《郡县释名》陕西卷上：“曰商南者，在商州之南也。”汉为商县地。
夏（约公元前21～前16世纪），属梁州地域。商（约公元前16～前11世纪），属商邑，是契的封地。周（公元前11世纪～前256），属上洛地。战国初期属楚治，张仪使楚后归属秦国。
秦，秦始皇统一中国后，商南县属内史郡之商县。
西汉，属弘农郡之商县。
东汉，属京兆尹之商县。
三国，属曹魏之京兆尹之商县。
北魏初期属苌和郡管辖，景明元年（500）始设县，因位置在商县东南定名南
商县。治所设层峰驿，即县城西5公里处的皂角铺，古称层峰驿。
西魏，属苌和郡。
隋，隋开皇初撤销郡、县，为上洛县地。
唐，属山南西道（治所设今湖北襄樊市）商州商洛县管辖。
宋，属永兴军路商州商洛县。
金，为上洛县地。元为商州地。
元，开省制，属陕西行中书省，奉元路商州管辖。
北周，天和六年（571年）之前改苌和郡为慎政郡。
明洪武初年（1368）降商州为县，属商县辖。明成化十三年（1477）复升商县为州，设商南县，隶属西安府。
清雍正三年（1725）升商州为直隶州，属商州管辖。 民国二年（1913）废州府，存县道，商南隶属汉中道。民国二十四年（1935）于商县设第四专员公署督察区（系十九绥靖区），商南县为直辖六县之一。
解放战争时期，商南县曾是豫鄂陕革命根据地的一部分。民国三十五年（1946）8月中旬在太子坪成立商山县民主政府，隶属中共豫鄂陕边区第三地委，第三军分区管辖。8月底，郧商县人民民主政府在赵川马家坪成立。隶属第三分区管辖。1948年5月，商南县人民民主政府在今河南省西峡县丁河镇成立，隶属中共豫陕鄂边区第二地委、第二军分区管辖，西峡县西坪镇划归商南。1949年8月，机关迁驻赵川店坊河，建立巩固的革命政权。
1914年，属关中道。1928年直属省。
1949年，国民党政权被彻底摧毁，县人民民主政府由赵川迁驻县城，属陕南行政公署第二分区辖。
1950年5月，属商洛地区专员公署辖。
1969年，属商洛地区行政公署管辖。
1969年，属商洛地区。
1996年，商南县面积2307平方千米，人口23.3万人。辖4镇33乡：城关镇、富水镇、赵川镇、试马镇、挡马乡、曹营乡、 张家岗乡、五里铺乡、徐家店乡、龙窝乡、青山乡、新庙乡、湘河乡、双庙岭乡、魏家台乡、水沟乡、文化坪乡、汪家店乡、店坊河乡、三官庙乡、石柱河乡、余家棚乡、十里坪乡、梁家坟乡、白鲁础乡、太吉河乡、柳树湾乡、江西沟乡、毕家湾乡、太子坪乡、耀岭河乡、开河乡、梁家湾乡、清油河乡、清泉乡、两岔河乡、沙坪乡。县政府驻城关镇。
1997年，撤销赵川区、湘河区、富水区、东岗区、永青区、白玉区6个区公所的建制，撤销五里铺乡、曹营乡、张家岗乡并入城关镇，撤销店坊河乡、三官庙乡并入赵川镇，撤销龙窝乡并入富水镇，撤销双庙岭乡、湘河乡合并设立湘河镇，撤销柳树湾乡、徐家店乡合并设立过风楼镇，撤销梁家湾乡、开河乡合并设立梁家湾镇，撤销太吉河乡、太子坪乡合并设立太吉河镇，撤销汪家店乡设立白浪镇，撤销梁家坟乡并入石柱河乡，撤销余家棚乡并入十里坪乡，撤销文化坪乡并入魏家台乡，撤销耀岭河乡并入水沟乡，撤销新庙乡并入青山乡，撤销沙坪乡并入两岔河乡，撤销江西沟乡并入毕家坪乡。调整后，商南县辖9个镇、11个乡。
2000年第五次人口普查，全县总人口227636人，其中：城关镇43310人，富水镇21979人，湘河镇13031人，白浪镇6924人，赵川镇12733人，粱家湾镇9095人，太吉河镇7445人，过风楼镇14804人，试马镇12678人，青山乡11513人，魏家台乡6736人，十里坪乡6562人，白鲁础乡6353人，石柱河乡6872人，水沟乡7410人，毕家湾乡8589人，党马乡11812人，清泉乡6424人，清油河乡8454人，两岔河乡4912人。
2001年，属商洛市管辖。
2001年，撤销十里坪乡、石柱河乡设立十里坪镇，撤销毕家坪乡并入太吉河镇，撤销清油河乡、两岔河乡设立清油河镇，撤销清泉乡并入试马镇。调整后，商南县辖11个镇、5个乡：城关镇、富水镇、湘河镇、白浪镇、赵川镇、梁家湾镇、太吉河镇、过风楼镇、试马镇、清油河镇、十里坪镇、青山乡、魏家台乡、白鲁础乡、水沟乡、党马乡。
2011年，撤销党马乡并入城关镇，撤销白鲁础乡并入十里坪镇，撤销梁家湾镇、太吉河镇合并设立金丝峡镇，撤销青山乡设立青山镇，撤销水沟乡设立水沟镇，撤销魏家台乡设立魏家台镇。调整后，商南县辖13个镇：城关镇、富水镇、湘河镇、白浪镇、赵川镇、金丝峡镇、过风楼镇、试马镇、清油河镇、十里坪镇、青山镇、魏家台镇、水沟镇。
2015年，撤销城关镇，设立城关街道办事处，街道办事处驻长新路社区。撤销白浪镇，并入湘河镇，镇名湘河镇，镇政府驻湘河村。撤销魏家台镇，并入赵川镇，镇名赵川镇，镇政府驻前川村。撤销水沟镇，并入过风楼镇，镇名过风楼镇，镇政府驻徐家店村。在原白浪镇、魏家台镇、水沟镇政府所在地分别设立便民服务中心。商南县并镇后辖9个镇、1个街道办事处。撤并44个村，村改居委会19个，保留101个村。