菏泽市国家税务局机关内设行政科室11个、直属机构1个、事业单位3个；级别为正科级。 1、办公室
制定局机关和本系统的年度工作计划及长远发展规划；处理局机关日常政务，起草和审核有关文件和报告；负责综合性会议组织、秘书事务、文电处理、文书档案、文印、信访、保密、调研、政务信息、税收宣传和外事工作；负责组织税收科研、学术交流和科研成果的鉴定、评选、推广及奖励工作；制定办公规章制度；负责本系统目标管理考核及督查督办工作；组织实施综合行政管理信息系统；办理人大代表建议、政协委员提案；协助局领导对有关工作进行综合协调。
2、政策法规科
进行有关政策法规的调查研究和宣传培训；负责贯彻、建立和推行规范税收执法的规章、制度；负责税收资料调查工作；负责组织对税收法律、法规执行情况进行监督检查；承办重大税收案件审理的日常工作；负责税务行政诉讼、听证和赔偿等涉税法律事务；负责规范性文件的会签把关、税收检查案件的复查复审以及配合审计、财政监督等部门的外部监督工作。
3、流转税管理科
负责增值税、消费税等税种的征收管理和税政业务；贯彻执行流转税法规、规章并对执行情况进行监督检查；拟定有关流转税征收管理的具体实施办法；管理增值税专用发票；负责推广和管理增值税防伪税控；负责增值税、消费税等税种的日常稽核和检查工作。
4、所得税管理科
负责企业所得税和储蓄存款利息所得税等税种的征收管理和税政业务；对分管税种的具体问题进行解释和处理；负责拟定所得税征收管理的具体实施办法；负责组织企业所得税的日常检查；负责城市商业银行、城乡信用社、农村信用社的财务制度管理工作。
5、进出口税收管理科
负责国家进出口税收政策及管理办法的贯彻落实、日常监督检查工作；负责出口货物退免税的审核审批、年终清算；负责出口货物退免税信息化管理系统的推广应用和维护工作；配合有关部门组织实施反避税检查。
6、国际税务管理科
负责国际税收协定执行、反避税、涉外税务审计、情报交换、我国及外国居民跨国收益税收监管等国际税务事项管理；负责涉外企业所得税税收政策管理并对执行情况和日常管理情况进行监督检查；处理国际税务事项。
7、征收管理科
组织实施综合性税收征管法律、法规和规章制度并制定综合性税收征管制度和办法；负责税务登记等税收资料的管理；负责普通发票的管理；牵头对征管质量的综合考核；指导个体工商户和集贸市场税收征管；负责组织征管软件和除涉及增值税防伪税控以外的税控器具的推广和应用工作；负责社会性协税护税及协助司法机关打击伪造、倒卖、盗窃普通发票等违法活动；负责税款缓缴、呆帐税金、死欠税款核销管理工作；牵头负责纳税评估综合性制度、办法的制定和组织实施工作；负责纳税服务、日常税源基础管理、日常管理性检查及其综合制度、办法的制定；负责税务代理的行政监管工作。
8、计划统计科
负责税收计划管理、税收会计、统计和信息数据的分析汇总；承担纳税人申报纳税信息的集中处理和会统核算工作，组织并检查税款入、退库；负责税源资料的调查和测算，进行税收分析，监控重点税源；负责对税收票证的管理。
9、财务管理科
负责本系统和市局机关经费、财务、基本建设、装备和资产的管理工作；组织内部审计和政府采购工作；负责所属单位的财务管理和监督；承办领导干部任期经济责任审计工作。
10、人事教育科
研究和执行人事管理制度；负责机构、编制、任免、考核、录用、调配、交流、辞退、劳动工资、人事档案管理、专业技术职务等人事管理工作;负责对下一级领导班子和领导干部的监督管理和后备人选的培养选拔工作。
离退休干部管理办公室(副科级，挂靠人事教育科)。负责机关离退休干部的管理和服务工作，指导本系统离退休干部的管理和服务工作。
11、监察室
负责本系统各级国税机关及工作人员贯彻执行党和国家的路线方针及有关法律、法规、政策情况的监督检查；负责本系统党的纪律检查、行政监察和廉政建设工作；负责执法监察和纠风工作；负责本级管理干部信访举报、违法违纪案件和系统内重大案件查处工作。
机关党委办公室：负责市局机关和直属机构、事业单位的党务、纪律检查、工会、共青团、妇联工作；负责市局机关精神文明创建、思想政治和计划生育工作；负责机关目标管理考核工作。 稽查局
负责组织、指导、协调和监督本系统的税收检查工作；负责对年度计划确定的重点税源企业和税务违法案件的查处、审理、执行工作；组织贯彻税务稽查规章制度，拟定具体实施办法；负责税收案件举报的受理、转办；对下级税收检查情况进行复查复审；负责与公安、检察、审判机关协调税务稽查中的司法工作；负责金税工程发票协查工作；负责牵头组织税收专项检查工作。
稽查局内设综合选案科、案件审理科、检查一、二、三、四科。 1、信息中心
组织税收管理、综合行政管理等信息系统建设；执行信息系统管理制度和技术标准；建立、管理和维护计算机网络与涉税信息等综合数据库；参与组织应用软件开发和税控器具的推广、应用及技术培训工作；负责计算机设备的维修、维护、调配管理。
2、机关服务中心
拟定局机关后勤服务和行政事务的规章制度及管理办法并组织实施；负责局机关后勤服务的组织管理工作；负责局机关综合治理工作；负责局机关办公物品的采购、保管、分配和维修工作；负责局机关房产管理、安全保卫、医疗保健等工作；负责局机关装备管理。
3、培训中心
负责系统国税干部的职务培训、教育培训、岗前培训、业务培训等实施工作；负责本系统思想政治工作、精神文明建设和基层建设；指导系统党建、工会、共青团和妇联工作。