势，造成码头岸线资源浪费和重复建设。
与港口配套的集疏运一体化基础设施水平较低。集装箱运输是一个系统工程，集疏运一体化是港口物流节点的延续和支撑。目前重庆集疏运呈散、乱、小，大多个体经营，往往是购买一台拖车就成立一个物流公司，管理水平和适应市场的能力低，抗风险的能力弱，集疏运缺乏规模化。
未建立集装箱数据信息交换平台。目前，重庆虽然建立了EDI中心，但未真正进行集装箱数据交换运行。船公司、代理公司、港口都各自开发了自己的集装箱管理系统，相互之间数据信息并不共享，大多仍采用传真的形式，急需建立集装箱信息交换平台。
水铁集装箱多式联运一片空白。多式联运是体现集装箱运输优越性的重要特点之一，重庆水运发展迅猛，重庆铁路网络也十分发达，且九龙坡港区拥有铁路专用线与铁路网络直接贯通，但因为铁路运输的体制限制以及利益分割的影响，水铁集装箱多式联运还未开展起来。
航道通行能力有限。随着三峡工程的全面蓄水，重庆至宜昌段的航道通行能力大幅度提高。主要制约因素是荆沙河段，每年的枯水季节船舶不能满载，给船舶运行带来安全威胁和成本上升，同时给港口生产组织带来较大的影响，班轮到达不均衡，码头移泊频繁，港口生产效率下降。
重庆港口集装箱运输面临的发展机遇
1.中央发展西部地区的战略机遇。西部大开发、重庆直辖，是党中央、国务院发展西部地区经济的重大战略举措。国务院把重庆市定位于西部地区的重要增长极、长江上游地区的经济中心、西南地区综合性交通枢纽、我国重要的中心城市----世界级特大城市、我国重要的制造业基地、城乡统筹发展的直辖市。
2005年11月27日，由交通部牵头，土地面积占全国的15%，人口占38%，GDP占46%的长江经济带七省二市，联合签订了“长江经济带合作协议”，构筑长江经济带首尾呼应、联动发展的战略格局；2006年3月，国家把加快长江黄金 水道建设和发展纳入了《国民经济和社会发展第十一个五年规划》；2007年6月9日，经国务院同意，国家发展改革委员会正式批准重庆和成都为全国统筹城乡综合配套改革试验区，为重庆带来了新的发展机遇。
2.重庆市委、市政府作出关于充分发挥长江黄金水道作用，进一步加快建设长江上游航运中心的决定。决定指出：在2010年前，建成航道干支畅通、港口功能齐全、船舶结构合理、支持保障有力、市场规范有序、与其他运输方式协调发展的内河水运体系，全市港口货物吞吐能力达1.25亿吨、集装箱160万标箱、汽车滚装140万辆，船舶运力达到500万载重吨，货运量达到1亿吨，各项主要指标实现在“十五”的基础上翻一番的目标，基本建成长江上游航运中心；2020年实现全市水运现代化。
为确保目标的实现，重庆市政府将出台一系列的优惠政策，如制定集装箱通过高速公路的优惠通行办法，以吸纳云贵川等西部地区更多物资通过重庆市水运；在税收方面，积极推进建立保税港区和临港物流园区，国外货物入港保税，国内货物入港还税，港内加工产品、港内货物自由流通不收增值税，以吸引周边货物转口物流通过重庆港聚集；在水运基础设施建设用地方面，给予土地储备政策和相关优惠。
3.长江黄金水道的天然良港是重庆港口集装箱发展的自然条件优势，且沿江产业集聚，运输需求不断增长。三峡成库后，由于水位的抬升，航道条件将大为改善，船舶将向大型化方向发展，船舶运行周期缩短，船舶运行成本将大幅度下降。由于长江黄金水道优势的进一步凸现及长江快速通关体系的建立，将有更多的世界海船公司把目光聚焦重庆，水路集装箱运输的竞争力进一步增强。
