物流工程是支撑物流活动的总体工程系统，可以分成总体的网络工程系统和具体的技术工程系统两大类。
具体物流技术工程系统
可以细分以下几个主要的工程领域：
1、包装工程
这个工程系统是运用各种材料、装备、设施，以形成各种形态的包装，进一步支撑物流。
包装工程主要分成一般物流包装工程和集装工程两大领域。支撑物流的包装工程，主要是对被包装物具有防护性和便于物流操作两个功能。虽然也要结合考虑商品的促销性和装潢性，但那不是物流包装工程的主要内容。
集装工程是包装工程向现代化发展的产物。很多研究者认为，集装工程已经不再属于包装工程的一项内容，而是可以完全独立形成体系。集装工程包括托盘工程、集装箱工程、集装袋工程以及其它集装工程，等等。
2、储存工程
这个工程系统是运用仓库和其它存储设备、设施以使储存这一项物流环节按物流的总体要求进行运作。
储存工程系统是物流领域向现代化发展最强劲的系统之一。也是自动化的重点领域。高层立体货架系统、自动化存取系统、无人搬运系统、计算机库存管理系统等等是储存工程系统的重要内容。
3、输送工程
输送工程包含了整个传统交通运输领域，并从现代物流角度，运用系统的物流技术，对传统的交通运输工程进行了大幅度的提升。除了一般的公路运输工程、铁路运输工程、水运工程、航空运输工程之外，现代物流系统的输送工程，特别重视不同的传统运输方式综合的、最优的组合，出现了"门到门"、"库到库" 甚至"线到线"的高水平输送方式。在一体化的物流系统范围内，出现了跨越不同传统运输方式的"驼背运输"、"滚装运输"、"多式联运"等输送方式和工程系统。
4、装卸搬运工程
这个工程系统是运用各种装卸搬运机具及设备，以实现物的运动方式转变和场所内物的空间移动。
装卸搬运工程经常是物流其他工程的分支或附属，对于大量物流的系统而言，装卸搬运工程有相当强的独立性和很高的技术要求。例如港口的集装箱装卸工程、煤炭、矿石装卸工程，大型仓库、火车站的装卸工程等等。
5、配送工程
这个工程系统是通过配送中心、配送装备，实现物的最终送到用户。
这个工程系统曾经是输送工程的一个组成部分，是末端输送工程。由于这个工程系统在管理方式、科学技术、装备设施方面有别于干线输送工程，同时，现代社会对服务水平的强调，又需要特别构筑直接面向用户的这个工程系统，配送工程是最近特别引起物流界重视的工程系统。
配送工程的重要性还在于，它是直接和电子商务连成一体的物流工程系统，所以与新经济的联系更为密切。
配送工程也是保障新经济体系的"零库存生产方式"的一个系统，配送工程所依赖的科学技术，主要有配送装备、网络技术和系统规划技术。
6、流通加工工程
这个工程系统是通过流通过程的加工活动，提高物的附加价值和物流操作的便利程度。
流通加工工程所依托的科学技术、机械装备，源于各种产品的生产和应用领域，由于被流通物涉及面广，这个工程系统非常复杂。
比较重要的流通加工工程有：冷链工程、生混凝土工程、钢板剪板工程等等。
7、供应链工程
这个工程系统是通过供应链的构筑，建立新型的流通秩序。
供应链工程是当前发达国家特别致力于建设的工程系统，也受到了我国经济界的重视。
供应链工程主要依托四项支持活动：完善网络信息技术的、柔性的、精密的物流系统、供应链管理和买方市场的经济体制。不同的供应链可能全部或部分包含上述各项物流工程系统，可见这个工程的复杂性及其难度。
总体物流网络工程系统
以它所起的作用而言，实际上是支撑各种物流活动，支撑各种物流经营方式进行运作的平台系统。这个平台系统由两部分构筑而成：
1、物流信息网络工程
这个工程系统是通过大范围的信息生成、收集、处理和传递，以支持物流系统的管理和经营，支持所有的物流活动。物流系统的主要特点是跨地区、大范围、多结点，因此，只有在信息技术和网络技术的支持下，才会解决物流系统的构筑问题，因此物流信息网络工程是维持这么庞大而且复杂系统进行运转的绝对不可缺乏的手段。
除了基本的管理信息系统，决策支持系统、库存管理系统、条形码系统之外，还有全球卫星定位系统、远程数据交换系统、分销配送系统等等信息工程技术。
2、实物流网络工程
资源配置最终的、具体的实现，必须要通过实物流网络，实物流网络是实现物流的重要生产力要素，它集中了物流系统的主要设备、设施以及技术、管理、劳动人员。这些生产力要素配置在由物流接点和物流线路所构筑成的实物流网络上面，并以此覆盖生产企业、供应商、用户。
实物流网络的构筑和运行是物流系统建设和运行的主要资本投入领域，也是对人力、物力、能源消耗最大的领域，因此，这是成本集中的领域。
实物流网络是输送工程和配送工程的集成，在整个实物流网络中，输送路线和配送路线相互连接与交叉，存在着此消彼长的关系。如何规划配送节点，关系着整个实物流网络系统的柔性和成本。
实物流网络工程是个复杂的系统工程，它的水平体现了综合物流的水平。