第一，完善经济区内部交通基础设施。重点对沿海铁路全路段进行扩能改造，使之成为经济区内一小时城市圈交通基础设施重要组成部分，同时承担北部湾港口群疏港功能，对打通西南货物出海大通道发挥重要作用。完善兰海高速公路南宁至钦州，钦州至北海、防城港段，新建六景至钦州港高速公路。同时，高标准新建南宁东站铁路枢纽站，连接国内广州、昆明、广西沿海、贵阳、湖南及越南河内等六个方向的重要城市，成为连接中国与东盟的重要国际枢纽站。
第二，贯通南宁至新加坡主轴通道。现阶段先期实施南宁至越南河内段公路、铁路升级，重点实施湘桂铁路南宁至凭祥段扩能改造，建设成为高标准铁路，与已建成的南宁至友谊关高速公路，组成中国通往东盟的高速度、大能力运输通道。同时，新辟防城港连接越南海防通道，建设防城至东兴高速公路，并规划建设防城至东兴铁路。
第三，发展经济区辐射粤、湘、黔、滇及广西其他地市的国内运输通道。广西北部湾经济区往广东方向，重点建设南宁至广州、合浦至湛江高等级铁路，建设广昆高速筋竹至岑溪段，规划新增北流（宝圩）至钦州高速公路；往湖南方向，重点实施湘桂铁路扩能改造，进而辐射华东、华北；往贵州方向，实施黔桂、南昆铁路扩能改造，新建金城江至南宁铁路、兰海高速公路六寨至河池、河池至都安段，连接经济区与贵州，进而辐射成渝及西北；往云南方向，重点建设云桂铁路，建设钦州—崇左—靖西—那坡—昆明高速公路；往广西区内其他地市，重点建设柳南城际、玉林至铁山港等铁路以及三江至北海、荔浦至铁山港高速公路，规划新建柳南第二高速公路。
第四，加快建设广西北部湾沿海港口群。坚持以市场为导向，以实现规模化、集约化和现代化建设为目标，明确港口功能及其合理分工，推进港口经营一体化发展，建设现代化北部湾港口群。规划沿海港口新建一批万吨级以上泊位和深水航道，打造港口物流中心，加强能源、铁矿石、集装箱运输系统以及连接腹地的集疏运配套系统建设，形成“一港、三域、八区、多港点”的港口布局体系，使北部湾沿海港口群吞吐能力不断增强，货源地不断扩大，通航区域不断拓展。
第五，加快建设覆盖广、密度大的航空通道。加快南宁机场扩能改造，完善南宁、北海机场配套设施，加大航线拓展力度，逐步开通南宁、北海机场至尚未通航省会城市、主要城市、重点旅游城市的航线，积极承接其他省份城市经停南宁飞往东盟国家的航线，加密热点航线的航班密度，将南宁机场打造成为面向东盟的门户枢纽机场