日本包通关和直邮主要在以下三个方面存在区别：
1. 物流方式：直邮是从国外直接发货到买家手中，而包通关则是指卖家将包裹从国外寄到国内某地中转站，从中转站再发到买家手中。
2. 费用承担：直邮的费用包括了从国外直接发货到买家手中的所有费用。而包通关则是卖家承担从国外寄到中转站这段的运费，买家承担从中转站到个人手中的运费。
3. 风险程度：包裹在直邮过程中，如果超出海关规定的合理自用范围，可能会面临通关问题，而包通关是通过正规渠道进行申报运输全程，包裹全程不开箱，全程都可以追踪，相对来说风险较小。
总的来说，包通关和直邮的主要区别在于物流方式、费用承担和风险程度。
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