1 你的行为属于职务行为，所以说应该由你的公司承担相应的法律责任，你经理说由你来负责是不妥当的，但是可以由你继续来处理这事情，但是法律责任应该由公司来承担。
2 快递公司延迟送达，属于违约行为，你们可以要求其承担相应的违约责任，既可以要求其赔偿你们相应的损失。
3 退回货物是原费用的1.3倍，这也是不妥当的，应该按照相应的通常的费用计算，也就是按照平时的费用计算。
4 你们经理所扣款项应该全部支付。不然你们也就是违约，对方可以要求你们承担其损失。
补充回答：
1 地震属于不可抗力，所以是不用你承担相应的违约责任的。
2 如果那快递公司是因为你自己的过错而没有知道的话那么你应该对你公司承担相应的责任，但是不对快递公司承担责任，说明白点就是你只对你公司负责，然后你公司对快递公司负责。具体的你公司对你怎么处理可以按照其相应的规定的。