苏果马群配送中心位于南京市栖霞区马群信息科技园，毗邻中山陵风景区，南接沪宁高速、宁杭高速、312国道，西连长江大桥、二桥、三桥。周边环境优美，交通极为便利。
配送中心园区占地约18万平方米，主体大型常温高架仓库位于园区中心，平面呈“L”型布置，层高20米，东西长312米，南北长172米，建筑面积4.5万平方米，是目前国内单体最大的高架仓库。主体仓库采用了国际通用的钢结构建筑形式，门型钢架为轻钢结构，屋面采用自洁彩钢板，墙体采用复合保温彩钢板，屋顶和墙面采用自然采光设计，仓库和码头的地面也采用了先进的特殊工艺，达到超平标准；另外，仓库还配套了电动滑升门、升降调平台，以降低日常运营成本。除立体仓库工程外，苏果还规划了农产品和生鲜加工、流通加工等二期、三期工程。
配送中心的规划设计秉承现代物流理念，采用了具有效率和成本优势的流程化运作模式，并广泛运用了很多先进、成熟的技术及设备：（1）物流信息系统为具有国际领先水平的专业仓库管理软件（SSA Exceed 4000），具有导向性任务管理、实时库存状态管理、支持多配送中心、多货主管理、开放式的功能扩展等诸多先进功能。（2）采用无线网络技术和手持RF射频终端等技术设备，支持物流无纸化作业。（3）运用了国内领先的组合式货架系统，并根据立体仓库多层货位高度超过10米、库内搬运距离长等实际需要，运用了从德国、瑞典引进的72台套性能优良电动垂直、水平搬运设备等一系列先进的物流技术设备，提高了空间利用和物流作业效率（4）适应发展需要，立体仓库规划和预留了自动分拣机、电子标签系统等设备接口，时机成熟即可上线运营，增强物流配送能力。（5）拥有各式常温、保温厢式自备货车60多台，引进了地理信息系统（GIS）和车辆管理系统，运用了车载GPS技术，不仅大大拓宽了运输管理的有效空间范围，也为进一步深化物流管理，提升物流服务水平创造了良好的技术条件。
马群配送中心为1000多家苏果门店提供常温商品配送服务，每天通过苏果局域网接收门店订单，根据门店需求实行每天配送，一般订单24小时内履行，物流服务半径超过250公里。此外，还面向社会客户提供批发、三方物流等服务。2005年，配送中心日吞吐量峰值已突破30万箱，全年商品吞吐总额超过70亿元。