皖河以长河为主源，发源于安徽省岳西县境黄梅尖南麓，源流称银河，南流，经凉亭至店前，汇入店前河；至龙湾进入花凉亭水库，库区为长河，东南流，经辛冲、李杜，至黄岭出库；经太湖县城东、新仓和潜山县的黄泥镇，至老鱼潭左纳潜水，至刘河口左纳皖水。怀宁县石牌镇老鱼潭以下始称皖河，流经石牌镇折东北，经江镇、山口，于安庆市西郊沙帽洲南注入长江。 流经岳西、潜山、太湖、望江、怀宁、安庆5县1市，河道全长227公里，流域面积6442平方公里。
皖河干流自怀宁县石牌镇纳长河、潜水、皖水来水，向东流经江镇，入七里湖、八里湖，再经山口，于安庆市西郊流入长江，全长42公里。
店前河，以东源的银河为主流，次为西源徐良河，为长河上游干流。
银河，自黄茅尖西出源后，流向西南，经凉亭转向南流，至河图急转向东，复转东南，又转向西，再转东南形成河套。主河道平均坡降10.3‰，河床稳定，基岩裸露处多。
徐良河，为皖河河源干流店前河支流，分别发源于上古坊和乌米岩，流向东南，平均坡降9.42‰，属低山丘陵性河流，河床多积卵石夹砂，源头基岩外露。二流在三合滩汇合后，至杏花村入太湖县境。
冶溪河，为花凉亭水库，即皖河干流长河段一级支流，发源于西坪，流经冶溪、桃阳两乡后，在桃阳乡的梅子林入太湖县境。自源头至狮子岩6公里的上游段，坡降达45‰，狮子岩以下，坡降为8.4‰。下游河砂淤积，部分河床，高于农田，形成冷浸田的集中区。 潜水，潜水为长江一级支流皖河的支流，源出岳西县多枝尖（高程1721米）东麓。上游为来榜河，至花墩以下始称潜水；流经五河、岩河、溪沸、水吼岭、野人寨、潜山县、王河，至老鱼潭汇入皖河；上游有大龙潭、鹭鸶岩、三河坪等狭谷。水吼岭以下逐渐开阔，河宽约200米，比降1/2000，河床为粗砂；野人寨以下进入丘岗平原，河宽250～470米，比降1/2500，河床淤沙高于两岸地平。潜山站历史最大流量为4510立方米每秒（1969年7月14日），最小为零（1958年7月7日）；历史最高水位为31.87米（1969年7月14日），最低时河干（1958年7月8日）。河道全长116公里，流域面积1326平方公里，其中山区977平方公里，丘陵265平方公里，圩区84平方公里。野人寨以下两岸有堤防。
皖水，皖水为长江一级支流皖河的支流，源出岳西县黄毛尖（高程1578米）。上源有三支，分别为汤池河、岳庙河、朱屋河，三支合流后东南流，经汤池、岳西，进入毛尖山水库，出库后流经乌石堰、余井、小市，至刘河口注入皖河。河道长95公里，流域面积1083平方公里，其中山区504平方公里。乌石堰以上有雷公井等狭谷，坡降陡，仅约1/120。河道出山后，沿潜山平原东部南流，比降1/2500，河宽300～450米。乌石堰站历史最大流量为2100立方米每秒（1983年7月5日），最小为零（1957年9月12日）；历史最高水位为44.2米（1983年7月5日），最低时河干（1957年9月12日）。 长河原名太湖河是皖河的上游，发源于岳西多枝尖，流经杏花村入境，自西北向东南纵贯县境，主河道流经境内全长81公里，河宽200——800米，本县流域面积1769.6平方公里。长河具有山区河流的特点：山洪暴发，汹涌澎湃；枯水季节，赤足可渡。据水文资料测算，年平均径流量13.94亿立方米。在建花凉亭水库以前，年平均水位42.43米，年平均流量43.2立方米/秒。根据历史洪水调查资料和历年最高水位51.23米(1982年)推算，得出洪峰流量9870立方米/秒。长河古道出龙山宫后，原从城西马路河下泄，明万历年间洪水改道东门，清乾隆十九年(1754)筑堤浚河，使之仍归故道。二十四年，东堤又决，此后县城东西两面行洪。长河在境内有流域面积在10平方公里以上的支流44条，呈不对称的羽毛状分布，以长河为中心从上游而下，东部纳入长河的有羊角河、同义河、薛义河、青石河、寺前河、罗溪河、高冲河、凤凰山水、黑河；西部纳入长河的有白沙河、安乐河、南阳河、黑岩河、大湖河、小湖河、棠梨河、夏家河、泗水河、新仓河、鲊陂河。