据悉，目前世界20大集装箱班轮公司，包括马士基海陆、地中海航运、达飞轮船、长荣海运等，已全部进入重庆，重庆集装箱市场拥有的世界集装箱班轮公司已达60余家。
4.重庆具有良好的区位优势和产业基础优势。随着经济全球化的快速发展，新一轮全球产业结构调整步伐加快，国际资本、技术加快向我国转移。重庆是中西部地区承接产业转移条件最好的地区之一，具有区位上的枢纽优势、政治上的直辖地位和产业基础厚实、人力资源富集的优势。
重庆内陆港口集装箱运输发展的建议
抓住发展机遇，乘势而上。作为重庆港口集装箱的重要主体，重庆港务物流集团坚持以科学发展观为指导，以全新的视野，从全局和战略的高度，抓住机遇，整体规划，科学布局，已经制定《重庆港口物流业发展布局规划纲要》，提出到2010年末，建成长江上游最大的水运枢纽港和集装箱集疏港，建成西部地区最大的、最有带动力、控制力和影响力的，全国有实力、有影响的现代物流企业集团，成为重庆商贸中心、物流中心、航运中心和临港工业发展的重要支撑。
集并优势，提升核心竞争力。集聚码头有限资源，充分发挥规模效应，不断提升港口的经营规模和综合服务能力，培育和提升核心竞争力，让长江“黄金水道”真正“流金淌银”。
不断提升码头集装箱运输的服务水平。建立绿色通道，为客户提供个性化服务，以服务求质量，通过改进服务质量，把握先机，不断培育和开发市场，不断满足和创造客户需求，创造客户满意，确保船公司班轮来得顺畅，走得准点。
建立集装箱管理及技术人才的培养和引进机制。倡导学习的氛围，除却固步自封，关注集装箱发展的前沿态势，借鉴先进的集装箱管理理念，熟悉先进的集装箱作业工艺，建立集装箱管理及技术人才的培养和引进机制，着力提升其战略意识、创新意识、开放意识，提高集装箱管理水平。
加强码头岸线资源的统筹规划使用管理。码头岸线资源是不可再生的有限资源，既要加快建设长江上游航运中心的进程，大力发展水运基础设施建设，同时又要兼顾物流企业当期与未来发展的利益需要，重庆市委、市政府已高度重视，已经制定出台《重庆市港口管理条例》，建立有偿使用岸线资源的机制，制定相应征收办法、开征岸线使用费。
积极推进“一城一港”战略。“一城”是指城乡统筹发展的直辖市，“一港”是指对港口和岸线资源的统一管理，另一方面是指长江上游航运中心的城市港口群，主要分布在重要交通枢纽的主城、涪陵、万州三大港区和江津、永川、合川、奉节、武隆五大重点港区，2006年7月28日，重庆市委、市政府积极推进国有资源的整合，万州港、涪陵港整体划转重庆港，“三港合一”标志着“一城一港”战略构想成为现实。重庆港承担着全市港口项目投资、建设、经营、管理和对外招商引资等职责。
建立集装箱多式联运协作机制。集装箱水铁多式联运的关键在于铁路，根据重庆市人民政府《关于充分发挥长江黄金水道作用，进一步加快建设长江上游航运中心的决定》，建议重庆市水运发展协调小组把建立集装箱多式联运协作机制作为解决水运发展中的重大事宜来抓，打破铁路瓶颈，延伸集装箱腹地范围，充分发挥集装箱多式联运优势。
建立集装箱信息交换平台。建立覆盖港口、船公司、代理公司、海关、国检等口岸单位的重庆口岸集装箱数据交换EDI中心，全面推进“长江流域 国际集装箱多式联运”沪渝内支线电子单证系统，通过EDI系统实现同上海平台的交换，用户同长江多式联运业务与上海船公司、码头、内支线承运人及代理进行发送、接收进出口中转舱单、电子订舱等多种电子报文，通过这些传统单证的电子化，使内地企业减少中转单证数据误差率，缩短出口退税时间等。