一般都是到公安局的出入境管理中心办理的。详细信息参看下面的内容，很具体的！！
港澳通行证办理流程：
第一步 领取申请表
居民携带本人身份证和户口簿到当地出入境管理机关，领取一张《中国公民往来港澳地区申请审批表》，国家工作人员等要由单位出具意见 。
不满14周岁的居民在办理申请时，须由父母或法定监护人陪同。
第二步 填写申请表
申请表要用蓝黑色或黑色水笔填写。申请表要填写姓名、身份证号码、家庭住址、申请种类、申请事由等内容。身份证须填写18位号码。
第三步 复印身份证、户口簿，照相
申请表内容填好后，申请人要将身份证和户口簿个人资料的复印件粘贴在申请表背面。 申请人将一张近期正面白底免冠半身、光面头像照片贴在申请表上，相片尺寸：48×33mm。服务大厅里有照相服务点。
第四步 交费
申请人根据本人所选择的签注种类先到服务大厅或出入境管理机关下的建设银行交纳个人旅游证件工本费和签注费。
收费标准
往来港澳通行证 每证100元
一次有效签注 每证20元
二次有效签注 每证40元
有效期1年以下（含）多次有效签注 每证100元
有效期1年至2年（含）多次有效签注 每证150元
有效期2年至3年（不含）多次有效签注 每证200元
有效期3年以上（含）多次有效签注 每证300元
各地略有不同，以当地出入境管理机关公布为准。
第五步 向工作人员提交资料
申请人持交费发票、已填好的申请表、身份证户口簿原件及复印件在服务台交验资料，并回答民警有关询问。完成申请手续后，民警会给你《回执》单，上面有工作电话。
第六步 取 证
按规定，往来港澳通行证自受理之日起10~15个工作日内办结，申请人在等证期，可以拨打《回执》单上的咨询电话询问办证的进展程度。
港澳通行证适用范围：
依据《中华人民共和国往来港澳通行证签注审批、签发管理工作规范 》第一章第二条规定下列事由条件可以申请往来港澳通行证及签注。
（一） 探亲。内地居民有下列情形之一，需要往来香港或者澳门探亲的：
1、 亲属为香港或者澳门永久性居民或者非永久性居民的。
在已开办居民个人赴香港或者澳门旅游（以下简称“个人游”）地区的常住居民，可探望的亲属是：配偶、父母、子女。
在未开办“个人游”地区的常住居民，可探望的亲属还包括：（外）祖父母、（外）孙子女、同胞兄弟姐妹、叔（伯）、舅、姑、姨、侄子女、外甥（女）。
符合以上条件的内地居民，其配偶和未满16周岁的子女，可随同申请往来香港或者澳门探亲。
2、 亲属为外交部驻香港（澳门）特别行政区特派员公署、中央人民政府驻香港（澳门）特别行政区联络办公室工作人员或者解放军驻香港（澳门）特别行政区部队人员的。
（二） 商务。内地居民有下列情形之一，需要往来香港或者澳门商务的：
1、 在内地的企业或其他单位工作的内地居民，受单位派遣赴香港或者澳门从事商务等活动的。
企业是指：在国家工商管理部门登记注册，具有独立法人资格的各类企业及其分支机构、外国（地区）企业常驻代表机构。
其他单位是指：在国家主管部门登记成立，并在税务机关办理登记的事业单位；外国（地区）驻华新闻机构；外国（地区）驻华使领馆、代表处；国际组织驻华代表处；律师事务所、民办学校、民办医院。
2、 个体工商户经营者赴香港或者澳门从事商务等活动的。
3、 驾驶往返内地与港澳地区的专用交通工具的。
（三）团队旅游。内地居民参加指定旅行社组织的旅游团队赴香港或者澳门旅游的。
（四）个人旅游。经批准开办“个人游”地区的常住居民个人赴香港或者澳门旅游的。
（五） 短期居住。内地居民有下列情形之一，经香港、澳门有关部门批准，可在香港或者澳门短期居住的：
1、 持香港入境事务处签发的进入许可，赴香港就学、工作、培训、劳务或者投靠亲属的。
2、 被澳门高校录取赴澳门就学的。
3、 经澳门治安警察局核准赴澳门劳务、亲属随任的。
4、 经澳门社会文化司批准赴澳门科技、教育、文化、卫生部门工作的。
（六） 其他。有下列情形之一，需要往来香港或者澳门的：
1、 内地居民因治病、奔丧、参加诉讼、应试、个人学术交流、参加展览会等，确需往来香港、澳门的。
2、 定居国外的中国公民来内地后，需往来香港、澳门的。
3、 持附有短期居住签注通行证的内地居民进入澳门后，需往来香港的。
港澳通行证办理单位：
公安机关出入境管理部门
港澳通行证相关资料下载：
点击下载>>《中国公民往来港澳地区申请审批表》
港澳通行证办理渠道：
1、亲自办理： 第一次公民办理港澳通行证必须亲自办理，除在异地工作一年因工作需要因公申请港澳通行证的人员，其他人员一律必须回原籍办理港澳通行证。
2、邮政送达： 办理好通行证后，签注、换证可邮政送达
3、委托代办： 第一次办证后可委托旅游单位、代办单位、第三人办理签证、换证。