海安历史悠久，是南通江海文化的源头。南莫境内青墩遗址的发掘和研究表明，早在5000多年前的新石器时代，海安县西部地区就有人类居住。
夏、商、西周时期，海安一带属九夷（淮夷）之地。禹分天下为九州，海安为“禹贡扬州之域”。从周武王至周元王时，海安一带属吴国地域。春秋、战国时期，海安与周围数县均称“海阳”，今如皋、海安、泰州一带属吴国，地名为郧，在今海安立发桥一带。
周元王三年（前473年），越灭吴，海安一带遂属越。
周显王三十五年（前334年），楚又灭越，海安又为楚地。秦统一中国后，海安属东海郡广陵县。汉初属东阳郡，初属东楚，汉高祖五年（前202年）属楚国，次年属荆国，高祖十二年属吴国。汉景帝三年（前154年）属江都国。汉武帝元狩六年（前117年）置临淮郡，辖29县，海安属海陵县（见《汉书》1589页）。汉元封五年（前106年），临淮郡上属徐州刺史部。东汉时，海安仍为海陵县地。汉献帝十八年，曹操废海陵县。三国时期，吴国吕岱复置海陵县。西晋武帝太康元年（280年），仍置有海陵县，属徐州广陵郡。
据南朝《宋书》（1055页）、《方舆纪要》、咸丰《海安县志》记载：晋安帝义熙七年（411年），分广陵置海陵郡，下属建陵、临江、如皋、宁海、蒲涛五县。民国《如皋县志》、《方舆纪要》记载宁海县在如皋县北。“咸丰海安县志”认为宁海县即今海安县，《海安县志》（1997年版）亦采用此说。其县治所在地不祥，县域难以详考。实际上根据《中国历史地图集》第四集东晋疆域图判断，宁海县比今海安范围大，不仅今海安部分地区在其境内，而且今靖江及泰兴一部均在境内，呈西南东北走向。南朝宋明帝泰始七年（471年）置新平郡，辖江阴、海安二县（据《宋书》1058页）。1999年版《辞海》缩印本1121页记述为“南朝宋置海安县，唐废。”齐武帝永明五年（487年）新平郡废，置齐昌、海安二县（“咸丰海安县志”）
此时海安县县城在今海安镇，此时宁海县境域图上标在今如皋西部、靖江、泰兴一带，可能有些不准确。不久海安县废（时间未详），其境仍属宁海县。从东晋至隋，宁海县一直存续未断，其辖境也有变化，北朝周宣政元年（578年），蒲涛（今如皋白蒲）县废，临江县（今如皋石庄）并入宁海县。隋开皇九年（589年），如皋县也并入宁海县。此时宁海县包括今海安、如皋及如皋东南、西南以外地区。唐朝武德元年（617年），宁海县更名为吴陵县。不久宁海县并入海陵县。唐中宗景龙二年（708年）分海陵县东境置海安县，县治设在今海安镇，是时如皋县属海安县。因海水侵袭，海安县东部被海水所淹，故唐玄宗开元十年（722年）海安县再度并入海陵县，上属扬州。数十年后，766年（唐大历元年），淮南节度使李承实筑堰捍海，自楚州（今淮安）之盐城，入扬州之海陵，延袤142里，名为常丰堰。常丰堰后世曾屡圮屡筑，对确保苏北沿海居民的生命财产安全起了重要作用。
唐代中后期，海安仍隶属于海陵县。五代十国时期，海陵县东境设静海制院。南唐升海陵为泰州。后周显德五年（958年）泰州等地为后周管辖，海陵县属扬州大都督府泰州团练。宋元时期，海安地区大部分属海陵县，海安镇是海陵县重镇之一。海陵县隶属关系有所变化，宋太祖乾德五年（967年），属淮南道（至道三年改为淮南路）泰州军。宋天宝二年（1024年），范仲淹出任西溪（今东台）盐官，率兵夫4万余人修筑了捍海堰（庙湾至栟茶），海安、东台沿海农田免遭海水侵漫。宋神宗熙宁五年（1022年），海安改属淮南东路。南宋仍属泰州。元世祖至元十四年（1277年），置泰州路总管府，海陵、如皋二县属之。海陵县辖海安镇、角斜场，上属江淮行中书省。至元二十一年，泰州路总管府改为泰州，上属江淮等处行中书省扬州路总管府。至元二十三年，江淮等处行中书省改为河南江北等处行中书省。
