保税区是经国务院批准设立的、海关实施特殊监管的经济区域。其功能定位为保税仓储、出口加工、转口贸易三大功能。根据现行有关政策，海关对保税区实行封闭管理，境外货物进入保税区，实行保税管理；境内其他地区货物进入保税区，视同出境；同时，外经贸、外汇管理等部门对保税区也实行较区外相对优惠的政策。
保税物流园区实行保税区及出口加工区叠加政策：即国内货物进入园区视同出口，办理报关手续，实行退税；园区货物内销按货物进口的有关规定办理报关手续，货物统一按照实际状态征税；区内货物自由流通，免征增值税和消费税。
退税政策：1、保税区：区外企业将货物直接卖给保税区企业，由保税区企业出口后退税。如果区外企业将货物卖给外商，而外商将货物暂存在保税区仓储企业，区外企业待货物出口后凭报关单和离境清单退税。2、保税物流园区：退税政策比照出口加工区，但保税物流园区不能进行加工业务
保税区、保税港区、保税物流园区由国务院批复审批。
一，保税区和保税物流园区都是我国六种海关特殊监管区域之一，这六种海关特殊监管区域（可以统称为保税经济区）是：保税区（又叫保税仓库区）、出口加工区、保税物流园区、保税港区、综合保税区、跨境工业园区前面三种都是改革开放早期出现的特殊海关监管制度，在功能上不如后面三种完备。
二，具体来说：保税区具有加工、物流功能，不具有“入区退税”的通关功能；出口加工区具有“入区退税”的通关功能和加工功能，不具有物流功能；保税物流园区具有“入区退税”的通关功能和物流功能，不具有加工功能。保税港区、综合保税区和跨境工业园区是保税区、出口加工区、保税物流园区的升级版，同时兼具“入区退税”的通关功能、物流功能和加工功能（分别为后三者所缺）。
三，其中：保税港区依托港口枢纽，其港口与陆域融合程度较深、政策较优惠、功能较齐全、区位优势较强；综合保税区与保税港区功能基本相同，但设立于内陆口岸，不具备国际中转和港口作业功能；跨境工业园区目前只有珠澳跨境工业区和中哈霍尔果斯国际边境合作中心，是由专用口岸通道连接边境双方分别管理的工业园区，在享受政策上基本等同于“综合保税区+快速通关专用口
四，最近保税区、出口加工区、保税物流园区都已经获得国务院的批准，向着“功能齐备、政策叠加”的保税港区和综合保税区的方向发展，因此未来6种保税经济区在功能和政策上将逐渐趋同。保税港区的功能包括仓储物流、对外贸易、国际采购、分销配送、国际中转、售后服务（包含检测、维修等）、商品展示、研发制造、港口作业等9项，是功能最完备的海关特殊监管区域类型。
五，尽管享受着非常开放的关税和外汇政策，保税港区仍然是处于海关特殊监管下的“境内关内”经济区（『保税』终究不等于『免税』，只是暂缓征税），它的终极发展目标是完全实行零关税、处于“境内关外”的自由港或自由贸易区（海关仅稽查违反国际和国内法律的货物）。保税港区要发展为自由港，除当前的所有功能外，还应实行自由通航、自由贸易、自由结汇、航运企业自由经营、船舶自由登记、低税率、简税制、大部分货物免税等政策，形成以促进自由贸易发展为目标的特殊经济区域。目前上海自贸区的建设就是遵循着这一发展方向。