应付账款对账通常是以发票为准，而不是以入库为准。因为应付账款是指公司向供应商购买商品或接受服务后尚未支付的款项，而发票是供应商向公司开具的明确记录这些交易的凭证。而入库单只是辅助记录这些商品或服务何时到达公司仓库或工厂的文件。因此，以发票为准更为准确和可靠。
当然，在实际操作中，应付账款对账也需要参考其他相关的文件和记录，例如采购订单、出库单、交货单等。在实际对账中，可以采用以下步骤：
1. 根据发票和采购订单进行初步比对，确认商品或服务的名称、数量、单价、金额等信息是否一致。
2. 根据出库单和交货单进行比对，确认商品或服务是否已经到达公司，并且是否符合采购订单和发票的要求。
3. 根据入库单和交货单进行比对，确认公司是否已经收到了供应商送来的商品或服务，并且是否符合采购订单和发票的要求。
4. 最后，进行账面余额与实际余额的比较，确认应付账款是否正确。
如果发现应付账款存在差异，需要及时与供应商联系核实，并进行调整。此外，还可以采用现代化的财务管理软件和系统，自动进行对账并及时发现异常情况，提高对账的准确性和效率。