明洪武元年（1368年），海陵县省入泰州，上属直隶中书省扬州府，明永乐二年（1404年），隶属南京扬州府，海安镇、西场场等属泰州。清世祖顺治三年（1645年），泰州隶属江南布政使司扬州府。清雍正二年（1724年），隶属江苏布政使司。清乾隆二十五年（1760年）隶属江宁布政使司。朝隆三十三年，析泰州东北境置东台县。至此，今海安县地域东南部在如皋县境内，北部在东台县境，中部、西部及西南部仍属泰州。民国元年（1912年），改泰州为泰县，海安地域分属泰县、如皋、东台，三县均属江苏省。民国3年，属江苏省淮扬道。民国16年，道废，海安镇属泰县第八区。今海安县南莫镇南部、墩头镇原吉庆镇部分、胡集镇、大公镇原古贲乡大部、海安镇、曲塘镇、雅周镇、孙庄镇大部、城东镇北部，乃至西场镇以西均属泰县；海安镇南部，城东镇南部、西场镇、李堡镇南部隶属如皋县；南莫镇北部、白甸镇、墩头镇、大公镇大部、李堡镇北部、角斜镇、老坝港镇隶属东台县。
1940年，新四军东进抗日，苏中地区先后建立抗日民主政权。同年10月，泰县民主政府在海安镇成立，1941年2月迁往农村。其辖区有雅周、海安、立发、李堡和蒋垛（今属泰县）、栟茶（今属如东县）6区。不久又增设海南、角斜、曲南3个区，属苏北临时行政委员会（1940年11月建立，1941年改为苏中行政公署）。1941年2月，泰县通榆河以东地区建立泰东行署（始称泰东办事处），3月改建泰东县，辖立发、李堡、角斜、栟茶等区。同年7月，泰县所属海安、曲塘、白米一带的通扬运河以北地区，建立“海曲白河北办事处”（简称泰北办事处）。10月，泰北办事处从泰县析出，建成独立行政区，直属苏中行政公署。
1942年11月，泰东县并入东台县，隶属苏中第二行政区。1943年1月，泰北办事处撤销，建立紫石县（即海安县），所辖范围南以栟茶河、通扬运河为界，北至富安，东抵李堡，西达白米。此后随着战争形势变化，县境与东台、如皋、泰县之间变动频繁。1941年3月，新增仇湖、时堰两区，县境北延。1944年10月，紫石县新增白米、姜北、沙岗、城东4区，县境西延。同年12月，李堡、海富两区划给东台县。至此，紫石县境南止海泰公路，北境在富安至时堰一线，东以串场河、通榆河为界，西近泰州城。1945年8月，新增苏陈区。9月，白米、姜北、苏陈、城东4个区划归泰县，泰县海南、曲南、雅周3个区划归紫石县。11月，东台县李堡区划给紫石县，时堰区划给东台县。1946年6月，紫石县下辖角斜、李堡、西场、噇口、海安、海南、曲南、雅周、曲塘、邓高、沙岗、仇湖12个区，县界状况与今海安县大略相同，上属苏皖边区第一行政区。1946年8月，如皋柴湾区划给紫石县。10月，雅周、曲南、海南区划给泰县，泰县城东、姜北、白米区和东台时堰、城南区划给紫石县。11月，紫石县噇口、西场、李堡、角斜、柴湾和东台之栟茶区划出，建立泰东县。12月，泰东县各区划给东台县。此时，紫石县境大致是一个以泰州、东台、海安三城为顶点的三角形地域，南境以海泰公路为界，东境以串场河、通榆河为界，西北以泰东河为界。
