依据海岛分布的紧密性、生态功能的相关性、属地管理的便捷性，结合国家及地方发展的区划与规划，立足海岛保护工作的需要，注重区内的统一性和区间的差异性，将我国海岛分为黄渤海区、东海区、南海区和港澳台区等4个一级区进行保护。 黄渤海区共有海岛700多个，是辽宁、河北、天津、山东、江苏等省市海洋经济发展的前沿阵地，是北方内陆地区由海与外界联系的窗口，对于北方内陆地区经济发展具有重要的辐射意义和区位意义。按照海岛分布特征将黄渤海区划分为长山群岛及辽东沿岸区、渤海区、庙岛群岛区、环山东半岛区、江苏沿岸及辐射沙洲区五个区。
1．长山群岛及辽东沿岸区
规划范围包括丹东市鸭绿江口至大连市老铁山角的毗邻海域内的所有海岛。该区域共有海岛194个，其中有居民海岛28个，无居民海岛166个。该区域具有丰富的渔业资源、独特的生态旅游资源。
规划重点保护外长山列岛附近的边远海岛，开展海洋岛、南坨子、大门顶等边远海岛生态养护工作；加强石城岛黑脸琶鹭保护区、长海海洋珍稀生物、海王九岛等保护区建设和生态海岛建设，选划并建成一批有特色的海岛保护区；发展海岛生态旅游及周边海域放流、增养殖，逐步建成以獐子岛为龙头的现代化海洋牧场和以大长山岛、小长山岛、广鹿岛为中心的旅游度假胜地；与辽宁沿海经济带战略相衔接，加强长山群岛及辽东沿岸区海岛基础设施建设，支持海洋岛补给中转基地建设。
2．渤海区
规划范围从大连市老铁山角起，沿辽东湾、渤海湾和莱州湾分布，至烟台蓬莱角。该区域共有海岛271个，其中有居民海岛8个，无居民海岛263个。该区域具有渔业资源、旅游资源、港址资源和卤水资源等多种重要资源。
规划重点保护沙泥岛及其周围海域生态环境，加强大连斑海豹等自然保护区的建设；积极应对海平面上升、河流径流量变化对沙泥岛的影响，实施海岸防护、岛陆生态建设、海岛修复等工程；积极防控海上油污染对海岛及其周边海域生态的破坏；发挥唐山湾三岛、菊花岛、滦河口诸岛和大连沿岸海岛等的区位优势和旅游资源优势，逐步建成环渤海海岛生态旅游圈；与辽宁沿海经济带、曹妃甸循环经济示范区、黄河三角洲高效生态经济区规划相协调，促进以长兴岛、曹妃甸为中心的临港工业区和滨州、东营、潍北、莱州临港产业区海岛循环经济的发展。
3．庙岛群岛区
规划范围包括渤海、黄海交汇处的渤海海峡内的海岛，由南长山岛、北长山岛、庙岛、砣矶岛等32个海岛组成，其中有居民海岛10个，无居民海岛22个。该区域是渤海潮汐通道和鸟类迁徙通道，具有丰富的渔业资源、潮汐发电资源和生态旅游资源。
规划重点加强特殊用途海岛及其周边海域生态系统保护，加强山东长岛、庙岛群岛斑海豹等自然保护区的建设；选划并建设一批有特色的海洋特别保护区；建设生态型海岛，推进大竹山岛、螳螂岛等无居民海岛生态养护；严格控制航道周边海岛岸线开发活动，保护设置在海岛上的助航导航设施，保障渤海门户航道安全；逐步建成以砣矶岛、大钦岛、小钦岛、南隍城岛、北隍城岛为中心的多元、立体现代化生态渔业基地；支持以南、北长山岛为中心的生态旅游休闲度假基地建设。
4．环山东半岛区
规划范围包括从烟台市蓬莱角起延伸到鲁苏交界的绣针河口山东省管辖海域范围内的海岛。该区域共有海岛210个，其中有居民海岛20个，无居民海岛190个。该区域渔业资源和旅游资源丰富。
规划重点加强镆铘岛、苏山岛、潮连岛等领海基点海岛的保护，推进海岛保护区建设；促进养马岛、田横岛、灵山岛等海岛生态旅游业发展，开展生态受损海岛的修复工作；加强对绿潮（浒苔）的防范治理；加强海岛基础设施建设，重点建立远洋捕捞和科考补给中转基地，为进行远洋捕捞、大洋科考和海上运输等活动的船舶提供能源、淡水和食物等补给服务。
5．江苏沿岸及辐射沙洲区
