1996年，曹县辖12镇19乡。县政府驻曹城镇。
1996年12月29日，撤销古营集乡、桃源集乡，设立古营集镇、桃源集镇。1999年12月22日，撤销邵庄乡，设立邵庄镇。2000年6月21日，撤销安蔡楼乡，设立安蔡楼镇。至此，曹县辖16个镇、15个乡。
2001年，曹县辖16个镇、9个乡。
2002年5月14日，撤销王集乡，设立王集镇，其行政区域和人民政府驻地不变。调整后，全县辖17个镇、8个乡。
2006年12月，撤销曹城镇，设立曹城、磐石、青菏3个街道；同时将倪集乡八里庙等3个行政村划归曹城街道管辖；将普连集镇张泗庄等43个行政村和倪集乡袁楼等3个行政村划归青菏街道管辖。
2010年，撤销青岗集乡、郑庄乡，设立青岗集镇、郑庄镇。
2011年10月9日，撤销倪集乡，以其原行政区域设立倪集镇，镇政府驻倪集村。调整后，全县辖3个街道、19个镇、5个乡。县政府驻曹城街道城隍庙后街。
2013年12月，撤销常乐集乡，以其原行政区域设立常乐集镇，镇政府驻原乡政府驻地；撤销郑庄镇，以其原行政区域设立郑庄街道办事处，办事处机关驻原镇政府驻地；撤销倪集镇，以其原行政区域设立倪集街道办事处，办事处机关驻原镇政府驻地。将青菏街道办事处钟口、赵菜园、前尹楼、后尹楼、李楼寨、寇集、徐集、晏庄、张堂、任庄10个行政村划归普连集镇管辖；将磐石街道办事处的卢寨、张岗、前武新庄3个行政村划归青菏街道办事处管辖；磐石街道办事处的孙楼村划归孙老家镇管辖。调整后，全县辖5个街道、18个镇、4个乡。 曹县地质构造属中朝准地台，居其东南部。西部以聊城——兰考大断裂为界，东侧以曹县断裂为界，将县境划分为鲁西中台隆二级构造单元和成武断凹四级构造单元。复被曹县断裂、凫山断裂分割成一些局部构造，如曹县砖庙集、青堌集等凸起。
曹县境内出露的地层以新生代的第四纪为主。主要为冲积沉积间夹湖沼相沉积，灰黄、灰至灰黑色，以粘质砂、粉细砂为主，间夹2—3层淤泥质。粉砂、粉细砂一般有1—2层，分布稳定。淤泥质一般有两层，上层分布稳定，厚度3.03—14.08米，埋深2—20.3米。厚度由西向东、自南而北逐渐变薄，顶板埋深自西而东变浅，自南而北深浅交替，总趋势向北变深。下层厚0.8—8.95米，埋深27—46米，断续分布，皆成透镜状，东西长而南北短。 煤矿
2009年3月，由山东省地质科学实验研究院及菏泽市国土资源局联合勘探发现曹县煤田，煤田以曹县北部青岗集地区为主体，向北跨至定陶区及牡丹区。初步勘探结果显示，曹县煤田煤层厚达8米，煤种为国内外稀缺的焦煤。截至2013年，在新发现煤田边部的勘探工作仍在继续。这是山东省继巨野煤田之后，在鲁西南地区发现的又一大型煤田。
曹县煤田总储量约50亿吨，潜在经济价值15000亿元，其中80%位于曹县境内，是山东省新的重要煤炭开发后备基地，也是华东地区最后一块优质整装煤田。其它已探明石油、煤层气储量分别为1亿吨和426亿立方米；磁铁矿、地热储量丰富，开发潜力巨大。
铝土矿
2011年5月15日—17日，山东省煤田地质局第二勘探队在曹县常乐集镇赵连成村西进行煤炭普查时，探明厚度达26米的铝土矿层。