2006年7月14日，中国邮政在江宁区禄口街道正式注册成立南京中邮航空速递物流集散中心。
江苏省委、省政府高度重视、大力支持该项目的建设。江苏省及南京市各有关部门提供了优质的服务，创造了良好的环境。为加快推进项目建设，中国邮政集团公司领导极为重视，并与南京市政府相关部门领导成立项目联合小组，形成定期沟通协调机制，专题研讨项目推进过程中存在的问题。
南京集散中心全体员工艰苦奋斗，阔步前行，有力、有序地推进项目建设。在人员少、任务重、时间紧的情况下，紧锣密鼓地将项目备案、环保评估、项目用地、项目立项等向相关部门报批。员工加班加点，学习了解报审流程，多次与江苏省发展和改革委员会、省环境保护厅、省国土资源厅和南京市规划局等相关部门主动联系沟通和进行汇报，说明项目建设的重要性和紧迫性，顺利取得了相关环保批复、建设用地规划许可证。
2006年12月28日，南京集散中心正式开工建设。
南京集散中心位于南京市江宁区禄口镇王后山、南京禄口国际机场西南侧，场区未开工之前都是农田、河塘。项目分两期建设，一期建设包括：自主建设停机坪，设置19个停机位；新建两条机坪滑行联络道；配套建设滑行道助航灯光系统、机坪供电及照明系统、监控系统给排水及消防系统等工程。陆侧工程为主体房屋建设，总建设规模为172945平方米，包括分拣生产主楼171067平方米和邮件处理中心。
2007年11月11日，项目一期机坪场地清表清淤工程开工，陆续完成了土石方回填、场地平整、机坪水稳、道面、助航灯光、消防、弱电、供油管线等工程建设。
为早日将一期机坪完工投入使用，南京集散中心与民航总局、民航华东管理局、禄口国际机场等单位沟通，在不影响正常飞机运营的情况下，商谈进行不停航施工，并将不停航施工方案报民航华东管理局江苏监管办，方案中将机坪巡逻车走的路线由下穿改为平交，节约投资2000多万元。方案于2009年4月20日获得批准。当月26日晚，南京集散中心成功打开了禄口机场A、B滑行联络道围界部分，完成了跨排水沟道路的铺设工作及飞行区临时围界搭建工作，施工人员攻坚克难、不辞辛苦，于6月13日顺利完成了机坪联络道不停航施工工程，比原计划压缩了40天。
机坪一期工程于2009年9月23日，通过中国邮政集团公司及民航华东地区质监站竣工验收。同年12月26日圆满通过了民航行业验收，项目一期机坪具备停机坪投产运营条件。
邮件转运处工程于2009年5月13日开工，面积6922平方米，虽然不大，但是专业齐全，是先期投产不可或缺的工程。当年12月24日全部完工，并通过了民航行业和集团公司的验收。
分拣中心主楼主体工程是南京集散中心全面投产的重中之重，整个工程面积大、跨度大、层高高、夹层多、预留多，是邮政工程建设史上的新里程碑，也是能否实现速递邮件全国集中、分拣、投递的关键设施。分拣中心主楼于2009年11月17日开工建设。全体员工克服雨雪、严寒和高温等各种不利的天气因素影响，制定了科学的施工组织计划，加强土建与工艺的协调，全力以赴推进工程进度。2010年6月10日，顺利实现了钢结构屋架吊装这一节点性成果，受到了集团公司领导的肯定。2011年5月31日土建工程完工，具备装机条件。
2011年6月1日，南京集散中心工艺设备进场安装。在各工艺供应商进场前，中心专门制定了卸车相关规定，向各工艺供应商提供了设备发货联系单的具体样式。中心积极与土建方沟通协调，给各供应商划分存储区域、规划运输线路。同时，根据设备到货后现场情况，积极组织各工艺供应商将其设备安全、有序运入集散中心工程现场。为加强工艺工程现场施工的安全管理，南京集散中心于8月5日向各参建单位发布了《工艺工程施工安全管理办法》，要求各单位在施工过程中遵照执行。中心安排专人每日进行现场安全巡检，做好现场安全检查日志，对不足之处立即指出，将事故隐患消除在萌芽状态。各项工艺工程设备正在紧张有序安装。同心同德 共创辉煌的未来。
自2006年开工建设至今，南京集散中心在中国邮政集团公司领导的大力关怀和有力指导下，在抓建设质量、保生产运行的同时，积极应对各种压力和挑战，注重规范管理，加强队伍建设，不断提高各方面工作水平，为建设和运行做好服务支撑工作。艰苦的努力，终于换来了沉甸甸的收获。
2010年8月17日，根据集团公司的整体部署，邮航飞机从禄口国际机场迁至邮政自主建设的南京一期停机坪集散，南京“全夜航”总包集散交换作业转至临时邮件转运处场地，集散中心项目一期机坪工程和临时邮件转运处工程开始投产运行并发挥其应有的作用，已取得效益。一架架中国邮政航空公司的“全夜航”飞机，承载着百年邮政的宏伟愿景，从这里昂首起飞了。
2011年1月1日，南京集散中心正式接手邮航陆侧邮运生产任务。从公司现状、速递物流的流程优化以及投产需求统筹考虑，建章立制，规范管理，逐步配置设施，改善作业环境，不断完善作业标准，优化作业流程，做好相关数据流量流向的统计和生产运行的分析工作。南京集散中心日均接发飞机12架，接收干线邮路汽车25趟次（省内17趟、省际8趟），干线邮路汽车共18趟（省内12趟、省际6趟）。日均邮件交换量达1.4万袋，重量约86吨，最高突发持续进出港邮件达2.2万袋，重量突破100吨。陆转航邮件约占总邮件量的59%，航转陆邮件约占41%。
百年大计，以人为本。南京集散中心领导层认为，作为规模宏大的集散中心，土建是基础，工艺是引擎，人才是支撑。南京集散中心持续改善一线员工住宿、就餐、通勤等生产生活条件，始终坚持以人为本的发展理念，加强生产员工业务知识和技能的学习，努力实现企业发展成果与员工共享。面对重大节假日邮件猛增的情况，南京集散中心领导身体力行，深夜深入现场，慰问一线员工，并参与邮件分拣，带头作战，确保了旺季生产畅通无阻。
南京集散中心认真学习贯彻2011年“正点工程”工作思路，对每一进出南京集散中心的航班、汽车邮路以及邮件处理中心作业环节的33道工序，进行流量、流向、流程、流速和作业现状跟班写实及数据统计；运用大量数据，制定优化方案，进行逐条论证、修改。从几个月的邮运生产情况来看，南京集散中心相关生产的业务、技术、管理支撑已步入正轨。邮运生产实现了平稳过渡，质量、时限全优，圆满实现了预期目标。
光阴荏苒，春去秋来。南京集散中心从无到有，像一个稚嫩的孩子，在邮政这个大家庭中，稳步健康成长。它将按照“全程全网、联合作业，上一环节为下一环节服务”的原则，密切与兄弟单位配合，加快工艺工程安装，力争早日全面投产，在中国邮政的生产、经营和发展中发挥出更大的作用，作出更大的贡献。