中华航空（CI）高雄、香港、澳门、首尔-仁川、曼谷-苏凡纳布、布吉、清迈、新加坡、吉隆坡、槟城、雅加达、泗水、峇里岛、河内、胡志明市、金边、马尼拉、仰光、科罗尔、德里、法兰克福、阿姆斯特丹、帕劳、罗马-菲乌米奇诺、维也纳
季节性：宿雾、清州、亚庇、关丹1中华航空（CI）（美、加、澳、纽、日与两岸航线）北京、上海、青岛、广州、深圳、西安、成都、武汉、三亚、海口、南昌、大连、重庆、温州、东京-成田、大阪、名古屋、札幌、福冈、广岛、宫崎、冲绳-那霸、鹿儿岛、静冈、富山、关岛、布里斯本、奥克兰、纽约-肯尼迪、洛杉矶、旧金山、檀香山、悉尼、温哥华[22]
季节性：冈山、带广、新潟、旭川、青森、能登、熊本、花卷、庄内、高松2华信航空（AE）石垣岛、长滩岛1华信航空（AE）厦门、南京、宁波、长沙、沈阳、盐城、郑州2长荣航空（BR）香港、澳门、北京、天津、上海-浦东、广州、成都、杭州、哈尔滨、济南、郑州、黄山、东京-成田、大阪-关西、名古屋-中部、札幌-新千岁、福冈、仙台、小松、首尔-仁川、曼谷-苏凡纳布、河内、胡志明市、新加坡、吉隆坡、雅加达、泗水、峇里岛、金边、马尼拉、关岛、布里斯本、纽约-肯尼迪、洛杉矶、旧金山、西雅图、多伦多、温哥华、伦敦-希斯路、巴黎-戴高乐、阿姆斯特丹、维也纳
2012年7月2日开航：悉尼
季节性：冈山、秋田、高松、青森2立荣航空（B7）重庆、成都、大连、沈阳、南京、宁波、福州、深圳、西安2复兴航空（GE）釜山、济州、襄阳、宿雾、澳门、上海-浦东、徐州、天津、长沙、新加坡、清迈、布吉
季节性：函馆、钏路、岘港、科罗尔、冈山、带广、秋田、新潟、福岛、旭川、青森、能登、熊本、花卷、北九州、庄内、南纪白滨、富山、清州、亚庇、三亚
大阪-关西
2012年7月1日开航：冲绳-那霸1远东航空（FE）石家庄、贵阳、宿雾、岘港
季节性：富山、佬沃1国泰航空（CX）香港、东京-成田、大阪-关西、名古屋-中部、福冈、首尔-仁川1港龙航空（KA）香港2香港航空（HX）香港[23]2澳门航空（NX）澳门1日本航空（JL）东京-成田、大阪-关西、名古屋-中部2全日本空输（NH）东京-成田2桃子航空（MM）2012年9月30日开航：大阪-关西1韩亚航空（OZ）首尔-仁川2釜山航空（BX）釜山2大韩航空（KE）首尔-仁川、清州1真航空（LJ）济州1中国国际航空（CA）北京、上海-浦东、重庆、成都、杭州、温州2中国南方航空（CZ）上海-浦东、长春、沈阳、长沙、大连、哈尔滨、广州、深圳、桂林、海口、贵阳、武汉、南京、郑州2中国东方航空（MU）上海-浦东、南京、宁波、石家庄、太原、无锡、盐城、合肥、南昌、西安、昆明、成都、武汉2海南航空（HU）北京、海口、三亚、广州、大连、兰州、西安2厦门航空（MF）厦门、福州、杭州、长沙2上海航空（FM）南京、徐州2山东航空（SC）济南、烟台、成都2深圳航空（ZH）深圳、南宁、沈阳、无锡2四川航空（3U）昆明2新加坡航空（SQ）新加坡2捷星亚洲航空（3K）新加坡、大阪-关西1欣丰虎航（TR）新加坡1马来西亚航空（MH）吉隆坡、亚庇1全亚洲航空（D7）吉隆坡2亚洲航空（AK）亚庇2泰国国际航空（TG）曼谷-苏凡纳布、首尔-仁川
