由于人为或自然因素，使环境中本来组成成分、状态、环境介质发生了变化，扰乱并破坏了生态系统与人们的正常生活条件，对人体健康产生了直接或间接乃至潜在的影响。物质在搬运、储存及流通加工等过程中，也会或多或少影响到周围的环境，造成不同程度的环境影响，有时甚至会引发环境污染。物流系统运作引发的环境污染问题较多，归纳起来主要表现在以下几个方面：
（１）对社会环境的污染人类社会中的商品种类是否丰富，商品数量、质量、品种能否满足人和社会的要求，商品流通是否畅通、及时，直接影响了人们的生活质量，也会影响社会环境质量。如某些粗制滥造的假冒伪劣商品会损害消费者的利益，甚至威胁消费者的安全和健康，造成社会消费观念畸形发展，对社会环境也会产生不良影响。
（２）对自然资源的破坏地球上的自然资源是人类赖以生存、发展的物质基础。商品生产、经济发展都离不开自然资源。但是，近一两百年以来，由于人类粗暴掠夺和过量开发、捕杀，不仅使不可再生资源日趋枯竭、匮乏。
（３）对自然环境的污染在商品生产、使用和废弃的过程中都有可能对大气、水体、食品及土壤等造成污染。商品生产、流通和消费过程造成的环境污染源主要有以下几个方面：
①商品生产过程产生的工业性污染物。商品的工业生产形成的三废（废水、废气、废渣），如果未经处理或处理不当就被排放到环境中，可能造成空气、水域、土壤、食品等环境污染。农业生产过程中大量使用农药，也可能造成农产品、畜产品及野生动植物农药残留量的增加，并通过生物链汇集对人类形成危害。
②商品流通产生的商业、物流污染物。在商品流通过程中，遇到有易爆、易燃、危险品、化学品在商业储存中保管不当，或运输中遭遇意外事故，都可能会使其散失到空间、水域或陆地，从而造成对环境的污染。
③商品消费产生的生活污染物。商品进入消费领域，被消费者消费后产生的废弃物、垃圾包装废弃物、粪便、生活污水、洗涤污水等，处理不当可以造成对环境的污染，甚至可能引起疾病的传播和流行等。