黄冈河发源于发源于广东省饶平县上饶镇大岽坪山麓，自北向南流经广东省潮州市饶平县上饶、饶洋、新丰、三饶、汤溪、浮山、浮滨、樟溪、高堂、联饶镇，在广东省潮州市饶平县黄冈镇碧洲村石黾头注入柘林湾，进入南海。河道段划分无严格界限，一般以广东省潮州市饶平县汤溪镇汤溪水库以上为上游，河长44.0公里，河床平均宽75米，河道平均比降1.0‰；汤溪水库至广东省潮州市饶平县高堂镇高堂水闸为中游，河长23.25公里， 河床平均宽165米，河道平均比降0.50‰；下游从高堂水闸至广东省潮州市饶平县黄冈镇碧洲村石黾头（出海口），长19.95公里，河床平均宽200米，比降0.40‰。
黄冈河上游两岸是宽谷盆地。中游多低山、丘陵，有浮山，樟溪等盆地。下游为黄冈河平原，黄冈以南进入三角洲，过去分6条河道入海，1958年以后只保留东溪为出海河道。 1958年以前，其下游分西溪、猪哥溪、渔橱溪、大澳溪、东溪和东溪仔共6条支流入海，构成黄冈河三角洲。三角洲上诞生了许多村落，以及黄冈城。1958年，因饶平围海造田，以及整治黄冈河项目，干流改为东溪独流出海，其余五溪均因筑堤拦水而流量大减，现今仅存西溪、猪哥溪还残存，但均失去入海口。猪哥溪现自黄冈新合始，一直往南入青山埭，成灌溉渠，城区段现因严重污染已不能饮用。西溪现自黄冈虎头山南始，往南转西流至钱东李厝村，在沈厝村入青山埭。东溪则因黄冈河整治工程成为黄冈河干流，并在原东溪基础上向南延伸，隔开东风埭与叠石埭。当年的工程使黄冈河长度增加5公里，并使碧洲村成沿河村落。 现今出海口有两条：一为干流东溪，于黄冈碧洲村石龟头入海，二为新港航道，于黄冈大澳村红山埭入海。