物流企业主要从事代理服务和运输、仓储等业务，因为同时涉及交通运输业和服务业，且两种行业的税率又有所不同，这就为其进行纳税筹划提供了空间。
一、转变经营方式巧筹划
增值税一般纳税人在销售货物时一般是根据进销差价按照13%或者17%的税率缴税；而营业税应税劳务中的“服务业—代理”税目的税率仅为5%。如果物流企业能够使自己从物资供应商的角色转变为销售代理商就可以实现节约税收的目的。
案例一：吉祥厂是一家生产水泥的厂家，其产品的市场销售价格为520元/吨（不含增值税），如意公司为一家物流公司，由于该公司每年可以为吉祥厂销售30万吨产品，所以享受500元/吨的优惠价格。现在有一家广厦房产企业需要购买5 000吨吉祥厂的水泥。
《增值税暂行条例》规定，物流企业从上游企业采购货物再销售给下游企业属于转销，应就转销中的差价征收增值税，税率为17%或者13%。财政部、国家税务总局《关于增值税营业税若干规定的通知》（财税[1994]26号）规定，代理销售行为不征收增值税，只征收营业税，但是代理行为须满足下列条件：（一）受托方不垫付资金；（二）销货方将发票开具给委托方，并由受托方将该项发票转交给委托方；（三）受托方按销售方实际收取的销售额和增值税额（如系代理进口货物则为海关代征的增值税额）与委托方结算货款，并另外收取手续费。因此如果物流企业能够实现将转卖过程中的差价由交增值税变为交营业税则可以实现较大的税收利益。
方案一：广厦集团直接从市场购买，则需资金5 000×520=260（万元），吉祥厂需交纳增值税为260×17%=44.2（万元），该增值税实际上由广厦集团承担，所以广厦集团应支付304.2万元。
方案二：通过如意物流公司转购。如意公司以500元/吨从吉祥厂进货，以510元/吨的价格卖给广厦集团。广厦集团应支付购买价格为510×5 000=255（万元），支付增值税为255×17%=43.35（万元），共计298.35万元。如意物流公司从中赚取差价为10×5 000=5（万元），需交纳增值税为5×17%=0.85（万元），如意物流的纯利润为5－0.85=4.15（万元）（忽略城建税及教育费附加）。
方案三：如意物流进行代理销售业务。广厦集团按照510元/吨的价格直接到吉祥厂购买，如意物流收取吉祥厂5万元代理费，则广厦集团仍然只需支付298.35万元，而如意物流所得的5万元可以作为代理收入，只需按照5%缴纳营业税0.25万元，如意物流的纯利润为5－0.25=4.75（万元）（忽略城建税及教育费附加）。
对比以上三种方案，对于如意物流而言，第三种方案的收益大于第二种方案。对于广厦集团而言，第二种方案和第三种方案成本相同，均小于第一种方案。因此综合来看，第三种方案对于双方都是有利的。
二、转变合同形式妙节税
由于季节性工作量的差异，物流企业往往将部分闲置的机器设备出租。按照税法规定，财产租赁应按“服务业—租赁”5%的税率缴纳营业税，如能按照装卸作业则只需按照“交通运输业”缴纳3%的营业税。
案例二：好运物流公司决定将两台大型装卸设备以每月10万元的价格出租给客户甲，租期为半年。好运物流应当收取租金：10×6=60（万元）。客户甲除需支付60万元的租赁费，还需安排2名操作人员，两人半年的工资为6万元。
方案一：按照租赁合同执行，则好运物流应缴纳的营业税为60×5%=3（万元），应纳城市维护建设税及教育费附加为3×（7%+3%）=0.3（万元）。合计应纳税为3.3万元。该公司纯收入为60-3.3=56.7（万元）。
方案二：如果好运物流将租赁合同变为异地作业合同，由物流公司派遣两名操作人员并支付工资6万元，为客户甲提供装卸服务的同时收取66万元服务费，则好运物流按“交通运输—装卸搬运”税目应缴纳营业税为66×3%=1.98（万元），缴纳城市维护建设税及教育费附加为1.98×（7%+3%）=0.198（万元）。该公司的纯收入为：66－6－1.98－0.198=57.822（万元），与未筹划前相比增收1.122（万元）。而且客户甲不需要安排操作人员，虽然支付的费用相同，但是省去了很多不必要的麻烦，对合作双方都有利。
