永川客运中心和永川汽车总站有以下区别：
1. 性质不同：永川客运中心是政府投资兴建的综合性客运站，提供长途班线客运服务。永川汽车总站是市交通局直属的客运站，提供市内和周边县市的短途客运服务。
2. 服务对象和服务范围不同：永川客运中心主要服务于长途跨省、跨地市的旅客，提供中长途班线，覆盖全国各地的客运服务。永川汽车总站则主要服务于市内和周边县市的旅客，提供市内及周边县市的班线客运服务。
3. 车站地址不同：永川客运中心位于重庆市永川区官井路，而永川汽车总站位于重庆市永川区迎宾大道。
4. 运营方式不同：永川客运中心采取流水发车的方式，根据班次安排，每隔一段时间发一班车，旅客可以根据自己的出行需求选择相应的班次。永川汽车总站则采取固定发车的方式，根据班次时刻表，按照规定的时间发车，旅客需要根据自己的出行计划提前到站候车。
5. 售票方式不同：永川客运中心支持网上购票、电话购票、窗口购票等多种方式，方便旅客购票。永川汽车总站则主要支持窗口购票和自助售票机购票，旅客可以根据自己的需求选择购票方式。
总的来说，永川客运中心和永川汽车总站都是重庆市内重要的客运枢纽，但它们的服务对象、服务范围、运营方式、售票方式等方面存在一定的差异。如果需要长途出行，可以选择到永川客运中心购票；如果需要市内或周边县市的出行，可以选择到永川汽车总站购票。