清康熙二十三年(1684年)在三都设税务口岸，道光三十六年(1846年)，英国人在三都港测绘海图，光绪二十四年(1898年)三沙湾辟为商港，三都岛为对外通商口岸，次年，设“福海关”。当时，英、法、美、德、日等13个国家21家公司，在三都岛设子公司或商行，占地划界，建码头、仓库、教堂等(美孚、德士古石油公司在黄湾和港口建专用码头，抗日战争中毁废)。光绪二十七年(1901年)，在海关附近建一小轮码头，后被台风所毁。
三都港西北沿霍童溪可通周宁、松溪、政和;西经虎浿达屏南、古田、建瓯;西南过飞鸾入罗源;北越白马门，抵达赛岐、福安;东北经盐田通霞浦。三都与南岸礁头通轮渡，经飞礁公路接国道北福线。船出东冲口，水天一色渺无涯畔，南北畅通。抗日战争前，三都是闽东地区物资吞吐的主要港口。1984年，经福建省人民政府批准，辟为国轮进口大宗物资的接卸地。
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