对物流企业而言，电子商务物流信息系统应具备一些基本的功能，以满足企业的管理需要，并大幅度提高管理水平。一般而言，电子商务物流信息系统应提供运输管理、仓储管理、配送管理、客户关系管理、资源管理、货代管理、决策支持、数据交换、统计管理、结算管理、报关管理、财务管理、合同管理等基本功能。当然，在实际的物流管理中可视对系统的具体要求明确具体的功能需求，对上述功能适当选取，或酌情增加。
1)运输管理
运输管理实现对所有可以调度的运输工具，包括自有的和协作的，以及临时的车辆进行调度管理，提供对货物的分析、配载计算以及最佳运输路线的选择，并支持GPS和GIS，实现运输的最佳路线和动态调配，实时跟踪。
2)仓储管理
仓储管理对所有包括不同地域、不同属性、不同规格、不同成本的仓库资源，实现集中管理。采用条码、射频等先进的物流技术设备，对出入仓库的货物实现联机登录、存量检索、容积计算、仓位分配、损毁登记、状态报告、出入库与库存查询、盘点调整。此外，还可以对每月结转与库存报表等进行自动处理。
3)配送管理
电子商务物流信息系统以最大限度地降低物流成本、提高运作效率为目的。按照实时配送原则，在多购买商并存的环境中，通过在购买商和各自供应商之间建立实时的双向链接，构筑一条顺畅、高效的物流通道，为购买、供应双方提供高度集中、功能完善和不同模式的配送信息服务。
4)客户关系管理
客户关系管理通过对客户资料的全方位、多层次的管理，使物流企业之间实现流通机能的整合，物流企业与客户之间实现信息分享和收益及风险共享，从而在供应链管理模式下，实现跨企业界限的整合。
5)资源管理
系统通过建立员工和设备档案，对人力和设备资源进行综合管理，充分发挥人力和设备资源的潜力，改进劳动生产率。
6)货代管理
电子商务物流信息系统按照资源最大化和服务最优化的原则，满足代理货物托运、接取送达、定舱配载、联运服务等多项业务需求，完成物流的全程化管理，包括代理航空运输和船务运输，实现门对门、一票到底的最佳物流方式，成为托运人和承运人之间电子化的桥梁和纽带。
7)决策支持
决策支持可使企业及时地掌握商流、物流、资金流和信息流所产生的信息并加以科学的利用，在数据仓库技术、运筹学模型的基础上，通过数据挖掘工具对历史数据进行多角度、立体的分析，实现对企业中的人力、物力、财力、客户、市场、信息等各种资源的综合管理，为企业管理、客户管理、市场管理、资金管理等提供科学决策的依据，从而提高管理层决策的准确性和合理性。
8)数据交换
数据交换提供EDI数据交换服务，通过电子商务网站，提供EDI交换表单，可以为自身的商务数据交换及客户或合作伙伴提供Web形式的数据交换功能。
9)统计管理
系统以统计工作作为企业管理的基础，按照物流行业的标准，针对企业的经营管理活动情况进行统计调查、统计分析，提供统计资料，实行统计监督，从而对企业的经营活动及经营状况进行量化管理。
10)结算管理
结算管理主要为客户提供各类业务费用信息，利用计算机处理能力大幅降低结算业务工作量，提高结算业务的准确性和及时性。
11)报关管理
系统集报关、商检、卫检、动植物检疫等功能于一体，满足用户进出口电子报关的需求，增加联机报关功能，为客户提供全方位的报关服务。
12)财务管理
财务管理结合成熟的财务管理理论，针对物流财务管理的特点，根据财务活动的历史资料进行财务预测并通过专门的方法进行财务决策。运用科学的技术手段、利用有关有关信息、采取特定的方法进行财务预算、财务控制，并进行财务分析，最终实现企业价值最大化。
13)合同管理
合同是业务开展的依据。系统可以通过对合同的解析，充分理解客户的需求，拟定物流服务的实施方案，并以此为依据，分配相应的资源，监控实施的效果，核算产生的费用，并可以对双方执行合同的情况进行评估以取得客户、信用、资金的相关信息，交企业决策部门作为参考。
我国目前处于第三方物流发展的初期，发展电子商务物流信息系统是我国物流企业参与国际竞争的需要，是缩短与发达国家物流业差距的一次机遇。