规划范围包括分布于江苏沿海区域的海岛及辐射沙洲群。该区域共有海岛15个，其中有居民海岛4个，无居民海岛11个。辐射沙洲群南北长200千米，东西宽140千米，面积约22470平方千米，包括太阳沙、冷家沙、腰沙、外磕脚、麻菜珩等沙洲。该区域拥有丰富的海涂资源、水产资源、港口资源和旅游资源等。
规划重点实施麻菜珩、外磕脚等领海基点海岛保护工程；有效保护基岩海岛地形、地貌、动植物资源及人文景观资源；选划建设秦山岛生态保护区、鸽岛海蚀地貌保护区、东西连岛沙生植物保护区、竹岛蝮蛇保护区；与江苏沿海地区发展规划相协调，强化辐射沙洲区的保护性开发，充分利用海岛岸线资源，挖掘建设深水港口，有效拓展港口作业空间，支持徐圩港区、西太阳沙人工岛及港口建设。 东海区共有海岛4200多个，海岛数量最多，分布跨度广。东海区地理位置开阔，是我国对外经济开放的门户，对于中西部内陆地区的经济发展具有重要的辐射意义和区位意义，一些边远海岛区位重要，具有维护国家海洋权益的战略意义。按照海岛分布特征将东海区划分为长江口－杭州湾区、舟山群岛区、浙中南区和福建沿岸区四个区。
6．长江口－杭州湾区
规划范围为长江口区域上海辖区内海岛以及上海芦潮港灯标至浙江甬江口东侧长跳嘴一线以西海域内诸岛。该区域共有海岛74个，其中有居民海岛4个，无居民海岛70个。该区域具有港口航道和生态旅游等特色资源。
规划重点保护佘山岛等领海基点海岛；加强九段沙、金山三岛等保护区建设；维护大巫子山、下盘山、七里峙等海岛上的航标、灯塔等公益设施的正常使用；发展以崇明岛和杭州湾内海岛为代表的现代海岛生态旅游业；服务上海国际航运中心建设，支持发展港口航运业、临港工业以及以长兴岛为代表的海洋装备制造业。
7．舟山群岛区
规划范围包括上海芦潮港灯标至浙江甬江口东侧长跳嘴一线以东的舟山市管辖区域内海岛。该区域共有海岛1258个，其中有居民海岛139个，无居民海岛1119个。该区域具有丰富的深水岸线、旅游和渔业资源。
规划重点保护两兄弟屿、海礁、东南礁等领海基点海岛；加强五峙山、马鞍列岛、中街山列岛等保护区的建设管理；修复受损海岛及其周边海域生态系统；发展海岛特色生态旅游业和生态渔业；完善舟山岛定海西码头、沈家门等中心渔港的配套设施建设；支持港口航运、物流及临港工业发展；支持舟山群岛新区建设。
8．浙中南区
规划范围包括浙江甬江口东侧长跳嘴以南区域内海岛。该区域共有海岛1559个，其中有居民海岛99个，无居民海岛1460个。该区域具有丰富的海洋生物资源和旅游资源。
规划重点保护渔山列岛、台州列岛、稻挑山等领海基点海岛及其周边海域；加强韭山列岛、南麂列岛、渔山列岛和西门岛等保护区的建设管理；支持以港口航运、物流及临港工业、海产品精深加工业、海洋渔业、旅游业为重点的海洋产业带建设；建设象山港湾海岛旅游娱乐区，支持洞头、南麂等海岛生态旅游发展。
9．福建沿岸区
规划范围包括福建辖区内的所有海岛。该区域共有海岛1374个，其中有居民海岛101个，无居民海岛1273个。该区域主要有渔业资源、旅游资源、港口资源和海洋能资源等。
规划重点保护东引岛、东沙岛、牛山岛等领海基点海岛；保护红树林、珊瑚礁等典型海岛生态系统；加强日屿岛、台山列岛等保护区建设与管理；积极推进厦门岛、湄洲岛、海坛岛、东山岛及大嵛山岛等海岛旅游景观建设，发展海岛旅游业；与海峡西岸经济区发展政策相衔接，促进平潭综合实验区建设；支持临港与临海工业、港口航运业、海洋渔业、海洋新兴产业发展；以平潭、东山、湄洲、琅岐、三都、江阴、大嶝、紫泥等建制乡以上海岛保护开发为重点，拓展海峡两岸交流合作。 南海区共有岛礁1800多个，分布范围广阔，区位优势明显，具有丰富的生物、油气、矿产等资源，是连接东北亚－西太平洋与印度洋－中东地区的交通枢纽，具有重要的权益、安全价值。根据海岛区位分布特征将南海区划分为粤东区、珠江口区、粤西区、广西北部湾区、海南岛区、西沙群岛区、中、南沙群岛区等七个海区。
