区别是地点不同。
南京市玄武区看守所划归南京市公安局直接管辖，更名为南京市第三看守所，由监管支队负责具体管理。
除承担原有羁押任务外，同时分担部分重刑犯以及全市其它监所因容量限制被分流对象的羁押监管任务，羁押任务将更重，管理要求也将更高。
在原南京市第二拘留所原址新设立南京市第四看守所，地址在南京市石杨路26号。
看守所归公安管，南京各区县均有，如鼓楼区看守所、建邺区看守所、高淳县看守所等，市属有南京市看守所（江东门欧尚后面），省属的有江苏省看守所（江东门下圩村）
监狱单位均为省监狱管理局所属单位，驻地在南京的有：江苏省南京监狱、南京女子监狱（均在南郊铁心桥）、江苏省金陵监狱（东郊麒麟镇）、江苏省龙潭监狱（东郊龙潭镇）、江苏省浦口监狱（江北石佛寺）、江苏省江宁监狱（南郊大连山）、江苏省高淳监狱（高淳县花山）
贩毒罪犯不一定会送到哪一个监狱，是统一调配的。跟所判刑期长短有一定关系，余刑不长的可能就留所服刑了。