如果用EMS寄去日本的包裹被扣关，可以采取以下步骤：
1. 查询物流信息，确认包裹被扣关后，收件人需要先联系EMS或海关，了解具体的情况和要求。
2. 按照海关要求，准备好相关资料，如货物申报单、发票、装箱单等，并交清关税或补齐资料。
3. 如果包裹需要商业报关进口处理或退运处理，收件人需要按照海关要求进行操作。
4. 如果包裹需要退运处理，收件人需要联系EMS或邮政公司，按照要求进行操作。
在操作过程中，建议保存好所有相关的资料和信息，以便日后需要查询或证明。另外，为了避免类似的情况再次发生，建议在寄送包裹前了解相关海关规定和要求，并准确、真实地填写包裹信息和申报单。
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