10．粤东区
规划范围包括自闽粤交界的大埕湾至大鹏湾东部海区内的海岛。该区域共有海岛322个，其中有居民海岛12个，无居民海岛310个。该区域具有丰富的珍稀物种、渔业、旅游和深水岸线等资源。
规划重点保护南澎列岛、针头岩等领海基点海岛；保护大亚湾内海岛珊瑚礁、南澎列岛生物多样性；加强海岛旅游基础设施建设，逐步建成以大、小三门和南澳岛为中心的生态旅游度假基地；促进南澳岛清洁能源基地建设，推动生态经济区发展；合理利用纯洲、芒洲、马鞭洲等海岛深水岸线资源，发展海岛交通运输及物流仓储业。
11．珠江口区
规划范围包括从高栏列岛至大鹏湾海域内的海岛。该区域共有海岛185个，其中有居民海岛14个，无居民海岛171个。该区域港口资源和航道资源丰富。
规划重点保护佳蓬列岛等领海基点海岛；加大内伶仃岛、淇澳岛、大襟岛等海岛珍稀动植物资源及海洋生态环境的保护力度；与珠江三角洲地区改革发展规划纲要相协调，加强海岛基础设施建设，促进龙穴岛、高栏岛等大型深水港口及临海工业建设；推动淇澳岛、野狸岛、九洲列岛等海岛旅游区建设；发展万山列岛、蜘洲列岛等海水增养殖业；促进横琴岛生态经济建设。
12．粤西区
规划范围包括从黄茅海以西至粤桂交界处海域内的海岛。该区域位于珠江口西侧，共有海岛252个，其中有居民海岛18个，无居民海岛234个。该区域海岛植被覆盖良好，自然资源丰富，拥有较好的港口及旅游资源。
规划重点保护围夹岛、大帆石等领海基点海岛；加强阳西大树岛、新寮岛、南鹏列岛等典型海岸地貌景观和海洋生态系统保护；在上川岛、下川岛、海陵岛等发展生态旅游、海上运动、度假疗养、休闲渔业、邮轮旅游等多元化旅游产业；促进新寮岛风力发电、海水淡化等海洋新兴产业的发展，建设粤西沿海大型可再生能源基地和东海岛海洋综合开发示范区。
13．广西北部湾区
规划范围包括广西辖区内的所有海岛。该区域共有海岛651个，其中有居民海岛11个，无居民海岛640个。该区域拥有丰富的港口资源、旅游资源和海洋生物资源。
规划重点加强涠洲岛、北仑河口保护区的建设和管理；开展红树林、珊瑚礁、海草床等特殊生态系统与生物多样性的保护与修复；开发海岛生态旅游，支持涠洲、斜阳两岛的休闲度假旅游岛建设，发展以“七十二泾”为主的海岛生态旅游；合理利用海岛深水岸线资源，发展海岛交通运输及物流仓储业。
14．海南岛区
规划范围包括海南岛及周边海域内海岛。该区域共有海岛181个，其中有居民海岛12个，无居民海岛169个。该区域资源丰富，拥有红树林、珊瑚礁、海草床、热带季雨林等多种重要的海洋生态系统，生态环境优越，旅游资源优势明显。
规划重点保护莺歌嘴、感恩角、四更沙角等领海基点海岛；加强大洲岛、三亚珊瑚礁等自然保护区内海岛生态系统的保护；与建设海南国际旅游岛战略相衔接，加快开发海岛旅游资源，完善海岛旅游基础设施建设，调整优化西瑁洲岛、蜈支洲岛等海岛的开发利用模式，科学发展琼南和琼东海岛生态旅游。
15．西沙群岛区
规划范围包括宣德、永乐群岛等30多个岛礁，位于南海中部、海南岛的东南方。该区域具有丰富的旅游资源、生物资源和油气资源。
规划重点保护领海基点海岛；推进甘泉岛、东岛、西沙州、金银岛的保护区建设，保护海岛植被和海龟、海鸟、珊瑚礁等生物物种资源；实施中建岛、永兴岛、北礁、浪花礁、华光礁、盘石屿、玉琢礁等珊瑚礁生态修复工程；推进海岛补给中转公共服务设施建设；积极稳妥开放开发西沙群岛旅游产业；开展养殖和远洋捕捞等渔业生产活动；积极稳妥推进海洋石油资源勘探开发；开展海水淡化、可再生能源发电、垃圾污水处理及交通、通讯等基础设施建设。
16．中、南沙群岛区（略）
（四）港澳台区（略）