克鲁泡特金逃亡到了英国，1877年初又到了瑞士。他立即与汝拉联合会取得联系，积极投入了无政府主义国际的活动。这一年的秋天，他以汝拉联合会代表的身份先后出席了在比利时召开的无政府主义国际第九次代表大会和国际社会党大会,遭到了比利时当局的搜捕。
1879年,他在日内瓦创办了一份法文报纸《反抗者》。他在1879至1882年间在该报上发表的文章，后来编成了一个集子,题名为《一个反抗者的话》，于1885年出版。作者在该书的俄译本序言中说：“这些文章的目的在于——首先基本地阐明无政府主义，并批判现代社会：特别注意无政府主义中对于国家、政治权利、代议政体、中央集权以及一般的权力等等见解”。作者在这些文章中对资本主义社会，特别是它的国家机器进行了有力的揭露和批判。克鲁泡特金在这些文章中还号召进行社会革命。他坚决反对改良主义。这是他和他的先辈蒲鲁东的很大不同之处。克鲁泡特金所开展的无政府主义宣传活动使瑞士当局深感不安。1881年沙皇亚历山大二世遇刺身亡，瑞士政府应俄国要求将克鲁泡特金驱逐出境。他不得不转移到法国的托农，然后移居伦敦，一年后回到托农。次年12月，他被法国政府以“参加国际”的罪名逮捕，在里昂经过特殊法律的审判，判有期徒刑5年；后来由于法国进步舆论的不断呼吁，于1886年1月提前获释。
1888年,克鲁泡特金在伦敦创办了一份宣传无政府主义理论的英文报纸《自由》。他除了为该报提供稿件外,还为伦敦的一家自由派杂志《十九世纪》及其他一些报刊撰文。他在八十年代末至九十年代初所发表的部分文章,后来被编入《争取面包》(1892年)和《田园、工厂、手工场》(1898年)两本书中。正如作者自己所说的,这两本书可以说是《一个反抗者的话》的续篇。这两本书的内容是“阐明我们的社会生活的理想,和我们的建设性的工作。……这就是说,怎样来建立一个以共产主义和平等权利为基础的社会”。克鲁泡特金认为,未来社会将是通过自由契约组织起来的城乡各自由公社的联合。在这个社会里,没有政府,没有国家,也没有任何人支配人的权力。这个公社成员都完全平等,他们集体决定一切事务。克鲁泡特金的这种公社联合的思想,主要是承袭了巴枯宁的。但是,在关于未来社会的经济结构上,克鲁泡特金的观点则与其前人有所不同。
克鲁泡特金企图从生物学上来为自己的无政府主义理论寻找“科学”根据。1890至1894年间，他陆续发表了一些论文，然后于1902年将它们汇集成书,题名为《互助，进化的一个要素》。主张虽然达尔文主义认为自然界的法则是“适者生存”，但在动物世界存在另一种重要的法则——合作，动物组成群体更利于生存竞争，在群体中年长的动物更容易生存下来，因此也更能积累经验，不会互助合作的动物种类，更容易灭亡。这是克鲁泡特金的一本重要著作。他通过各种具体材料，力图证明一个观点,即互助是包括人类在内的一切物种得以保存下来并不断进化的主要因素。他认为,这一理论是对达尔文生存斗争学说的一种补充，为达尔文主义“弥补了一个重大的空白”。克鲁泡特金企图以此理论证明：由于人类具有互助的本能，因而没有国家和没有任何权力支配的社会不仅是完全可能的，而且较之有国家和有权力支配的社会更完善，更理想和更富于生命力。“互助论”是克鲁泡特金对无政府主义理论的重大发挥。。因为在阶级未消灭以前，他把互助当作人类的本能，而且认为是社会发展的动力，这与历史唯物主义是相违背的。
在流亡英国期间，克鲁泡特金还写了不少著作，其中主要的有《一个革命家的笔记》(1899年)，《法国大革命》(1909年)和《现代科学和无政府主义》(1913年)等。此外，他还为《大英百科全书》和其他不少科学杂志撰写了大量词条和论文。他的著述涉及到广泛的学术领域，在科学界产生了较大的影响。1893年，他当选为英国科学协会委员。1897和1901年曾两次访问北美，并在波士顿主持俄国文学史讲座。
俄国1905年革命发生以后，他想回国参加实际斗争，但没有成功,因为沙皇政府扬言要逮捕他。1907年，他作为客人应邀参加了俄国社会民主工党在伦敦举行的第五次代表大会。终老故国
1917年2月革命推翻了末代沙皇尼古拉二世，6月克鲁泡特金得以回到了离别41年的祖国。75岁高龄的克鲁泡特金返回圣彼得堡受到热烈的欢迎，他拒绝了临时政府为他提供的教育部长职务，致力于写作。
他对10月革命的态度是很矛盾的。一方面，他欢迎这次革命，因为它动员了广大的工农群众，终于推翻了旧的国家政权。他自认为自由的前景无比光明，士兵和工人自发组成苏维埃，可以实行没有国家的社会。另一方面，他对革命以后建立的无产阶级专政却不共戴天。他反对布尔什维克党对反革命的镇压，反对党对苏维埃的领导，要求给苏维埃更多的“自主权”。他对友人说：“这实际上是埋葬了革命。”他认为，布尔什维克的行动已经证明革命是不能制造的，即革命不能采取专制手段，而应该采取自由的办法去实现。他曾多次给列宁写信，批评一党专政，尽管健康情况每况愈下，但克鲁泡特金仍坚持著述。他勉强写成了《伦理学》第一卷《伦理学的起源和发展》。从1920年起，他的心脏病不断发作。1921年2月8日，克鲁泡特金病故于莫斯科附近的德米特洛夫城寓所，终年79岁 。葬于诺沃德维奇公墓，成千上万的人打着无政府主义的黑旗为他送葬。这是无政府主义的旗帜最后一次出现在俄国首都。为了纪念他，苏联政府将远东的一座城市命名为克鲁泡特金。紧接着就是著名的喀琅施塔得叛乱，曾经最革命的水兵站到了无政府主义一边反对政府，遭到血腥镇压，革命路在何方？
克鲁泡特金一生符合高尚的道德标准，他是其著作中提到了思想和行动结合的典型，他公正无私，胸怀坦荡，从不计较权力和物质利益，而无数的革命者却因未能做到这一点而使形象受损。因之，他不仅受到同志们的景仰，也为许多反对者敬佩。法国作家罗曼·罗兰评价他在生活中实现了列夫·尼古拉耶维奇·托尔斯泰追求的理想。英国作家奥斯卡·王尔德说他是自己见到的仅有两位真正快乐的人之一 。