肃州区：东北街街道、东南街街道、工业园街道、新城街道、西北街街道、西南街街道、玉管局生活基地街道、西洞镇、清水镇、总寨镇、金佛寺镇、上坝镇、三墩镇、银达镇、西峰镇、泉湖镇、果园镇、下河清镇、铧尖镇、东洞镇、丰乐镇、黄泥堡乡、国营下河清农场、酒泉经济技术开发区、十号基地。
金塔县：中东镇、鼎新镇、金塔镇、东坝镇、航天镇、大庄子镇、西坝镇、古城乡、羊井子湾乡、甘肃亚盛农工商集团有限责任公司、工业园区管委会。
瓜州县：渊泉镇、柳园镇、三道沟镇、南岔镇、锁阳城镇、瓜州镇、西湖镇、河东镇、双塔镇、腰站子东乡族镇、布隆吉乡、七墩回族东乡族乡、广至藏族乡、沙河回族乡、梁湖乡、国营小宛农场。
甘肃省酒泉市肃州区金佛寺镇下辖村委会包括上河清村委会、西寨村委会、二坝村委会、红寺堡村委会、丰乐口村委会、红山堡村委会、观山村委会、上三截村委会、金佛寺村委会、下四截村委会、观山口村委会、小庄村委会。