1、根据物流组织所处的领域不同，可划分为生产领域的物流组织和流通领域的物流组织。
1）各生产企业的物流管理机构即是生产领域的物流组织。它的主要职责是组织生产所需的各种生产资料的进货物流，产品的出厂物流，以及生产工序间的物流等。
2）流通领域的物流组织是指那些专门从事产品空间位移的组织机构，因此也可称之为专业性的物流组织。专业性物流组织的特点是：各项机构的设置，完全是以实现物流各项活动为目的的。
2、按物流组织在物流管理中的任务不同，可以划分物流管理的行政机构和物流管理的业务机构。
1）物流管理的行政机构是指那些负责制定物流管理的制度和办法，对物流的计划管理以及编制物流计划并组织实施的组织。
2）物流管理的业务机构是指那些负责执行物流计划，具体进行各项物流活动的组织，如运输管理组织、仓储管理组织等。
3、按物流管理组织的设置与职权划分，现代物流是一个极其广泛、极其复杂的系统。物流形式的多样性要求物流管理组织必须是多层次的。
1）中央一级的物流管理组织
中国中央一级的物流管理组织是国家直接设立和领导的物流管理组织。它享有物流管理的最高权限。它负有制定物流政策，下达物流计划，指导国民经济物流任务完成的任务。
2）地方的物流管理组织
地方的物流管理组织是指在各省、自治区、直辖市以至各区、县的地方物流管理机构。这种物流管理组织的特点表现为管理权限主要集中在地方。同级地方与地方的物流管理组织互相之间的联系较少或不存在联系。地方的物流管理组织负责在其管理范围内的物流组织活动并有权制定地方物流活动的政策、方法，组织物流活动的完成。地方物流管理组织有承担中央一级物流管理组织下达物流任务的义务，并有权向中央提出物流合理化的建议。
3）企业的物流管理组织
生产企业的物流管理组织是生产企业的一个部门。它的主要职责是完成生产所需要的原材料的供应和产品的销售以及半成品的物流任务。流通企业的物流组织是围绕着流通活动的各种职能所设置的，通常是流通企业生产活动的组织保证。