主要区别是，性质不同、作用与意义不同、特点不同，具体如下：
一、性质不同
1、配送
配送是根据需求把货送到指定地点的过程。
2、运输
运输是指用特定的设备和工具，将物品从一个地点向另一个地点运送的物流活动。
3、仓储
仓储是指通过仓库对物资及其相关设施设备进行物品的入库、储存、出库的活动。
二、作用与意义不同
1、配送
①、配送提供的是物流服务，因此满足顾客对物流服务的需求是配送的前提。由于在买方市场条件下，顾客的需求是灵活多变的，消费特点是多品种、小批量的，因此从这个意义上说，配送活动绝不是简单的送货活动，而应该是建立在市场营销策划基础上的企业经营活动。
②、由于在买方市场条件下，顾客的需求是灵活多变的，消费特点是多品种、小批量的，因此单一的送货功能，无法较好地满足广大顾客对物流服务的需求，因此配送活动是多项物流活动的统一体。
2、运输
是在不同地域范围内，以改变物的空间位置为目的对物进行的空间位移。通过这种位移创造商品的空间效益，实现其使用价值，满足社会的不同需要。
3、仓储
仓储是产品生产、流通过程中因订单前置或市场预测前置而使产品、物品暂时存放。它是集中反映工厂物资活动状况的综合场所，是连接生产、供应、销售的中转站，对促进生产的提高效率起着重要的辅助作用。
三、特点不同
1、配送
配送是物流活动中一种非单一的业务形式，它与商流、物流、资金流紧密结合，并且主要包括了商流活动、物流活动和资金流活动，可以说他是包括了物流活动中大多数必要因素的一种业务形式。从物流来讲，配送几乎包括了所有的物流功能要素，是物流的一个缩影或在某小范围中物流全部活动的体现。一般的配送集装卸、包装、保管、运输于一身，通过这一系列活动完成。
2、运输
各种运输方式之间可以相互补充。
3、仓储
仓储是物流、信息流、单证流的合一。仓储是商品流通的重要环节之一，也是物流活动的重要支柱。
-配送
-运输
-仓储
仓储在物流管理中的作用如下：
1、从研究合理的安全库存开始，到改变流程，建立集中的配送中心，以致到改变生产方式，实行订单生产，将静态的库存管理转变为动态的JIT配送，实现降低库存数量和周期的目的。
2、物流管理就是库存成本在总物流成本中所占比重逐步降低。
3、仓储环节集中了上下游流程整合的所有矛盾，仓储管理就是在实现物流流程的整合。
4、物流以整合流程、协调上下游为己任，静态库存越少越好，其商业模式也建立在物流总成本的考核之上。入库物品具备凭证有通常需要商品的送货单及入库单等做为原始凭证入帐，并需要相关人员签字才行的。
基于运输的费用率随着运量的增大而减少的规模经济现象，尽可能大批量的运输是节省运费的有效手段。将连续不断产出的产品集中成大批量提交运输，或者将众多供应商所提供的产品整合成一票运输等运输整合需要通过仓储来进行。
在运输整合中还可以对商品进行成组、托盘化等作业，使运输作业效率提高。仓储可以用来配合组织生产，进行产品整合，企业可以根据客户要求，在仓库中根据商品流向、时间的不同进行分拣、配套、组合、打包，分别配载到不同的运输工具，然后运往各地客户。