(1), 按照FOB贸易规则，买方收到清洁提单后不能因货物包装问题为由向卖方提出退回货款或者赔偿责任。。
FOB义务权利
按国际商会对FOB的解释，买卖双方各自承担的基本义务。概括起来，可作如下划分：
1．卖方义务
(1)在合同规定的时间或期限内，在装运港，按照习惯方式将货物交到买方指派的船上，并及时通知买方。
(2)自负风险和费用，取得出口许可证或其他官方批准证件。在需要办理海关手续时，办理货物出口所需的一切海关手续。
(3)负担货物在装运港越过船舷为止的一切费用和风险；
(4)自付费用提供证明货物已交至船上的通常单据。如果买卖双方约定采用电子通讯，则所有单据均可被具有同等效力的电子数据交换(EDI)信息所代替。
2．买方义务
(1)自负风险和费用取得进口许可证或其他官方批准的证件。在需要办理海关手续时，办理货物进口以及经由他国过境的一切海关手续，并支付有关费用及过境费；
(2)负责租船或订舱，支付运费，并给予卖方关于船名、装船地点和要求交货时间的充分的通知；
(3)负担货物在装运港越过船舷后的一切费用和风险；
(4)接受卖方提供的有关单据，受领货物，并按合同规定支付货款。
清洁提单 指提单上未附加表明货物表面状况有缺陷的批注的提单。承运人如签发了清洁提单，就表明所接受的货物表面或包装完好，承运人不得事后以货物包装不良等为由推卸其运送责任。在签发清洁提单的情况下，如交货时货物受损，就说明货物是在承运人接管后受损的，承运人必须承担赔偿责任。
（2）在这过程中承运人对货物的包装破损应负有责任，但是卖方当时给承运人出具过货物保函，愿意对货物的包装问题承担责任，所以卖方应该承担赔偿责任给承运人。
至于说当时是28箱破损，最后发现时40多箱，按照你的提示，好像卖方在保函中并未提及仅承担28箱的责任。应该是所有的破损箱数。