1948年3月，紫石县更名为海安县，境域无变化。1949年，海安与泰县、东台县境域又有变化。2月，泰县雅周、曲南、海南3个区划给海安县，海安县城东、姜北、白米区划给泰县。5月，东台县西场、噇口2区划归海安县，海安台南、时堰、溱东3区划归东台。6月，东台李堡区划给海安县，此时海安境域与1946年6月相同，下辖李堡、西场、噇口、海安、海南、雅周、曲南、曲塘、胡集、沙岗、仇湖11个区，172个乡，6个镇，1个行政办事处。当时县境东端为角斜镇，与如东县交界；西端为沙岗金杨村，与东台、泰县交界；西南端为雅周鸭湾村，与泰兴交界；南端金庄村（今属雅周镇），与如皋县交界；北端为凤凰村（今属墩头镇），与东台县交界。
1949年4月，苏皖边区政府撤销，成立苏南、苏北人民行政公署，海安属苏北泰州行政区。
1950年1月，划归苏北南通行政区。1953年1月，撤销苏南、苏北两个行署区，建立江苏省，海安属江苏省南通专区（1971年改为南通地区）。1956年5月，如东县陈庄乡划给海安县。1959年4月，如东县旧场人民公社划给海安县，县境延伸至黄海，有海岸线6公里多。1959年冬到1960年春，围垦建海安盐场，1962年开挖北凌河，穿过盐场，致使盐场报废。1965年11月，如东、海安两县达成协议，从四十总到纳潮闸以西部分6454亩土地划归海安县，以东7000亩土地划给如东县。1979年底至1980年初，海安围垦建北凌闸。1983年2月，江苏省撤销地区行署，海安隶属南通市。
1984年11月至12月，北凌闸下游滩涂围垦，累计围垦总面积3.4万亩，海岸线延长至8.55公里。至此，海安县辖42个乡镇5个场，东临黄海，西界姜堰市（原泰县），南与如东县、如皋市、泰兴市接壤，北与东台市毗邻，总面积1108平方公里。1995年12月，海安县调整部分乡镇行政区划，将原42个乡镇调整为34个乡镇，旧场乡并入老坝港乡，曹园乡并入李堡镇，海北乡、海南乡、田庄乡并入海安镇，花庄乡并入曲塘镇，邓庄乡并入南莫镇，双溪乡并入墩头镇。
2000年，海安县再次合并部分乡镇，将原来18个乡、16个镇调整为14个乡、15个镇。1月青萍乡并入胡集镇，北凌乡并入大公镇；4月，沿口镇并入角斜镇，丁所乡并入李堡镇，壮志乡并入西场镇。2001年1月，海安县第三次合并乡镇，将29个乡镇整合为22个乡镇，新生乡与韩洋乡合并为洋蛮河镇，立发乡与南屏乡、开发区合并为城东镇，王垛乡、张垛乡、雅周镇合并为雅周镇，李庄乡并入曲塘镇，沙岗乡并入南莫镇，白甸乡与瓦甸乡合并为白甸镇。同年，老坝港乡改为老坝港镇，海安县542个村调整为217个村。2004年7月，海安县第四次撤并乡镇，由22个乡镇调整合并为14个建制镇，隆政镇并入海安镇，洋蛮河镇并入城东镇，古贲乡并入大公镇，章郭乡、双楼镇并入曲塘镇，吉庆镇、仇湖镇并入墩头镇，营溪乡、仁桥镇合并为孙庄镇。海安县辖14个镇，212个行政村，5个国营场圃，总面积1112平方公里。
2011年12月，又一轮区划调整结束，海安县辖10个镇、3个开发区，分别为；海安经济开发区（城东镇）、海安高新技术产业开发区（海安镇）、老坝港滨海新区（角斜镇）、李堡镇、大公镇、雅周镇、曲塘镇、南莫镇、白甸镇、墩头镇，共有207个行政村。2012年8月，海安经济开发区升格为国家级开发区，更名为海安经济技术开发区。