肯尼亚的清关政策请参照肯尼亚有关海关管理规章制度，如：《东非海关管理法》、《关税与货物税法》、《公共健康法》、《渔业法》、《植物种籽品种法》等。
自2005年6月30日起，肯尼亚对进口产品实施装船前认证。根据规定，所有进入肯尼亚的商品均需证明符合肯尼亚的标准， 或得到由ISO/IEC17025体系授权的实验室、国际实验室认可的合作组织或国际检验机构联盟签发的产品测试证明。进口商如不能提供上述有关证明和报告，其进口产品将在口岸被扣留并进行产品质量测试，有关费用由进口商承担。
肯尼亚对进口植物和植物产品规定有严格的检验检疫程序。一般而言，对进口植物和植物产品分为仅凭进口许可即可放行的产品、必须进行卫生检疫的产品和严格禁止进口的产品三种类型。对于某些来自境外某一特定地区的特定植物或植物产品可凭肯尼亚植物健康检验服务局签发的许可证明予以放行；对于某些可能会给肯尼亚本地植物带来不良影响或疾病的植物及种籽必须在口岸进行检疫，如甘蔗等植物产品；对于某些肯尼亚政府明令禁止进口的产品则严禁通关，如黄豆、豇豆、苜蓿和小扁豆等，违者将受到重罚。有关卫生检验检疫的具体规定及信息可登录肯尼亚植物健康检验服务局网站查询：kephis.org