目前，新会区下辖1个街道（会城街道）和10个镇（大泽镇、司前镇、沙堆镇、古井镇、三江镇、崖门镇、双水镇、罗坑镇、大鳌镇、睦洲镇），新会区人民政府驻会城街道，总面积1354.71平方公里。
新会区人民政府现地址：会城街道同庆路1号（天马村对面）。而新会市人民政府旧址于“三旧改造”行动中拆毁，在原址上新建新会星汇广场，地址为会城街道大新路50号。
新会行政区划表（2012年统计） 下辖镇街 面积 （平方公里）户籍人口 （万人）会城街道143.8727.80 大泽镇83.514.06司前镇 89.546.58 沙堆镇 96.253.43 古井镇 112.324.22 三江镇 82.434.83 崖门镇250.614.02双水镇207.449.15 罗坑镇 117.893.57 大鳌镇 117.893.39 睦洲镇 79.804.33 普恭帝元熙二年，即宋永初元年(420年)，分南海、新宁立新会郡，“邻县十二，户一千七百三十九，口万五百九”(见《宋书·地理志》)。这12个县，是宋元、新熙、永昌、始成、招集、盆允、新夷、封平、封乐、初宾、义宁、始康。 这是新会这个名字第一次出现在历史上，也是第一次下辖地区。
经过数百年的朝代更迭和行政变化，在明朝时新会的地位达到了高峰，洪武二十四年（公元1371年），新会开始围筑县城，县城西起犀山东至马山，周长六百六十丈，县衙建于城内。至万历年间，城池修筑至会城河边，周长约五公里，新会城成为了广东第三大城，仅次于广州城和潮州城。此城墙在民国年间开始被拆卸，现仍有数百米长的部分遗存，称新会象山古城墙遗址。
之后新会的行政区域趋于稳定，到民国初年，新会县下辖现今新会区除大鳌镇东部的全境，珠海市斗门区的上横、西安、竹银等地及江门市市辖区全境，（即江门市蓬江区和江海区），面积达到1922.5平方千米。
1925年8月6日，新会县江门镇独立设市，新会的莱阳、紫坭、白沙、水南、北街同时划归江门市管辖。 这是新会近代逐渐失去管辖区域的开始。江门直到1931年2月26日才复归新会管辖。
解放之后，江门再次被独立划分设市。1964年5月，原属中山管辖的大鳌岛东部回归新会，与已属新会的大鳌岛西部合并成大鳌镇。 1965年7月19日，新会县划出东南部上横公社、西安公社与中山县斗门公社、乾务公社、白蕉公社合设斗门县。1977年9月22日，外海公社及荷塘公社的潮连岛划归江门市，结束新会县域包围江门市的历史。1992年10月8日经中国国务院批准，新会撤县置市，为省直辖县级市，由广东省政府委托江门市代管。1994年3月，礼乐镇划归江门市。
1995年统计显示，新会县从东至西相距为46.6公里，从南至北相距为79.55公里，全县土地总面积1679.22平方公里，与之前相比减少了超过200平方公里。 在2000年，新会市下辖18个镇：会城镇、大泽镇、七堡镇、司前镇、牛湾镇、罗坑镇、小冈镇、双水镇、崖西镇、崖南镇、沙堆镇、古井镇、三江镇、睦洲镇、大鳌镇、荷塘镇、棠下镇、杜阮镇。
2002年9月，国务院下发通知要求部分地区变更行政区划。其中广东省撤销县级新会市，设立江门市新会区。新会区辖原县级新会市的会城镇、大泽镇、司前镇、沙堆镇、古井镇、三江镇、崖门镇、双水镇、罗坑镇、大鳌镇、睦洲镇。区人民政府驻会城镇。而原县级新会市的棠下镇、荷塘镇、杜阮镇将划归江门市蓬江区管辖。 此次广东省被调整的还有县级顺德市，南海市，三水市，高明市并入佛山市。
另外，新会也调整了自身的行政区划。2002年崖南镇，崖西镇合并成为崖门镇。2002年双水镇合并小冈镇。2002年罗坑镇合并牛湾镇。1992年会城镇合并环城镇，2001年合并七堡镇，2005年会城镇改为街道办事处，称会城街道。 此行政区划沿用至今。
2002年起，新会的面积变为1354.71平方公里，与1995年相比减少324.51平方公里，与民国年间相比减少达567.79平方公里。 与此相比，江门从狭义仅指竹排头以西，羊桥市以东，江门河以北，高第里以南的范围，面积2平方公里的新会县江门镇扩展到现在的市辖区面积（包括蓬江，江海，新会）1785.41平方公里，其中不包含新会区亦有430.7平方公里，此430.7平方公里全部由民国原新会县划分出来。除1951年设立的江门市区范围外，江门直接获得了新会的外海，潮连，礼乐，杜阮，棠下，荷塘6个镇街，并最后管辖新会。