石门为浙北古镇，春秋时吴越相争，“置石门为吴越限”（清光绪《石门县志》卷一），故名石门。唐设石门驿。南宋时于石门驿中设行幄，为皇帝往来之行宫。又设酒务、税务。元置巡检司，明设课税局，成为运河上军事要地和交通重镇。
明宣德五年（1430）桐乡建县后，镇以寺弄为界，东称石湾，属桐乡县，西称石门，隶崇德县。
清康熙时(1662～1722)，改崇德县为石门县，石门镇改称玉溪镇。
民国3年(1914)，石门县复称崇德县，玉溪镇复名石门镇。民国时期，石湾、石门仍分隶桐乡、崇德两县 1950年5月，石门、石湾合为一镇，称石门镇，属崇德县。
1958年10月，隶于石门公社。
1959年6月，又为桐乡县直属镇（桐乡、崇德两县于1958年11月合并）。
1987年2月，并石门乡入石门镇，实行镇管村体制。
1998年10月，撤销安兴乡建制，并入石门镇。
石门有一个古村叫桂花村，传说这里曾停靠过乾隆的龙船。当年乾隆下江南时，恰值中秋，正是桂花吐艳之际，龙船一过石门湾，一股幽香扑面而来，船越往南开，香味越浓，乾隆急命停船靠岸循香而来，在桂花树下大饮桂花酒，久久不肯回去，后命人在石门建立营盘，每次南巡必到桂花村一游。
经济
石门镇以市场为导向，以“一优、二高”农业为目标，以效益农业为核心，积极推广“名、特、优”农产品，一批新兴的种、养业得到较快发展，逐步形成了陆家庄村的养猪，天星村的桂花，石门、民联村的葡萄，民联村的树苗，余墩村的“五秧”，四星片的菊花等一批高产、优质、高效农产品基地，“一村一品”，成为石门镇农业的显著特色。农业龙头企业应运而生，桐乡新星杭白菊制品有限公司被市人民政府命名为市级农业龙头企业，成为目前国内最大杭白菊加工出口企业。迄今，全镇已建立粮食、蚕桑、杭白菊、湖羊、葡萄、生猪、树苗、蔬菜、桂花、猕猴桃、水产等11个农产品基地。
石门镇是桐乡市西北部的中心城镇、农副产品的集散中心，辐射面涉及毗邻的各个乡镇及湖州郊区等地，集市贸易十分活跃，先后辟有湖羊、木材、小商品、蔬菜副食品等专业市场。城镇建设以运河航运改造工程为契机，进入加快建设与发展阶段。石门大桥、新南高桥、新东高桥相继建成，一个以中心路为轴心，以中兴路南段综合区，中兴路中段商贸旅游区、中兴路北段经济区开发建设为重点的城建格局已全面展开。一轴（中兴路为主轴）二区（运河南北两岸两个居住小区）三片（城镇东北、东南、西部三大工业仓储集中区）的城镇总体布局初步形成。
石门镇年产杭白菊700余吨。建国前，石门镇杭白菊已直销粤、港、澳及东南亚。现在，逐渐注重对杭白菊的深加工，新星杭白菊制品有限公司和石门食品饮料厂，年加工2500多吨杭白菊，进一步提高了出口市场的占有率。
有企业993家。其中规模以上企业108家，比上年增加15家，产值33.1亿元,比上年增长22.48%；规模以上企业产值占全镇总产值51%，有亿元企业7家，比上年增加3家。新增省级以上高新技术企业2家(桐乡市磊石微粉有限公司、桐乡市易锋机械厂)，2008年，实现工业总产值65.17亿元，比上年增长22.46%，完成工业增加值7.53亿元，增长39.93%；实现工业利润3.18亿元，增长46.59%；外贸出口交货值3.57亿元，增长4.79%；技改投入4.06亿元，增长40.5%；七项效益指标综合得分128.06分，比上年提高12.12分,创历史新高。
企业创牌工作突出，有国家级著名商标1件(桐乡市圣丹丽鞋业有限公司)、省级著名商标2件(嘉兴芭妮鞋业有限公司、桐乡市新和保健品有限公司)、嘉兴市著名商标9件(桐乡市百喜福鞋业有限公司的“百喜福”、桐乡市星辉绢纺有限公司的“星辉”、桐乡市申宏照明有限公司的“安兴”等)、桐乡市著名商标15件(桐乡市丰溢食品有限公司的“强哥”等)加快生态休闲游开发建设，推进餐饮和商贸业的发展。加大对桂花村整治力度，全年接待游客超过3万人次。引进市外内资916万元，服务业总投资1.27亿元，实现增加值3.76亿元。有个体经营户3802户，比上年增加78户。全镇建成“连锁超市”1家，“万村放心店”19家，覆盖面100%。启动休闲观光农业产业带建设，建成杭白菊菊种园生产基地、杭白菊博物馆。浙江傲鹰金属材料有限公司的仓储物流项目正式开工。