羊角河：源于岳西沙帽尖，向西南流入县境，流经本县4.6公里，流域面积17.9平方公里。
同义河：源于岳西四望山，向南流经沙帽尖东麓转西南入县境，经程家河至桥埠滩北入长河，流经本县12.7公里，流域面积54.5平方公里。
前部白沙河：源于英山、岳西县交界的犁头尖，流经桃阳入境，至百里墩西纳叶家河(源于团岭，长5.3公里，流域面积15.4平方公里)，至耿家岭西纳程家河(源于黑松口，流域面积14.2平方公里)、王家河(源于三尖寨，长4.8公里，流域面积12.6平方公里)，经黄茂山、西溪湾至薛义河，与后部河汇合入花凉亭水库，流经本县15.9公里，流域面积204.3平方公里。
安乐河：源于英太交界的古皮尖、黄柏山、天花坪，三处之水汇于马嘶铺，东南流经陈辉、沙河至陈园畈，西纳赤水河(源出天花坪，东南流经张家河、花园河、黄溪河、石堰河至陈园畈，长26.8公里，流域面积75.3平方公里)，再经阎王河、朱家河、安乐河，西纳黄泥河(源出桐山，长7公里，流域面积12.6平方公里)，再经袁家湾至弥陀寺，西纳弥陀河转东流至田家滩，南纳方田河，迂回以达龙湾入长河。袁家湾以下是花库淹没区，袁家湾以上主河道长37.5公里，流域面积213平方公里。
弥陀河：源于湖北蕲春，由北流至柳树，合杨河，再由东流出弥陀圩入长河，河长11公里，流域面积29.6平方公里。
方田河：源于蕲春大王山、云长岭，由东北流经陈半街、河口，南纳徐家冲水(长5.9公里，流域面积14.7平方公里)，经方田至真君庙，南纳金竹冲水，转北流入长河。方田以下是花库淹没区，方田以上河长15.8公里，流域面积42.7平方公里。
南阳河：源于太宿交界的风帽岭，东北流经白门楼、凉亭、枫树沟，东纳双河(源出酸枣岭、百罗尖，主河道长7公里，流域面积23.2平方公里)，到刘家畈，西合石井河(源出太蕲交界的云长岭，东北流出长岭冲，经九丘田、栗树坪、石井至刘家畈，长23公里，流域面积49.6平方公里)，过柏子湾直达龙湾入长河。柏子湾以下是花库淹没区，以上主河道长12公里，流域面积102.5平方公里。
黑岩河：源于天华尖，北流经王家屋至合水涧入长河。王家屋以下是花库淹没区，以上河长4.8公里，流域面积9平方公里。
青石河(古名琴河、猫石河)：源于太潜交界的上程岭，西南流至朱家湾，北纳吊桥河(长5公里，流域面积10.5平方公里)，经黄岗、猫石河，东纳转桥河(长5.5公里，流域面积10.5平方公里)，经芹河至赵家河，北纳王家河，向南经汤水湾、侯陆畈至青石河入长河。赵家河以下是花库淹没区，以上河长19.5公里，流域面积69.9平方公里。
王家河：源于太潜交界的长颈鹅，南流至八士畈，西纳陆家冲水(长4.4公里，流域面积13.4平方公里)，至赵家河，长14公里，流域面积22.9平方公里。
大湖河(黄界河)：源于太宿交界的界岭，东北至皂角湾、黄猫山、桑树堰，南纳茯苓河(源出太宿庵，长9.2公里，流域面积20.1平方公里)、西冲河(源出芙蓉寨，长6.3公里，流域面积11.5平方公里)，至马王庙，南纳东冲河(源出缺月岭，长6.2公里，流域面积10.4平方公里)，经花岩、黄镇、黄界河，西纳柳家河，南纳斑马冲水，转北至大湖河入长河。花岩以下是花库淹没区，以上河长17.4公里，流域面积76.1平方公里。