1泰国商务航空（8B）季节性：曼谷1越南航空（VN）河内、胡志明市
包机：岘港
季节性：芹苴1通里萨航空（K9）暹粒1帕劳航空（P7）科罗尔[24]
1菲律宾航空（PR）马尼拉、卡利博1宿雾太平洋航空（5J）马尼拉、卡利博1飞龙航空（Z2）卡利博2加鲁达印尼航空（GA）雅加达1荷兰皇家航空（KL）阿姆斯特丹、马尼拉（因荷兰航空并没有菲律宾的第五航权，因此无贩售台北－马尼拉航段机票）2联合航空（UA）东京-成田、旧金山2达美航空（DL）东京-成田、底特律
与中华航空共挂班号 洛杉矶、旧金山、高雄、河内 、吉隆坡、峇里岛、槟城、冲绳-那霸2文莱皇家航空（BI）季节性：斯里巴加旺1意大利航空（AZ）与中华航空共挂班号：德里、罗马1捷克航空（OK）与中华航空共挂班号：法兰克福1全美航空（US）与长荣航空共挂班号：洛杉矶、旧金山、西雅图2美国航空（AA）与日本航空共挂班号：东京
与长荣航空共挂班号：洛杉矶、旧金山、西雅图2澳洲航空（QF）与长荣航空共挂班号：布里斯本
与捷星航空共挂班号 新加坡2
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货运航空公司目的地中华航空货运高雄、香港、上海-浦东、广州、厦门、福州、南京、东京-成田、大阪-关西、曼谷-苏凡纳布、新加坡、吉隆坡、槟城、河内、胡志明市、雅加达、马尼拉、阿布札比、德里、清奈、纽约-肯尼迪、洛杉矶、旧金山、西雅图、芝加哥-奥黑尔、安克雷奇、亚特兰大、达拉斯、休斯敦、迈阿密、曼彻斯特、法兰克福、阿姆斯特丹、米兰、卢森堡、布拉格长荣航空货运香港、澳门、广州、大阪-关西、曼谷-苏凡纳布、新加坡、槟城、河内、马尼拉、雅加达、德里、纽约-肯尼迪、洛杉矶、芝加哥、休斯敦、西雅图、达拉斯、安克雷奇、亚特兰大、伦敦-希斯路、法兰克福、布鲁塞尔、维也纳、迪拜国泰航空货运香港、东京-成田香港华民航空香港香港航空货运香港DHL
由香港华民航空营运香港澳门航空澳门全日空货运东京-成田、大阪-关西、冲绳日本货物航空东京-成田、首尔仁川中国货运航空厦门、上海-浦东扬子江快运福州中国邮政航空广州新加坡航空货运新加坡、东京-成田泰航货运曼谷-苏凡纳布、东京-成田马来西亚航空货运吉隆坡、马尼拉柴添航空货运（英语：Trai Thien Air Cargo）河内阿联酋航空货运迪拜、曼谷联邦快递安克雷奇、东京-成田、大阪-关西、克拉克、广州（因两岸航线未开放给两国之外的航空公司，因此飞往其亚洲总部广州时会在菲律宾克拉克技术性停靠后原机起飞）、香港、芝加哥-奥黑尔、檀香山、关岛、洛杉矶、旧金山、亚特兰大、曼菲斯、休士顿、首尔-仁川联合包裹安克雷奇、首尔-仁川、克拉克、迪拜、科隆卢森堡货运卢森堡、布达佩斯、巴库、阿拉木图、贝鲁特、科威特、曼谷-苏凡纳布泛全球航空公司（英语：TransGlobal Airways）克拉克太平洋东亚货运航空（英语：Pacific East Asia Cargo Airlines）克拉克英国航空与长荣航空共挂班号：伦敦、德里德国汉莎航空与长荣航空共挂班号：法兰克福、德里