要保证一个管理组织的正常有效地运行，组织设计必须科学合理。管理组织设计的一般原则有：系统效益原则，优化原则，标准化原则和服务原则。
我们还必须根据企业物流工作的特点，考虑企业物流组织特有的一些原则，包括任务目标原则、分工协作原则、集权和分权相结合的原则、稳定性和适应性相结合的原则、责权利相结合的原则、精干有效的原则等等。物流管理组织的职能范围设计
物流管理机构的组织活动，要明确物流管理的职能范围。关于职能范围，虽然各个企业不尽相同，但基本包括物流业务与系统协调两大部分。
物流业务主要在于物流活动计划和计划的调整实施，执行结果的评价等。物流管理部门在这方面的主要作用在于：评价物流系统现状、发现问题、研究改进办法，对能够改变物流现状的物流系统本身进行设计和改造，并制定新的物流计划，确定出控制标准，以保证合理的物流活动的继续。物流管理部门还额外承担进行系统协调的“非正式职能”。这主要因为物流管理与企业其他的管理职能紧密相关，且具有交叉性。
物流系统设计的物流系统设计基本原则
如下：
(1) ? 整体性原则。
系统分析的一个基本思想，就是把所要研究的对象看作一个有机的整体，以整体效益为日标。整体性原则要求人们在认识和改造系统时，必须从整体出发，从组成系统的各要素间的相互关系来探求系统整体的本质和规律。
(2) 层次性原则。
任何一个系统都是由定要素组成的整体。一方面，这些要素是由其下一层要素组成的子系统；另一方面，该系统又是更大系统中的构成要素。如此相互包含的关系就构成了系统的层次性。运用系统分析方法研究应用系统层次，要注意整体与层次、层次与层次间的相互制约关系。
(3) 结构性原则。
组成系统的要素间都有一种相互结合的存在方式，这种要素间的相互结合的状态，构成了系统赖以存在和运行的结构系统。
探讨应用系统目标最优化时，必须注意组成应用系统各要素之间的结构方式以及这种结构方式对物流系统整体的作用和影响，并根据应用系统的整体功能要求进行活动诸要素的结构设计，以便有效地满足应用系统的整体要求。
(4) 相关性原则。
系统和系统之问、系统各要素之间、系统和要素之间是相互联系、相互作用的，具有相关性特点。在运用系统分析方法研究应用系统时，一定要注意这种相关性。
(5) 目的性原则。
人们建立应用系统总是出于某种需要，是为了达到预期的目的。因此在进行系统分析时，应把应用系统看作是具有一定发展规律和趋势的系统，并在尊重客观规律的前提下确定应用系统应达到的目标。
物流系统设计的基本原则，是从物流的需求和供给两个方面谋求物流的大量化、时间和成本的均衡化、货物的直达化以及搬运装卸的省力化。作为实现这种目的的有效条件有运输、保管等的共同化，订货、发货等的计划化，订货标准、物流批量标准等有关方面的标准化，和附带有流通加工和情报功能的扩大化等。物流结构既指物流网点的布局构成，也泛指物流各个环节（装卸、运输、仓储、加工、包装、发送等）的组合情况。物流网点在空间上的布局，在很大程度上影响物流的路线、方向和流程。而物流各环节的内部结构模式又直接影响着物流运动的成效。