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有四个校区，分别在玄武区的四牌楼校区、鼓楼区的丁家桥校区、江宁经济技术开发区的九龙湖校区、无锡太湖国际科技园区的无锡分校，主校区应该是九龙湖校区，还有少部分在四牌楼校区。
四牌楼校区
地址：南京的中心玄武区四牌楼2号。该校区东边是东枕钟山，北边是玄武湖，占地641亩，建有各类建筑61.85万平方米。研究生教育、本科生高年级教育、继续教育（除医学学科外）和科学技术研究基地都在改校区。
丁家桥校区
地址：鼓楼区丁家桥。该校区的占地面积有176亩，已建各类建筑26万平方米。学校的医学学科教育科研基地和东南大学附属中大医院所在地。
九龙湖校区
地址：江宁经济技术开发区南部。该校区总面积3752.35亩，是占地最大的校区，2006年夏季起，东南大学主教学区迁至东南大学九龙湖校区。九龙湖校区建筑规划以东南大学的历史文脉为依据，采取公共核心教学组团与专业教学族群组团相结合的校园建筑形态九龙湖校区已建成教学区、科研实验区、行政区、本科生生活区、研究生生活区、教师生活区、后勤保卫区等，总建筑面积约59.9万平方米 。
无锡分校
地址：无锡太湖国际科技园区内。1988年经原国家教委和电子工业部批准创办该校区，以培养电子信息领域内的高层次人才为目标。但在2007年9月进入新校区办学。