唐至清属孝女乡，元至清分属三十一都、三十六都。民国21年（1932），置深渡镇，次年定为二等镇。民国30年，置安定乡。1952年8月，置深渡镇及大茂村、定潭、阳产、外河坑、中坑源、漳潭、绵潭、洪村、杨三、九砂、漳坑、漳岭山、漳村湾、绵潭坑等乡，分隶深渡区，薛阳区。1955年12月合并为深渡、绵潭2乡。1958年10月属北岸公社，1959年2月成立漳潭管理区。1961年分别成立定潭、棉溪、漳潭3公社，隶深渡区。1972年3月，从定潭公社析出佛坑、深渡、凤池、大茂大队成立深渡公社。1983年3月公社改乡。1984年7月深渡乡升格为镇，1992年2月定潭乡、棉溪乡并入，2004年12月漳潭乡并入。2005年深渡镇辖2个居委会29个行政村145个自然村187个村民小组，9814户25999人，其中农业7847户22645人。居民绝大多数为汉族，另有苗族、布依族、僳僳族、土家族、黎族、白族共40人。 深渡和许多皖南古村落一样，形成时间很早。据学者研究，在晋时已有北方移民举家迁居徽州。《新安名族志》前集《方氏》记载：“汉新莽间，司马长史方纮因王莽篡汉，为避祸，从河南迁居歙县东乡”。又前集《汪氏》记载：“东汉建安二年(197年)，龙骧将军汪文和为避乱，渡江南迁，安家于歙形成居住村落。”
徽州历史上发生过三次大规模的移民，《与地志·风土》卷一云：“晋宋两南渡及唐末避黄巢之乱，此三朝为最盛”。清人顾祖禹《读史方舆纪要》卷二十八新安江条下，见有如下记载：“新安江 在府南。其源有四：……，皆谓之新安江。《志》云：繇歙浦口而东南四十里为深渡，又五十里为街口，而达浙江淳安县界，至严州府城南合于东阳江，为浙江之上源”。“……又府南四十五里有深渡寨，亦宋置。明初，置巡司，洪武十二年废”。按照宋朝的建制，城、寨、堡、关等主要负责边防事务，深渡在宋时其地理位置就已经得到官方重视，深渡在当时相当繁华。《寰宇记》云，“深渡在县东一百十里，与睦州分界，从新安江上崇山峻流，实百城之襟带。”新安江发源于安徽省休宁县与江西省交界处的五股尖山，有两大支流，南支称率水，北支称横江，流至深渡后，江面豁然开朗，波光潋滟，两岸奇峰高耸，山色空朦，风景秀丽。《读史方舆纪要》称：“……而浦口东南四十里，亦曰深渡。盖自严州界溯流而上，穹山峻流，峰峦掩映，萦纡旋绕，清深若一，故皆以深渡为名”。 自古以来深渡就是古徽州通往杭州、上海，以至于福建以远的水上咽喉，也是一个重要的物资集散地。古徽州地处万山之中，它同外界的交流沟通，主要就是依靠这条新安江水路。古徽州当地的土特产源源不断地顺江东下浙西，而江浙一带的日用物资和商人们赚得的金钱，则始终不断地溯江而上，新安江已经是古徽州人的生命线。明后期来往奔波的商人为经商方便，专门编写各地风物地标的路程书，主要关注地名和里程，专记驿站和闸名，天启六年(1626年)徽商憺漪子的《天下路程图引》中就称歙县至深渡这段路为“徽州府由严州至杭州水路程”。
徽州自古以来，山多田少，土地瘠薄。《徽州府志》载：“徽州保界山谷，山地依原麓，田瘠确，所产至薄，……大都一岁所入，不能支什一。小民多执技艺，或贩负就食他郡者，常十九。”《江南通志》亦称，徽州“咸有溪山之胜，然岭谷险陋，壤地硗瘠，水湍悍，少潴蓄。不雨易枯，骤雨则山涨暴至”。缺乏发展农业的基本条件，迫使徽州人大量外出经商谋生，深渡则是他们出行浙江的最后一渡。 深渡镇交通便利，拥有黄山市内最大的水陆码头，距黄山机场52公里，距徽杭高速入口20公里。深渡镇镇域经济以商贸旅游服务业为支柱，镇内拥有涉外的深渡宾馆及其它宾旅店10余家，拥有游览千岛湖的大型游船18只、快艇27只，年接待游客30余万人次。2005年引进的县重点项目——深渡新区旅游基础设施建设项目，用地500余亩，总投资5.18亿元。