三、分别核算好处多
案例三：顺风物流公司是一个集仓储、运输为一体纳入试点的大型物流企业并且为自开票纳税人，2007年该公司的总收入为4 000万元，其中提供运输收入为1 400万元，提供仓储和其他业务的收入为2 600万元。
根据国家发改委等部门发布的《关于促进我国现代物流业发展的意见的通知》和国家税务总局《关于试点物流企业有关税收政策问题的通知》（国税发[2005]208号）的规定，对国家发改委和国家税务总局联合确认纳入试点名单的物流企业及所属企业开展物流业务应按其收入性质分别核算。提供运输劳务取得的运输收入按“交通运输业”税目征收营业税并开具货物运输业发票。凡未按规定分别核算其营业税应税收入的，一律按“服务业”税目征收营业税。因此，对于那些纳入试点的进行多种经营的物流企业来说，如果分别核算运输、整理、仓储、包装等业务可以将税率低的运输业务按照3%税率纳税；如果没有分别核算则统一按照5%税率缴纳营业税。
如果该企业没有分开核算各项业务，则应缴纳的营业税为4 000× 5%=200（万元），应缴纳的城市维护建设税及教育费附加为200×（7%+3%）=20（万元）。如果该企业分别核算运输收入和其他收入，则应纳营业税为1 400×3%+2 600×5%=172（万元），应缴纳的城市维护建设税及教育费附加为172×（7%+3%）=17.2（万元）。比较可知，分开业务核算可以节省税款200+20－172－17.2=30.8（万元）。此外，对于代开票纳税的物流企业来说，根据《国家税务总局关于货物运输业若干税收问题的通知》（国税发[2004]88号），代开票纳税人从事联运业务，其计征营业税的营业额为代开票注明的营业税应税收入，不得减除支付给其他联运合作方的各种费用，因此代开票纳税人在进行筹划时应注意将支付给其他联运企业的费用单独分开，由联运企业单独开具发票，而不要合并开具发票。
四、内部承租有技巧
税法对特定经营行为纳税义务人的界定，是以当事人是否领取了营业执照为标准，纳税人可以利用这一判断标准进行筹划。
案例四：东方物流是一家集装卸、搬运、仓储、租赁为一体的综合性物流公司，企业在向集团外部提供服务的同时也向集团内部提供服务，2006年企业决定将30间闲置厂房全部改造为门面房并以每间每年2万元的优惠价格出租给内部职工6年。
根据国家税务总局《关于企业出租不动产取得固定收入征收营业税问题的批复》（国税函[2001]78号）：企业以承租承包形式，将资产提供给内部职工或其他经营人员，在企业不提供产品、资金只提供门面、货柜或其他资产并收取固定的管理费用、利润或其他名目的价款的前提下，如果承租者或者承包者领取了营业执照，企业属于出租不动产或其他资产，企业向承包者或者承租者收取的全部价款，不论其名称如何，均属于从事租赁业务取得的收入，应按照“服务业—租赁”交纳营业税，如果该项资产是不动产（厂房、店面等），还要以租金收入作为计税依据，交纳房产税；但是承包者或承租者未领取任何营业执照，则企业向其提供各种资产所收取的各种名目的价款，均属于企业的内部分配行为，不征收营业税。因此从节税的角度考虑，企业对内部职工出租不动产时，应尽可能要求其不要办理营业执照。
方案一：承租人即内部职工领取营业执照。在这种情况下，东方物流应该缴纳的营业税为20 000×30×5%=30 000（元），应纳城市维护建设税及教育费附加为30 000×（7%+3%）=3 000（元），应缴纳房产税为600 000×12%=72 000（元），每年合计所承受的税收负担为30 000+3 000+72 000=105 000（元）。
方案二：出租时要求内部职工不办理营业执照，并以本单位的名义对外经营。则该企业不用缴纳每年105 000元的税收，6年就可以节省税款105 000×6=630 000（元）。
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