多瑙河对其沿岸10国（乌克兰、摩尔多瓦、罗马尼亚、塞尔维亚、克罗埃西亚、匈牙利、保加利亚、斯洛伐克、奥地利和德国）都有重要的经济意义，它们以各种不同方式利用它运输货物、生产水电、供应工业和居民用水、灌溉和发展渔业。
多瑙河最重要的经济活动是货物运输，沿岸的大港口有：乌克兰的伊兹梅尔、罗马尼亚的加拉茨和布勒伊拉、保加利亚的鲁塞、塞尔维亚的贝尔格勒、匈牙利的布达佩斯、斯洛伐克的布拉迪斯拉发、奥地利的维也纳、德国的雷根斯堡。
第二次世界大战以来，河流经过疏浚，修建了许多运河，运输量大增。最重要的运河(具有连接全欧陆航运水道规画的一切因素)有多瑙-黑海运河和美因-多瑙运河。前者提供了一条自罗马尼亚的切尔纳沃德至黑海的更直接、更便利的航道；後者连接多瑙河至莱茵河，并由此通至北海。
多瑙河（主要是在上游）已被用于发电，而且开发工作已遍及下游。最大的水电工程之一——捷尔达普高坝和铁门水电站，是由塞尔维亚和罗马尼亚联合修建的。此建设工程不仅可生产水电。
维也纳、布达佩斯、贝尔格勒和鲁塞都将多瑙河水用于工业。主要的灌溉地区是位于斯洛伐克、匈牙利、塞尔维亚和保加利亚。然而由于污染已有惊人的增加，河水几乎已不适于灌溉和饮用，污染还使过去曾是丰盛的渔场缩小了。 多瑙河干支流水量丰沛，水能资源丰富，其理论蕴藏量高达500亿千瓦·时。德国和奥地利于本世纪20年代开始开发多瑙河。1924年，德国动工兴建了第一座水电站，即卡赫莱特水电站，该水电站的兴建是开发利用多瑙河水力资源迈出的第一步。见多瑙河开发示意图。
经过20世纪，多瑙河是由许多欧洲国家支持其发展。这条河流，尤其是上游来建立类似的发电厂使用水力来发电的项目。沿河（城市包括像维也纳，布拉迪斯拉发，布达佩斯和贝尔格莱德）都使用它来发展经济。
1949年8月18日，保、匈、罗，捷、苏、乌克兰及南斯拉夫等国为了改善多瑙河通航条件，在贝尔格莱德签订了关于多瑙河自由通航的国际协议。从此，开始了全河的渠化工程，计划修建45级通航与发电的水、利枢纽，总计利用水头401米，总装机容量786.5万千瓦，年发电量438亿千瓦·时。至今，已建和在建共38座，总装机容量502.3万千瓦，年发电量983.8亿千瓦·时，水能开发利用率为65%。见多瑙河干流梯级水电站表。
德国在上游河段规划29级，各级水头5-8米，均为装机几千至几万千瓦的中小型水电站，共计装机容量36.4万千瓦，年发电量21.8亿千瓦·时。1927年建成最下一级卡赫莱特(5.4万千瓦)；1952年建成量上一级乌耳姆(0.8万千瓦)；1960-1971年建成中间10级；又建成9级。至今已建成20级，共计装机容量32.6万千瓦，年发电量20亿千瓦·时。
德国与奥地利边界的约亨斯坦水电站，装机13.2万千瓦，于1955年建成，两国各分一半。
奥地利境内规划13级，各级水头6.5-15.3米，为装机容量15-36.6万千瓦的较大水电站，共计装机容量259.9万千瓦，年电量153.7亿千瓦·时。自1957年至今已陆续建成8级，在建1级，共计装机容量298.3万千瓦，年电量124.3亿千瓦·时。
南斯拉夫与罗马尼亚边界河段，1970年建成铁门大水电站，坝高60.6米，库容27.7亿立方米，最大水头34.5米，装机容量205万千瓦，年电量105亿千瓦·时，是欧洲除俄罗斯以外的最大水电站。两岸各建一座厂房，分送两国，也能互补余缺。两国又在1983年合建铁门2级，水头8米，装机容量43.2万千瓦，年电量26亿千瓦·时。两座水电站装机共计248.2万千瓦，年电量131亿千瓦·时。
