保税运输的主要功能是为了扩大保税仓库的利用和保税货物的移动。保税货物在甲保税仓库到乙保税仓库或到保税工厂；在一国的甲港口到乙港口之间，在没有缴纳关税的情况下移动，通常需经海关批准后加上关封或用其他简易可行的方法实行监管。保税储存和保税运输都是保税制度的重要内容。
第一百二十八条[保税运输的报告]
1、外国货物只限于以其原状在以下所列地点之间进行运输；依据第一百四十一条之二被许可申报出口的货物，可以从货物的存放地运输至以下所列地点（根据1995年12月6日第4982号法令修订）：
⑴各开放港口；
⑵各保税区；
⑶依据第六十七条的规定被许可的各个地点；
⑷各海关或海关业务机构；
⑸各通关站；
⑹各通关场所。
2、欲经营第1款规定的运输业务者，应当依照关税厅厅长规定的条件向海关关长提出报告，保税运输货物有海关特别监管要求和总统令规定的，应当经过海关关长的批准。（根据1995年12月6日第4982号法令修订）
3、在第2款规定的情况下，出于加强监管的必要，海关关员可以依照关税厅厅长规定的条件对有关货物进行查验。（根据1995年12月6日第4982号法令修订）