水土镇历史悠久，因嘉陵江流经水土形成回水沱，古名水土沱。清朝康熙年间设水土铺，清末置水土镇。民国时期延置镇。抗战时期国民政府迁往重庆，水土亦繁荣一时。“渝北酒”名扬陪都，时有名谣：“北碚豆花土沱酒，好耍不过澄江口”。国民党中央警卫署曾迁驻于此。 解放后仍置为镇，隶属于江北县。在1951年至1965年期间曾为江北县人民政府驻地。1995年行政区划后划归北碚区管辖。
水土自古以来一直都是嘉陵江下游重要的码头和交通要道，清朝时官方即在此设置塘汛关卡。 古称水土“白天千人躬首，夜晚万盏明灯”，足见其繁华兴旺，而今更有江东明珠之喻。位于大地村的“滩口牌坊”始建于清光绪十三年（1887）年，已成为重庆市重点文物保护单位，被誉为“川东第一牌坊”，是碚金旅游线上一个重要的风景点。