斯洛伐克与匈牙利边界河段，也拟建两级。加布酉科福水电站，大坝高29米，库容2.43亿立方米，在多瑙河旁建引水渠，长25千米，取得水头23米，装机容量72万千瓦，年电量30亿千瓦·时。在其下游的纳古马罗斯低水头电站．水头9.4米，装机容量15.8万千瓦，年电量10亿千瓦·时。两座共计87.8万千瓦，40亿千瓦·时，曾于1978年开工建设，后因两国有不同意见而停建。
南斯拉夫境内的诺维萨德，罗马尼亚与保加利亚边界的齐奥拉贝莱纳和策尔纳福尔3座水电站共计装机容量141万千瓦，年电量83亿千瓦·时，都未兴建。 多瑙河干流为自由通航的国际航道。原来有些河段坡陡流急，水浅弯多。航运是多瑙河干流开发的首要任务。在改善航运的同时开发水电。
卡特拉克塔峡谷的瀑布河段是多瑙河航运的最大障碍。汛期过峡流量通常在6000立方米/秒以上，水面比降达到0.54‰，最大流速达5.5米/秒，船只不能上行。枯水期河底礁石露出，尤其是瀑布河段下端铁门峡的土尔努一塞维林附近，一块巨大的礁石横在河中，形成跌水，航行十分困难危险。1830年就开始对该河段进行整治，但效果很差。1878年，当时的塞尔维亚、罗马尼亚及奥匈帝国在柏林会议商定在铁门河段开辟一条航道，渠道长15千米，底宽60米，在最低水位时保证水深为2米，两端修筑纵向导堤，以便将低水流量集中至通航渠内。通航渠道绕开了铁门瀑布，但工程很艰巨，直到1896年才完工并开始通航，但通航仍有困难。
除德国境内上游18级是单纯发电工程外，多瑙河干流上其余27级都是航电结合的综合利用工程，规定都要建双线船闸。德奥境内上中游20级船闸；每线闸室宽24米，长230米，槛上水深2.7米，可容纳11m×80m欧洲通行的驳船4艘和推轮1艘，一次过闸能力5000吨。
下游铁门水电站水头34.5米，两岸各建一线两级船闸，每个闸室宽34米，长310米。铁门2级为双线单级船闸。加布西科福和纳古马罗斯水电站，各建双线单级船闸。
多瑙河的货运量1950年为973万吨，1978年增至1.12亿吨，增长了11.5倍。此外，德国在多瑙河上游凯尔海姆向北跨过分水岭，建170千米长的运河和一系列船闸，与莱茵河支流美因河相连，构成多瑙一美因一莱茵运河，东南至黑海，西北至北海，贯穿欧洲大陆。还拟从多瑙河中游布拉迪斯拉发向北经捷克、波兰与易北河上游拉贝河和奥得河相连的大运河，通往波罗的海。 各国随着经济发展，工农业用水不断增长。1985年流域内总耗水量260亿立方米，比80年代初增加了一倍。预计2000年将增达580亿立方米，为1985年的2.2倍，见多瑙河流域各国水资源利用表。
在总耗水量中，1985年灌溉用水170亿立方米，占65%；预计2000年增达345亿立方米，占60%。农田灌溉发展最多的为罗马尼亚，平原地区年降水量仅350-600毫米，耕地面积约1000万平方百米，1985年有灌溉面积近300万平方百米，其中90%是喷灌，灌溉用水96亿立方米，占总耗水量的70%。2000年灌溉面积将进一步发展，灌溉用水将增达210亿立方米。
总耗水量占多瑙河年径流量的比重，1985年占13%，2000年将占29%。农田灌溉季节用水较多时，将影响航运要求的最小流量。
