首先，作为目前物流的核心成本——运费的大幅上涨是问题的关键之一。全球海运费用最为明显，关键价格指数相比去年同期上涨103%，是2000年的5倍。应用更为普遍的公路运输同样如此。油费，这个牵动着货运行业神经的因素，翻着跟斗的涨。国际原油从三年前的40美元/桶变为近80美元/桶。以国内的93#汽油为例，2004年差不多3元出头，今年将近5元/升。
各地的各种过路过桥费在规范的同时，也给货运车辆增加了极重的负担。目前，已有包括江苏、天津等近二十个省级行政区实行计重收费，特别是最近河北省出台的这一政策更是给北京及其周边地区的货运企业带来了极大的影响（本文将针对此项政策产生的影响作详细分析，附后）。预计年底全国四万多公里高速公路近一半都将实行计重收费。
其次，自去年在珠三角开始的劳工荒现象已经迅速北上，自南向北已经波及了几乎全部东部发达地区，导致人力成本增长明显。且随着农副产品及日用消费品物价的持续上升，农民工劳力资源越来越紧俏，而价格也水涨船高。以装卸队为例，去年初北京市场上4元/吨的装卸费用还会令很多装卸队趋之若鹜，而今，10元/吨（另包吃住）都寻不到合适的装卸力量。其实，这种情况从现在建筑工地上用工工资水平同样可见一斑。
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公司正式员工的待遇也在逐年上涨，尤其让物流公司负责人头疼还是加班费的问题。由于物流行业的特殊性，作业时间不固定而且很容易等候拖延，加班早已是公认的家常便饭。以前用工宽松时，员工也未必会太过要求相应的补偿，而更多的企业则是通过诸如在淡季倒休、提成、额外奖励等办法予以适当补偿。可是今年广东省已经连续出现多起员工集体提出有关加班费的诉讼，动辄就是数百万的涉案金额，对于已经是微利的物流企业来说无疑是当头一棒。
再次，治理超载超限以及奥运因素等一系列政策的影响，导致北京市内及其周边绝大多数货运业务所受限制以及违章违规现象显著增多，由此产生的时间、费用、人员成本消耗巨大。众所周知，货运车辆“大吨小标”是公开的秘密，尤其在市内配送车辆中如果查超载问题，几乎可以说是“一查一准”，无一例外。举例来说，一辆普通的4.2米厢式货车核载1.89吨，如果装了2.5吨（实际情况通常是装4吨左右）货物，一旦被查就要接受1800元罚款、司机扣6分、扣车一天以上并交纳相应停车费、手续费、过磅费等一连串的现实。更主要的是，送货的任务也要顺延至处理完上述手续、车辆被提出之后，不仅耽误了自身的业务，更可能给客户造成不小的损失，甚至导致拒收（多数情况，由此产生的经济损失是需要物流公司全部承担的）。很多时候，一台车一个月的利润还不足以充抵处理一次违章付出的代价。 物流运输成本 4evers
而奥运对于目前北京交通，特别是货运现状又是一次更为严峻的考验。无论是场馆或比赛地周边的交通限制、改道，还是限制单双号车辆出行、提高车辆尾气排放要求、严控外埠车辆进京、优先保障奥运物资优先级别等众多因素，无一不是令绝大多数物流企业为之揪心的问题。
此外，货运车辆保险费用也大幅增涨，从几年前的4000元/车激增到1.8万元；随着近几年货运业中出现的事故、人为恶性事件等导致物流公司不得不拿出比以前更多的资金投保，即便如此，较高的免赔额以及大量免赔责任仍然使得第三方物流必须承担很多风险和责任；不仅如此，全国迅续提高；随着奥运会、世博会等临近，各项交通管理执法力度、惩处力度必然会不断加大，既要完成客户的要求，又要严格按照各类规章制度操作，几乎成了物流企业“不可完成的任务”。
其他的影响因素同样会在较长的时期内成为困扰国内物流企业的“难言之隐”。
如前文所述，基于国内现有体制的不完善、不规范，物流企业在一定时候是靠打“擦边球”才能在客户各种高要求和实际执行过程的巨大差距中赚取自身的利润，而一旦出现状况，也是由物流企业为这种“差距”埋单。
如果说，在夹缝中生存是国内物流企业的长期的生存状况的，那么现在这种差距在越拉越大，已经到了第三方物流企业不可承受的程度。这一状况只有通过政策、法规、行业规范、基础建设、人才补给等多方面引起足够的重视，共同努力才能得到根本地改变。仅依靠物流企业牺牲自身利润来获取暂时的、表面的“稳定”是一种短视行为，这必将对我国物流业的发展产生十分不利的影响。