二者各有各的优势，不过都相差不大。二者区别如下：
1、定义
国际商务单证员指在国际贸易结算业务中，根据销售合约和信用证条款从事审核、制作各种贸易结算单据和证书，提交银行办理议付手续或委托银行进行收款等工作的人员。其工作内容主要是对国际贸易结算业务中所应用的单据、证书和文件——包括信用证、汇票、发票、装箱单、提单、保单等进行制作处理。
商务操作员的主要工作是在企业业务流程运作过程中，以客户定单为依据，跟踪产品（服务）运作流向并督促定单落实，广泛存在于订单型生产企业与进出口外贸企业中，是各企业开展各项商务活动，特别是外贸业务的基础性人才之一。
2、工作内容
国际商务单证员以外贸单证处理为主要工作内容的国际商务单证员是各企业开展外贸业务的基础性人才之一，目前不论是学历教育体系还是职业教育体系中针对该岗位的职业培训较少，现有的少量培训也存在内容单一，覆盖面狭小等问题，大量岗上人员未经过较系统的职业培训，企业也很难招聘到符合业务需要的人员，使得外贸业务风险大大增加。
国际商务操作员是集外销（外销员是指从事进出口贸易活动的外销业务人员。主要是从事国际贸易交流活动、外贸立项
、谈判合同的制定、 鉴定、执行等，外销的主要工作是定立合同，而合同所需求的单证则由单证员来完成） 会计管理、单证与跟单等为一身的高层次的复合型管理人才。
外贸单证员是国际贸易的先行官。各种单证的操作实务既是外销、货代、报关和报检等“四大员”的重要组成部分，也是“四大员”入门的首要条件。在国际贸易的每一笔“生意”进行过程中，不论外销、货代、报关、报检中的“哪一员”，其“合同、定单、报关、报检、运输、仓储、银行、保险”等各个环节，无一不是通过各种单据凭证来维持。