除流域内各国用水外，还向流域外引水。如多瑙—美因—莱茵大运河，除通航外还要从多瑙河引水至德国纽伦堡地区15亿立方米；多瑙—拉贝—奥得大运河，将向捷克、波兰、德国东部引水40亿立方米；各项运河计划共将从多瑙河引水90亿立方米。
1986年1月多瑙河沿岸各国在罗马尼亚首都布加勒斯特举行了发展多瑙河水利和保护水质的国际会议，协调行动，通过共同声明，沿岸各国加强合作，为更合理地利用多瑙河水资源而作出努力。
1992年，来自欧共体各国、一些国际银行和环境机构的专家们组成“多瑙河特别工作组”，开展保护多瑙河水的工作。1995年沿岸各国组成国际委员会，在保加利亚首都索非亚签署了一项保护多瑙河水的协议。1995年初又在布加勒斯特召开沿河各国环境部长会议，通过了一项整治多瑙河的计划。要求各国减少向多瑙河排放污水量，改善干支流的水质（包括污染严重的黑海），实施沿岸地区的区域合作，建立污染监测系统；对沿岸9个国家的170多家污废水处理厂进行调查，对其中急需更新的，投入资金进行改造。 多瑙河各支流为了灌溉、发电和供水等兴建了不少水利工程。在各条支流下游建了很多径流式水电站，在上游峡谷山区，建了一些有水库调节的高水头电站，在电力系统中不仅担负系统峰荷，还可补偿径流电站枯水期发电不足的缺点，配合供电。
在多瑙河支流或二、三级支流上人口稀少的峡谷山区，建有很多高坝。坝高在100米以上的高坝有24座。其中堆石坝13座，拱坝9座，重力坝2座。库容都不太大，有19座高坝的库容仅1-2亿立方米，大都位于海拔1000-2000米的高山区，见多瑙河各支流已建100米以上高坝表。
各国在多瑙河支流上已建装机容量10万千瓦以上的大水电站29座，见多瑙河支流已建10万千瓦以上水电站表。其中一些水电站在布置上有其特色。
如奥地利最大的水电站为马尔他两级混合式抽水蓄能电站。上库为马耳他河上的柯恩布赖茵高坝，经2.5千米隧洞引水至中库，马尔他上级水头196米，安装2台可逆变速抽水蓄能机组，发电12万千瓦，抽水9万千瓦。中库至穆尔河上的下库，马尔他下级通过20千米长隧洞，取得1102米水头，安装2台各18万千瓦的三机串联式高水头抽水蓄能机组和2台各18万千瓦的冲击式水轮发电机组，共发电容量2万千瓦(抽水容量29万千瓦)。两级合计发电容量84万千瓦。
南斯拉夫最大的巴其那斯塔混合式抽水蓄能电站，在首都贝尔格莱德西南150千米处，上库拉日契堆石坝，坝高123米，库容1.5亿立方米，利用原有水库为下库，水头600米，经8千米隧洞引水，安装2台各30万千瓦高水头可逆混流式抽水蓄能机组，共60万千瓦。
罗马尼亚最大的洛特鲁常规水电站，在奥尔特河支流特鲁河上，所建维特拉心墙堆石坝，坝高121米，库容3.46亿立方米，有效库容3.0亿立方米，正常蓄水位1289米。坝址平均流量4.54立方米/秒，从相邻86条小支流用管道135千米引水流量15.45立方米/秒，集水式开发。引水隧洞长13.5千米，尾水隧洞长6.5千米，水头809米，地下厂房内安装3台冲击式水轮发电机，每台17万千瓦，共51万千瓦，年电量10.8亿千瓦·时。
多瑙河流域10万千瓦以上水电站表中混合式抽水蓄能电站10座，纯抽水蓄能电站1座，装机利用小时数都较少，仅1000-2000小时。它们都是在电力系统中担负调峰任务的骨干水电站。