（1）基于国外大宗进口商品向国内市场分销的物流运作模式
国际大宗进口商品利用保税区作为物流分拨基地，面向国内市场开展分销活动，是目前一些跨国公司和具有较强专业性国际企业在中国市场的一种主要运作方式。以保税区为分拨基地的物流活动，其主要的好处有：1）缓征进口关税，减少企业的资金占用；2）能够根据客户要求及时报关进口手续，保证现货交易，避免交货延误；3）利用中国保税区低成本的物流及相关服务设施，降低分销活动中物流成本；4）便于开展售后服务，提高客户服务质量。总之，利用保税区作为分拨物流基地，可以从整体上降低国际进口商品在中国的销售成本、提高服务效率和质量。
此类物流业务对保税区物流功能的需求，主要是以仓储、配送、报关服务、简单流通加工和物流信息服务为主。
（2）基于国内出口商品在保税区集结和配送的物流业务运作模式
随着全球经济一体化进程的加快和中国商品国际竞争能力的提高，跨国采购活动已日益频繁地出现在中国市场，许多生产性跨国公司、国际大型零售企业和专业化国际采购公司的国际采购网络正在向中国延伸，并在我国沿海地区的大型港口城市，特别这些地区的保税区中开始建立国际采购中心，将从中国市场采购的商品源源不断地输往世界各地，进一步带动了我国出口的活跃和发展。此外，国内一些新兴的企业集团和贸易公司也在加大开拓市场的力度整合出口渠道和资源，开始重视利用保税区作为出口商品的集配中心。因此，基于出口商品集散的物流业务就成为保税区物流运作又一主要方式。
保税区出口商品集散物流运作的其主要的优势是，1）便于根据国际市场生产和销售需求，提供配套商品和服务；2）出口企业能够在商品离境之前享受出口退税、结汇等贸易促进政策，加快资金周转；3）便于利用保税区低成本的物流及相关服务设施，降低分销活动中物流成本；4）降低出口企业的市场风险，缩短理赔、补货以及调换商品的时间，减少出口企业的损失。
出口商品集散中心的物流功能除基本的仓储、运输、流通加工、报关服务及信息服务等基本服务和增值服务之外，还需要提供商品检验服务，以在保税区这样的境内关外区域发现出口商品的问题，并在货物离境出区之前完成可能出现的理赔、退货、补货、调换等出口后序工作。
（3）基于加工贸易的国外原材料进口与制成品出口的物流业务运作模式
加工贸易是我国国际贸易中最为重要的贸易方式之一，也是支撑我国保税区发展、特别是物流功能发展的主要动力。从保税区的实际运行情况来看，与加工贸易有关的物流活动可以分为两种类型：一是与非保税区加工贸易企业从国际市场进口原材料有关的物流活动，以及与制成品向国际市场和国内市场销售相关的物流活动；二是保税区内加工企业的利用进口和国内市场的原材料的物流活动，及其制成品向国际市场出口和国内市场销售出口的物流活动。由此可见，加工贸易企业进出口活动所带动的物流活动是非常频繁的，其物流业务的运作形式也比较多样化。
（4）基于转口贸易的物流运作模式
同国际自由贸易区一样，转口贸易是保税区的又一重要功能。转口贸易的开展和扩大，受到多方面因素的影响：一是保税区（或自由贸易区）应在区域市场中具有较好的地理区位优势；二是保税区能够提供进出自由的制度环境和便利条件；三是保税区应位于区域或世界交通枢纽，具有良好的运输条件和物流设施；四是保税区的物流运作成本相对较低；五是保税区及港口、海关等方面的管理效率较高。
转口贸易的物流运作是以区内第三方物流企业为主体，其物流业务的主要内容是为转口过境商品提供仓储、多式联运、城市物流分拨以及物流信息服务等。
（5）基于国际商品展示的物流业务运作模式
保税区的国际商品展示功能是扩大保税区贸易进口和加工贸易增长的一个重要的辅助功能。特别是随着中国成为WTO成员国，中国市场的进一步开放会带来更多的国际商品进入中国市场。保税区通过为企业提供商品展示功能和交易服务功能，可以促进保税区贸易活动的开展，增加保税区物流流量。
以国际商品展示为基础的物流运作基本类似于大宗进口商品的分拨和配送物流，但运作主体是保税区内的物流企业，进口物流的批量将随国际国内需求的增长逐步增大。