总的来说，山丹军马总场和山丹皇家马场景区在行程安排、交通方式和住宿方面都有各自的特点。山丹军马总场在行程安排上相对更加灵活，且交通方式更丰富，而山丹皇家马场景区在住宿条件方面更具优势。
1. 行程安排：山丹军马总场在行程安排上可能更加灵活，游客可以根据自己的兴趣和时间进行选择。例如，游客可以在山丹军马总场进行骑马、烧烤等户外活动，时间可以根据自己的需要进行调整。而山丹皇家马场景区在行程安排上可能更注重游览和观赏，包括参观马场、观看马术表演等，景区可能会推出一些固定的游览路线供游客选择。
2. 交通方式：山丹军马总场的交通方式可能更加丰富，游客可以选择包车、自驾、公共交通等多种方式前往。而山丹皇家马场景区由于位于山区，交通可能相对不太便利，游客可能需要在山丹县或张掖市包车前往。
3. 住宿：山丹皇家马场景区在住宿条件方面可能更具优势，景区可能提供多种类型的住宿选择，包括酒店、民宿等。而山丹军马总场在住宿方面可能相对简陋，游客可能需要自行安排住宿。
综上所述，山丹军马总场和山丹皇家马场景区在行程安排、交通方式和住宿方面都有各自的特点。游客可以根据自己的需求和偏好进行选择，根据景区实际情况做好相应的行程安排。