联邦快递公司完善航运制度的建议如下：
1、强化运输安全措施：联邦快递公司应该加强货物运输安全措施，确保货物的安全和完整性，例如加强门到门运输的安保力量，设备安全监控系统等。
2、优化运力资源配置：联邦快递公司应该不断优化其运力、设备、人力资源的配置，以提高运输效率，提供更快捷、便捷的运输服务。
3、提高运输效率：联邦快递公司应该不断完善其物流网络，提高其运输效率和运输速度，以满足客户不同的物流需求，培养客户忠诚度。
4、加强出货服务：联邦快递公司应该进一步加强客户端出货服务，通过技术改造和创新来优化出货环节，减少出货错误率和出货时间，满足客户对快递的不同需求。
5、建立完善的投诉处理机制：联邦快递公司需要建立完善的投诉处理机制，及时处理并解决客户的投诉和意见。同时，也需要不断从投诉中吸取教训，优化其快递服务的品质和流程。