小湖河：源于李杜、山龙交界的老虎石，东北流经锦鸡然后入长河。锦鸡以下是花库淹没区，以上河长3.3公里，流域面积7.4平方公里。
寺前河：源于太潜交界的清风岭，西南流经许家河、蔡家河、上马石、王畈、寺前河，西纳徐家冲水，东纳洪岭水，至九村畈入长河。上马石以下是花库淹没区，以上河长9.3公里，流域面积37.4平方公里。
罗溪河：源于太潜交界的玉皇庙，西南流经柳树脚下、詹家大屋、罗溪，北纳李明冲水(源出姜家寨，河长6.5公里，流域面积17.1平方公里)，至西风洞下入长河。詹家大屋以下是花库淹没区，以上河长5.2公里，流域面积15.4平方公里。
九龙河(古名洪渚河)：源于李杜、山龙交界的老鸦岭，北出九龙山，经祥冲大屋、李杜店转东南流入长河。祥冲以上河长3.3公里，流域面积4.8平方公里。
高冲河：源于四面山，东南流经四面畈入长河，河长5.5公里，流域面积8.2平方公里。
棠梨河，源于潘家冲，南流出祝家冲，转东北经张家河、刘家河、龙门寺，转东南经方家洲、石矶头穿棠梨畈至古路河，西纳界址河(源出太宿交界的鹧鸪寨，经枫香驿入境)，转东北穿虎形潭渡槽，折转东南至花香畈，北纳银子河，出城江桥入长河。主河道25.8公里，流域面积117.2平方公里。
龙潭河：源于芭蕉坳，经白石山之西、北、东，经九龙庙、螺丝墩至龙潭湖，在准堤庵下注入马路河，东南直下棋盘石入长河，长14.5公里(河在龙潭湖被花灌总干渠截断，设泄洪闸排水，马路河不再分洪)。城关之水也归本河。
夏家河：源于祈雨山，北流经转桥头、蛇形，转东北经苦树嘴、夏家湖，至棋盘石入长河。河长8公里，流域面积18平方公里。
泗水港河：主要河道有四条，呈折扇形汇于来兴寨下，在驮龙山麓入长河。主河道源于香茗山莲花尖，西北流经初阳门，在蔡家畈东汇何英畈水(源出鹿磨山，长7公里，流域面积13.1平方公里)，折转西南，东纳长冲水，南汇响岩湖水(源出官桥铺，长4.7公里，流域面积11.7平方公里)，转东北流，西汇大湖田水(源出梅子岭、何家墩，长5.5公里，流域面积16.1平方公里)，经章家团湖至驮龙山。长18.5公里，流域面积79.3平方公里。
新仓河：源于驮龙山，循东南麓出龙堰，在新仓畈下首陶家嘴入长河，长7公里，流域面积19.9平方公里。
黑河：源出高界公路以北山区，流域分东西两大片，东片有白沙河和小池河，西片有枫铺河、石子河、罗家河、汪洋河、观音寺河，以罗家河为主道。罗家河发源于天台、罗溪交界的天头山，南行出章河冲，经祠堂边、罗家河，在五羊畈东合汪洋河、北合石子河(源出天头山南，途经刘山铺，长11.9公里，流域面积13.1平方公里)，至横山桥，西纳观音寺河，东行经汪家山进入花园圩，在李家坝北合枫铺河(源出海会寺，流经枫香铺、方家河，长12.5公里，流域面积21.2平方公里)，在罗陂畈北纳高桥河，在余龙桥北合小池河(源出天台山，东南流经刘家山、小池驿、孔河，长16.7公里，流域面积27.8平方公里)、白沙河(古称焦羊河，源出玉皇庙，东南流经石霞，至东堰口，穿白沙畈，在方龙北纳杨埠河，经上格城沿山而下，河长24.5公里，流域面积58.2平方公里；杨埠河又名落马河，长11公里，流域面积20.9平方公里)，直至姚家祠堂入长河。全长32公里，流域面积212.6平方公里。
鲊陂河：古称东门河，源出鹿磨山，北流经鲊陂桥，转东北经怀宁境入长河，全长13.5公里，流域面积29.6平方公里。
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